Corchorus yellow vein Cuba virus


Basic Information

Genus Begomovirus
Isolate Cuba
Vector
Download Genome |GFF3 |PEP |CDS

Genomic Organization


JBrowse


Genome

MF773912
ACCGGATGGCCGCGCCCCCCCCCCCCTTGGTGCGCTCGTGGTCCAATCACATCGCGCTTGGCGAGCTTAGATATTTGAAACAACTTAGTGCGCAAGTTGTGAGCGTCTTTATAAATTAAAGACATTCTGGGCCACCTTCTTTAGTTCAAAATGCCTAAGCGCGATGCCCCGTGGCGCGCTATGGCTGGGACCTCAAAGGTTAGCCGGGCTGCTAATTATTCTCCCCGTGCAGGTAATGGCCCGAAATTGAACAGGGCCTCAGAGTGGGTTAATAGGCCCATGTACAGGAAGCCCAGGATTTATCGCACTTTGAGGTCCCCTGATGTGCCCAGAGGCTGTGAAGGCCCGTGTAAGGTCCAGTCCTATGAACAGCGCCACGATATCTCACATGTAGGTAAGGTAATGTGTATTTCTGATGTGACACGTGGTAACGGCATTACCCACCGTGTGGGTAAGCGTTTCTGTGTTAAGTCTGTTTACATTTTAGGGAAGGTCTGGATGGACGACAACATCAAGCTCAAGAACCACACTAACAGCGTCATGTTCTGGTTGGTCCGTGATCGGAGACCGTATGGAACTCCCATGGACTTTGGCCAAGTGTTCAACATGTTTGACAACGAGCCTAGCACTGCCACCGTTAAGAACGATCTCCGTGATCGTTATCAGGTCATGCACAGGTTCTATGCCAAAGTCACGGGTGGACAGTATGCCAGCAACGAGCAGTCTATAGTCAGGCGATTCTGGAAAGTCAACAACCACGTGGTGTATAACCACCAGGAAGCTGGCAAGTACGAGAATCATACGGAGAACGCCTTGTTATTGTATATGGCATGTACTCATGCCTCTAACCCTGTATATGCAACGCTTAAGATCCGGATCTATTTTTATGATTCGATCAGCAATTAATAAAATTTGAATTTTATTTCATGATCCTCAAGTACATAATTGACATATGATTTAGCTGTTGCGAAACGAACAGCCCTAATTACATTATTTAACCCAATTACACCTAATTGGTCTAAATACATATTAACTAACTGCCTAAACCTAATTAAATAAGTCAGCCCAGAAGCTGTCAGACCACTGGTCCAGACTTGGAAGTTCAGGAAGGCTTTGTGAAGACCCAGCCTCTTCCTGAGGTTGTGGTTGAACCTTATCTGGACGTGGTAGATCCTTGTCCTGGAGTACATTGGATCCTCTATCCTGATGATCTTGAAATAGAGGGGATTTGGCACCTCCCAGATAAAAACGGAACTCTCTGCCTGATCCACAGTGATGTTGACCCCTGTGCGTGAATCCATGGCCCGCGCAACTGACGTGGAAGAATATGGAACAGCCGCAGTTCAGGTCTACTCGTCTTCGCCTGATTGGCCTACGCTTGGCTATCCTGTGCTGTGCTTTGATAGAGGGGGCCGTCGAGGAAGATGAATTTTGCATTTTGAAGTGTCCACGACTTCAGCCCTGCATTTTCCTCCTTTTCCAGGAAATCTTTATAACTGGCCCCCTCCCCTGGATTGCACAGCACGATTGATGGGATCCCGCCTTTAATTTGAACCGGCTTTCCATATTTACAGTTGGACTGCCAGTCCTTTTGGGCCCCAATCAATTCCTTCCAGTGCTTTAGCTTTAGATAGTTGGGGCTGACATCATCAATGACGTTATACTCAACGTCATTCGAGTAAACCCTAGAATTGAAATCGAGGTGTCCACTCAGATAATTGTGTCGCCCCAACGTCCTGGCCCACATTGTTTTGCCCGTCCGACTATCACCTTCTATGATGATACTAACAGGTCTGACAGGCCGCGCAGCGGCATCCATGGCAAAATAATCATCCGCCCACTCTTGCATTTCTTCCGGGACGTTCGTGAAGGAAGAAAGTCGGAACGGAGGGACCCATGGTTCCGGAGCCTTTTGAAAGATCCGCTGTGCATTTGCGATCAGGTTATGGTGTTGGAGGAAGAAATGTTGAGGCTGCTCCTCCTTAATTATTTGTAGAGCCTCTTCTGCAGATGAGGCATTCAACGCCTTGGCATAGGTGTCGTTAGCCGTCTGGCAGCCTCCCCTAGCAGATCTCCCGTCGATCTGGAATTCTCCCCATTCCAGTGTATCTCCGTCCTTATCGATATAGGACTTGACATCGGAGCTGGATTTAGCTCCCTGTATGTTTGGATGGAAATGTGCTGACCTGGATGGGGAGACCAGATCGAAGAATCTGTTATTCTGGCATTTGAACTTTCCCTCGAACTGTATAAGCACATGGAGATGCGGTTCCCCATTCTCGTGGAGCTCCCTGCAGATCTTGACGAACTTCTTGTTCACCGGAGTTTCTAGGTTTTGTATCTGTGAAAGTGCTTCTTCTTTGGTCAGGGAGCACTTTGGATAAGTTATGAAATAATTTTTGGCATTTACTAAGAAACGTTTAACTGATGGCATTTTGGTAATAATATGGGTGAGACCCGATTGCTCCCCTCTCAAACTTGCTCATGCAATCGGGGAATGGGTCTCAATTTATACTAGAACCCTCAATAGAACTTTCAATCGTGTTCGAACACGTGGCGGCCATCCGAATAATATT

