Tomato pseudo-curly top virus


Basic Information

Genus Topocuvirus
NCBI Assembly GCF_000848785.1
Release date 2015/2/12
Submitter Briddon,R.W., Bedford,I.D., Tsai,J.H., Markham,P.G.
Host
Download Genome |GFF3 |PEP |CDS

Genomic Organization


JBrowse


Genome

NC_003825
ACCGGAGTGCCCTCCCTGGCCCTTTAAAATGTGGGTCCCACATGAGGGTATTGTTGTCTATTCACTCTATCAATTCCCGCTCAATTATTGGGCCTCTGTTCACTAAGGCCTTATAAGGCCCTTAATGAATTGGGCCCCAAGTTTGTCTTTATCTGCAGCTTTATATAAAGCTGCAGTTGCTTTCTTAAAGTAATGGCCACCACAAATTGTCGGATTTGTGGGTCCTCTTTTGCCTGCCCCATTAACGAACGCTTCAGCGTTTGTGAATCTCGAGGAGCTACTCTGAGTGATTTTTTGCTGTATTTTCGTAGAAAATACATAGAAACTTCCCCGGGTTTGATTTCCTATCTCAATGCCTTACAAGCGGAAATTAACGAGTTATTTTCCGCAATCAAAGAGGTTTCGCGGAGCGAAATCCGGCATGGCAGTTGTGAAGACAAGTGCCAGCCGTCGTCTATACAAAAAGGGAAAGCGGAAGCCTGACCGTATAAAAACATATACGTATGCATTCTCTAGTATTTGTACTGATAAAGGTACAATTGTATATATGAACAGCTGGTCTTTGGGTTTGGGTCCTCAACAGCGTAGCAGTGACATCGAGATTTTGAAGTCGATGTATATTCGCCTTACTGTTGCTCTGTCTGAAAATGCTGCTTCTCAAGTGAAGACCTATGTGGTTAAATGGGCTCTAATTGTGGATCAGGTTCCTGGTGAAACCCTAGTTGGTGTGGCGGATGTGTACAAGACTTGTCCCTCTCCTTATCCTTATGTGCAGTGTGCCTATATTGCTGATGATAATCACAGTCGTTTCCAAGTGCTGAGGAGTGGGTTTCTTAGTCTTAGTGGTAATGGTCTTGCAGTTGGATCTTCTACTAGAACTGGATGTCCGGCGATGAAGAATATGGCCTCTATTAACAAATTTTGTAAAAATTTAAATGTTAGATGCGTTTATGACGCAGATAGTGCTACTGGCGATATCGCCAGTATTAAGCGCGGTGCCGTTTATCTTGTAATCTGGCCTGACGTTGAAATCCGTTATGGATTTTCATGTACTATGTATCATAGAAATGGAAATGCGTAATAGAGTGTTTAATACAATCTCATCTTTATATTATAATAAAAACTTGGAGCATAAAATACACGCTGATCAAATAAATCAATGAAGTGATTTATCGATCTAATTACATTATTTATACTAATAACACCTAAATTATTCAAATGTTTCATTACATGAAATTTAAATCTATCTAATAATGCTTCTCCACTCAGACGAGGTGATACTGAAAGTACCACCAAGTTCAGCCAACAAATCTGGAGACCCAACACTTTCCGCAGGTTGTGGTTGGCTCTGATTTGTAATGTTATTATTTTGTTCCCCGTCGCCATTGTTGTTGTGTTCTGGAGGCGGAAGTAAATTGGGTTCTTGATGTCGTCGAAGTAACAGCCAGTCTGGCACTGTGTGTACGTGAGTAATTCCCCTGTGCGTGAATCCATCCTCACAGTCTATGCCTCCGTAGTATGAGCAGCCGCAGGAGAGGTGAATGGCCTTTCGTCTCTTTTTCTTCGGTGCCCAAGTCAGTTTGGGGGGTCGTTTTTTGATAGTTGGAGTTGTTGTTGCAGCTTCTTCGTCGTCAAAGTATTCTGGGTATAAGCACCTTTCGCAGAAACCCTTCCTTATCTCCCTATTTCCTAATTCGTGCGCGCCTTTGTCACACAGTACCATCGTATAAGGGTTCAGTCAGTTTTATGAATACAGCATTATAGAGTGTCCAATCTTTTAAAGCCTCATTCTCTTCCTTATCGAGGAAGTCTTGGAAAGAGGTGTCCCCACCAGGGTTGCAAAGGACTATTGATGGGATGCCACCTTTAATTTGAACTGGCTTTCCATATTTACAGTTTGACTGCCAGTCTCTCTGGGCCCCAATCAGCTCTTTCCAGTGCTTTAACTTTAAATAGTGCGGTGTGACGTCATCAATGACGTTATACAAGGCACTATTTGAATACACTCTGCTGTTAAAATCTAAGTGGCCGGATAAATAATTATGTGGGCCCAAGCTCCTAGCCCACATTGTCTTGCCGGTCCTAGACTCACCCTCAATTATAATACTTTTATATCTCATAGGCCGCGCAGCGGCACTAACTCCAAAATAATCATCCGCCCATTCTTGCATATCTTCAGGAACGTTAGTAAATGAAGATAATTGAAACGGAGGGACAAACGGAGTTGGTGCCGGAGTAAAAATCCTATCTAAGTTAGAAACTAAATTATGATAACAAAATAAAAAATCTTTAGGCAATTTTTCTTTTATAATTTGTAGAGCTTCCTCTTTTGAGGAACGGTTTAGGGCCTCTGCACATTCGTCGTTAGCTGTCTGCTGGCCTCCTCTAGCAGATCTAGCGTCAATCTGGAATTCTCCCCATTCGATAGTGTCTCCGTCCTTGTCGACGTAGGAGTTGACGTCGGAGCTGGATTTAGCTCCCTGTATGTTCGGATGGAAATGTGTTGACCTGGTTGGGGATACCAGGTCGAAGAATCGTTGATTTTTGCAGTTGAATTTCCCTTCGAATTGTATAAGCACATGGAGATGAGGTTCCCCATTTTCGTGTAGCTCTCTAGCTACTTTTATGTATTTTTTATTTGTTGGTGTTTGTAGCCTTTGAAGTTGGTCGAGAGCTTCTTCTTTGGATAAAGAACAATTGGGATATGTGAGGAAATAGTTCTTGGCTGCTATTTGAAAACGTTTGGGATTGGATGGCATATTTGTAAATATGTGTTGGTTACCAATTGGTTTGCTTTTTAATTCTCTAAATGAATCGGTAACTGGTACCCAATTTATAGGGGAGGGCACCGTATTAATATT