MF773902
ACTGGATGGCCGCGAAAATTTGGAGTCCTACTTTAGCTGGCCGCGCTATTTTGGTGTTCGGCCCAGGCCCATTGGCGCTGTTCTTGTTGCTATTTTTGGAGTCATTATTTCCATCCGTCTTTTCCCTGGTGCGTCGCCTGGGCCCCTCGCTCACTTTGTATTGTACCTCCCATTTAATTTAAAGGGGCTTTAAATTAAATCAGTCTCGTCTTTATCCAATTTCGAGATTTGGCCTGTCAGGTGTAGTTACAGTCGACGTGGTCGATTTTGGACCTTGTTGCAATGCTTAAGTCGAAATTGAACTACTGTTATACTATACATCTTACGTGGACCAGTGAGAATCAACCTGTCGAGCCAAACTAAACATTTGTTTAGTTGATGGACTTTTATATATTGGGATGTTAGTACTCGTTTGGTTATCCATATCTGAACATGTTCTCGTCCAGATATCGACGTGGTTCTTTTTATAATCAACCACGTGGTTATCCTCGTAACCACGTGTTTAGGAGACAACCCTTTGTTAGGCGTCATGAGGGCAAGCGTCGACATGTTCAGCATGGGAAAAAACCTGACGAGCCCAAGTTGACAAGCCAAACCATACATGAGAATCAGTATGGCCCAGAGTTATCCATGGCCCATAACACATCCGTTTCGACCTTCATTAGCTACCCTGATATGGGTAAGTCCTTGCCTAATCGATCCAGGTCATATATCAAGTTGAAACGGCTTCGTTTCAAGGGAACTGTCAAAGTCGAACGTGTTCATTCCGATGTGAACATGGTAGGTACAACACCTAAGACTGAAGGTGTTTTCTCCTTGGTTCTAGTGGTCGATCGTAAACCTCACATCGGTCCTTCTGGTGGTCTTCCCAGTTTTGACGAATTATTCGGCGCAAGGATCCATAGTCATGGTAACCTGGCTATAATTCCGGCTATGAAGGAGCGGTTCTACTTGTGCCACGTGTTGAAGCGTGTTTTATCTGTGGAGAAGGATAGTCTGATGGTCGACATTGAAGGAACCGCTATCTTATCTAACAGGCGTTTTAATTGTTGGTCCAGTTTTAAGGATCTCGAGGTCGAGACATGTAAGGGTGTCTATGCAAACATAAGTAAGAACGCCCTGTTAGTTTATTACTGTTGGATGTCCGATACCATGTCTAAAGCATCCACATATGTATCATATGACCTCGATTATATTGGCTGAATAAACATTTATTATTAATGCAAAATTTATACAAATTTTGTTTAGGGGACAATTCTAACTATTTATCGAGTGATTTGATTTGAGAGGAACTACAATTACTCTTAATACATTCTTGGACCGTTGACCTGACAAGCTCGTTTAATTGGGCTATAGACATTGTTATGTTGGATTGGGCCCTGCCTGCTCCCACTATGGAGGCTGATTCTCCTGGATCCAGGACGCTGGTTCCTAACCTGTTGATATCTTTATAAGGATGCATCTCGTTCTCGATCTCTGAGTCAGCGTCCGATGGACCTACTCCAATTGTGCTTCTGGAAGCCCATGACTCTCCGGGTTTGATTTCAATTGGGCCTCTGAGCCCAAGCCTTGACATTGATGCACATCTGATGGGCTTCCTCTCCCATCTCCCGTAGTCCACGTGCGAGAAGTCCACATCCTTCTCGGTGAATTGCTTGGATAATATCTTGACGGTCGGTGCCTTAAATGGGATATCCACCGAGTGTTTGGCCGTGGACAATTTCAGCTTCCCTTTGAACTTGGCGAAGTGGGTTCTCTGGTGGACGTTCGTATCAGAAACTCTGTAATAGAGTTTCCACGGGATTGGGTCTTTCAAGGAGAAGAAGGAAGCTGAGAAGTAGTGGAGATCTATGTTACATCTGATCGGGAAAGTCCATGACGCCTGTAATGACTCATTGTCCGTCATTCTTTGGTCGTGGATCTCCACTATCACAGTCCCGGCGGCGTTGATCGGAACCTGTTGCCTGTACTCGATTACGCAGTGATCGATCTTCATACAGCTCCGACTGAGTCTTGCCGTGAATTGAGCCGCCGTTGACGGGAACTGCAAGATAATCTCAGTTAGGTCATGAGAAAGCTGATATTCATCTCTTTGAGACTCTATGTAGTTGAAGGCATGCGGTGGATTTGCTAACTGAGAATTCATTTATGAAAATATGGTCGCGCTAGCGAGATCGGTGTAATTATTTGAAGACTATGTCAAGAGCTTGATCTAACACAGGGTGAATTTAAAATCTGGGAAAAACTCTTTTTGTGGAAAAGAAGAGTACCGAGGAAGGAGAAGATGAAAATCTAGCTCTGACAAGTTTTGAGCATCTTAGATGCCTGACAGGGTTTATATAGAGACCCACGTGGTCTGGTTTCAGTTTGAGAAGGGATTCTTATGGCATTCTTGTAATAATAGGACGAGACACCAGGGGGAGCTCTCAACTTCTGTCATATTTTTTGGTGTCTTGGTGTCATATATATACATAAAGGCTCTAGGAGGATCCTATAGACACCAGGGGCAAAAGCGGCCATCCTATAATATT

Gene Information

NCBI Accession AXU39865.1
Location 151-906
Gene Name AV1
Protein Name coat protein
Coding Region ATGCCTAAGCGCGATGCCCCGTGGCGCGCTATGGCTGGGACCTCAAAGGTTAGCCGGGCTGCTAATTATTCTCCCCGTGCAGGTAATGGCCCGAAATTGAACAGGGCCTCAGAGTGGGTTAATAGGCCCATGTACAGGAAGCCCAGGATTTATCGCACTTTGAGGTCCCCTGATGTGCCCAGAGGCTGTGAAGGCCCGTGTAAGGTCCAGTCCTATGAACAGCGCCACGATATCTCACATGTAGGTAAGGTAATGTGTATTTCTGATGTGACACGTGGTAACGGCATTACCCACCGTGTGGGTAAGCGTTTCTGTGTTAAGTCTGTTTACATTTTAGGGAAGGTCTGGATGGACGACAACATCAAGCTCAAGAACCACACTAACAGCGTCATGTTCTGGTTGGTCCGTGATCGGAGACCGTATGGAACTCCCATGGACTTTGGCCAAGTGTTCAACATGTTTGACAACGAGCCTAGCACTGCCACCGTTAAGAACGATCTCCGTGATCGTTATCAGGTCATGCACAGGTTCTATGCCAAAGTCACGGGTGGACAGTATGCCAGCAACGAGCAGTCTATAGTCAGGCGATTCTGGAAAGTCAACAACCACGTGGTGTATAACCACCAGGAAGCTGGCAAGTACGAGAATCATACGGAGAACGCCTTGTTATTGTATATGGCATGTACTCATGCCTCTAACCCTGTATATGCAACGCTTAAGATCCGGATCTATTTTTATGATTCGATCAGCAATTAA
Protein Sequence MPKRDAPWRAMAGTSKVSRAANYSPRAGNGPKLNRASEWVNRPMYRKPRIYRTLRSPDVPRGCEGPCKVQSYEQRHDISHVGKVMCISDVTRGNGITHRVGKRFCVKSVYILGKVWMDDNIKLKNHTNSVMFWLVRDRRPYGTPMDFGQVFNMFDNEPSTATVKNDLRDRYQVMHRFYAKVTGGQYASNEQSIVRRFWKVNNHVVYNHQEAGKYENHTENALLLYMACTHASNPVYATLKIRIYFYDSISN

NCBI Accession AXU39868.1
Location 903-1301
Gene Name AC3
Protein Name replication enhancer protein
Coding Region ATGGATTCACGCACAGGGGTCAACATCACTGTGGATCAGGCAGAGAGTTCCGTTTTTATCTGGGAGGTGCCAAATCCCCTCTATTTCAAGATCATCAGGATAGAGGATCCAATGTACTCCAGGACAAGGATCTACCACGTCCAGATAAGGTTCAACCACAACCTCAGGAAGAGGCTGGGTCTTCACAAAGCCTTCCTGAACTTCCAAGTCTGGACCAGTGGTCTGACAGCTTCTGGGCTGACTTATTTAATTAGGTTTAGGCAGTTAGTTAATATGTATTTAGACCAATTAGGTGTAATTGGGTTAAATAATGTAATTAGGGCTGTTCGTTTCGCAACAGCTAAATCATATGTCAATTATGTACTTGAGGATCATGAAATAAAATTCAAATTTTATTAA
Protein Sequence MDSRTGVNITVDQAESSVFIWEVPNPLYFKIIRIEDPMYSRTRIYHVQIRFNHNLRKRLGLHKAFLNFQVWTSGLTASGLTYLIRFRQLVNMYLDQLGVIGLNNVIRAVRFATAKSYVNYVLEDHEIKFKFY

NCBI Accession AXU39867.1
Location 1048-1437
Gene Name AC2
Protein Name transcriptional activator protein
Coding Region ATGCAAAATTCATCTTCCTCGACGGCCCCCTCTATCAAAGCACAGCACAGGATAGCCAAGCGTAGGCCAATCAGGCGAAGACGAGTAGACCTGAACTGCGGCTGTTCCATATTCTTCCACGTCAGTTGCGCGGGCCATGGATTCACGCACAGGGGTCAACATCACTGTGGATCAGGCAGAGAGTTCCGTTTTTATCTGGGAGGTGCCAAATCCCCTCTATTTCAAGATCATCAGGATAGAGGATCCAATGTACTCCAGGACAAGGATCTACCACGTCCAGATAAGGTTCAACCACAACCTCAGGAAGAGGCTGGGTCTTCACAAAGCCTTCCTGAACTTCCAAGTCTGGACCAGTGGTCTGACAGCTTCTGGGCTGACTTATTTAATTAG
Protein Sequence MQNSSSSTAPSIKAQHRIAKRRPIRRRRVDLNCGCSIFFHVSCAGHGFTHRGQHHCGSGREFRFYLGGAKSPLFQDHQDRGSNVLQDKDLPRPDKVQPQPQEEAGSSQSLPELPSLDQWSDSFWADLFN

NCBI Accession AXU39866.1
Location 1373-2434
Gene Name AC1
Protein Name replication-associated protein
Coding Region ATGCCATCAGTTAAACGTTTCTTAGTAAATGCCAAAAATTATTTCATAACTTATCCAAAGTGCTCCCTGACCAAAGAAGAAGCACTTTCACAGATACAAAACCTAGAAACTCCGGTGAACAAGAAGTTCGTCAAGATCTGCAGGGAGCTCCACGAGAATGGGGAACCGCATCTCCATGTGCTTATACAGTTCGAGGGAAAGTTCAAATGCCAGAATAACAGATTCTTCGATCTGGTCTCCCCATCCAGGTCAGCACATTTCCATCCAAACATACAGGGAGCTAAATCCAGCTCCGATGTCAAGTCCTATATCGATAAGGACGGAGATACACTGGAATGGGGAGAATTCCAGATCGACGGGAGATCTGCTAGGGGAGGCTGCCAGACGGCTAACGACACCTATGCCAAGGCGTTGAATGCCTCATCTGCAGAAGAGGCTCTACAAATAATTAAGGAGGAGCAGCCTCAACATTTCTTCCTCCAACACCATAACCTGATCGCAAATGCACAGCGGATCTTTCAAAAGGCTCCGGAACCATGGGTCCCTCCGTTCCGACTTTCTTCCTTCACGAACGTCCCGGAAGAAATGCAAGAGTGGGCGGATGATTATTTTGCCATGGATGCCGCTGCGCGGCCTGTCAGACCTGTTAGTATCATCATAGAAGGTGATAGTCGGACGGGCAAAACAATGTGGGCCAGGACGTTGGGGCGACACAATTATCTGAGTGGACACCTCGATTTCAATTCTAGGGTTTACTCGAATGACGTTGAGTATAACGTCATTGATGATGTCAGCCCCAACTATCTAAAGCTAAAGCACTGGAAGGAATTGATTGGGGCCCAAAAGGACTGGCAGTCCAACTGTAAATATGGAAAGCCGGTTCAAATTAAAGGCGGGATCCCATCAATCGTGCTGTGCAATCCAGGGGAGGGGGCCAGTTATAAAGATTTCCTGGAAAAGGAGGAAAATGCAGGGCTGAAGTCGTGGACACTTCAAAATGCAAAATTCATCTTCCTCGACGGCCCCCTCTATCAAAGCACAGCACAGGATAGCCAAGCGTAG
Protein Sequence MPSVKRFLVNAKNYFITYPKCSLTKEEALSQIQNLETPVNKKFVKICRELHENGEPHLHVLIQFEGKFKCQNNRFFDLVSPSRSAHFHPNIQGAKSSSDVKSYIDKDGDTLEWGEFQIDGRSARGGCQTANDTYAKALNASSAEEALQIIKEEQPQHFFLQHHNLIANAQRIFQKAPEPWVPPFRLSSFTNVPEEMQEWADDYFAMDAAARPVRPVSIIIEGDSRTGKTMWARTLGRHNYLSGHLDFNSRVYSNDVEYNVIDDVSPNYLKLKHWKELIGAQKDWQSNCKYGKPVQIKGGIPSIVLCNPGEGASYKDFLEKEENAGLKSWTLQNAKFIFLDGPLYQSTAQDSQA

NCBI Accession AXU39869.1
Location 2020-2277
Gene Name AC4
Protein Name AC4 protein
Coding Region ATGGGGAACCGCATCTCCATGTGCTTATACAGTTCGAGGGAAAGTTCAAATGCCAGAATAACAGATTCTTCGATCTGGTCTCCCCATCCAGGTCAGCACATTTCCATCCAAACATACAGGGAGCTAAATCCAGCTCCGATGTCAAGTCCTATATCGATAAGGACGGAGATACACTGGAATGGGGAGAATTCCAGATCGACGGGAGATCTGCTAGGGGAGGCTGCCAGACGGCTAACGACACCTATGCCAAGGCGTTGA
Protein Sequence MGNRISMCLYSSRESSNARITDSSIWSPHPGQHISIQTYRELNPAPMSSPISIRTEIHWNGENSRSTGDLLGEAARRLTTPMPRR