Gene Information

NCBI Accession NP_620731.1
Location 193-483
Gene Name ORF V2
Protein Name hypothetical protein
Coding Region ATGGCCACCACAAATTGTCGGATTTGTGGGTCCTCTTTTGCCTGCCCCATTAACGAACGCTTCAGCGTTTGTGAATCTCGAGGAGCTACTCTGAGTGATTTTTTGCTGTATTTTCGTAGAAAATACATAGAAACTTCCCCGGGTTTGATTTCCTATCTCAATGCCTTACAAGCGGAAATTAACGAGTTATTTTCCGCAATCAAAGAGGTTTCGCGGAGCGAAATCCGGCATGGCAGTTGTGAAGACAAGTGCCAGCCGTCGTCTATACAAAAAGGGAAAGCGGAAGCCTGA
Protein Sequence MATTNCRICGSSFACPINERFSVCESRGATLSDFLLYFRRKYIETSPGLISYLNALQAEINELFSAIKEVSRSEIRHGSCEDKCQPSSIQKGKAEA

NCBI Accession NP_620732.1
Location 353-1081
Gene Name orf1
Protein Name coat protein
Coding Region ATGCCTTACAAGCGGAAATTAACGAGTTATTTTCCGCAATCAAAGAGGTTTCGCGGAGCGAAATCCGGCATGGCAGTTGTGAAGACAAGTGCCAGCCGTCGTCTATACAAAAAGGGAAAGCGGAAGCCTGACCGTATAAAAACATATACGTATGCATTCTCTAGTATTTGTACTGATAAAGGTACAATTGTATATATGAACAGCTGGTCTTTGGGTTTGGGTCCTCAACAGCGTAGCAGTGACATCGAGATTTTGAAGTCGATGTATATTCGCCTTACTGTTGCTCTGTCTGAAAATGCTGCTTCTCAAGTGAAGACCTATGTGGTTAAATGGGCTCTAATTGTGGATCAGGTTCCTGGTGAAACCCTAGTTGGTGTGGCGGATGTGTACAAGACTTGTCCCTCTCCTTATCCTTATGTGCAGTGTGCCTATATTGCTGATGATAATCACAGTCGTTTCCAAGTGCTGAGGAGTGGGTTTCTTAGTCTTAGTGGTAATGGTCTTGCAGTTGGATCTTCTACTAGAACTGGATGTCCGGCGATGAAGAATATGGCCTCTATTAACAAATTTTGTAAAAATTTAAATGTTAGATGCGTTTATGACGCAGATAGTGCTACTGGCGATATCGCCAGTATTAAGCGCGGTGCCGTTTATCTTGTAATCTGGCCTGACGTTGAAATCCGTTATGGATTTTCATGTACTATGTATCATAGAAATGGAAATGCGTAA
Protein Sequence MPYKRKLTSYFPQSKRFRGAKSGMAVVKTSASRRLYKKGKRKPDRIKTYTYAFSSICTDKGTIVYMNSWSLGLGPQQRSSDIEILKSMYIRLTVALSENAASQVKTYVVKWALIVDQVPGETLVGVADVYKTCPSPYPYVQCAYIADDNHSRFQVLRSGFLSLSGNGLAVGSSTRTGCPAMKNMASINKFCKNLNVRCVYDADSATGDIASIKRGAVYLVIWPDVEIRYGFSCTMYHRNGNA

NCBI Accession NP_620733.1
Location 1090-1494
Gene Name ORF C3
Protein Name replication-enhancer protein
Coding Region ATGGATTCACGCACAGGGGAATTACTCACGTACACACAGTGCCAGACTGGCTGTTACTTCGACGACATCAAGAACCCAATTTACTTCCGCCTCCAGAACACAACAACAATGGCGACGGGGAACAAAATAATAACATTACAAATCAGAGCCAACCACAACCTGCGGAAAGTGTTGGGTCTCCAGATTTGTTGGCTGAACTTGGTGGTACTTTCAGTATCACCTCGTCTGAGTGGAGAAGCATTATTAGATAGATTTAAATTTCATGTAATGAAACATTTGAATAATTTAGGTGTTATTAGTATAAATAATGTAATTAGATCGATAAATCACTTCATTGATTTATTTGATCAGCGTGTATTTTATGCTCCAAGTTTTTATTATAATATAAAGATGAGATTGTATTAA
Protein Sequence MDSRTGELLTYTQCQTGCYFDDIKNPIYFRLQNTTTMATGNKIITLQIRANHNLRKVLGLQICWLNLVVLSVSPRLSGEALLDRFKFHVMKHLNNLGVISINNVIRSINHFIDLFDQRVFYAPSFYYNIKMRLY

NCBI Accession NP_620734.1
Location 1244-1723
Gene Name ORF C2
Protein Name putative transcription activation protein
Coding Region ATGGTACTGTGTGACAAAGGCGCGCACGAATTAGGAAATAGGGAGATAAGGAAGGGTTTCTGCGAAAGGTGCTTATACCCAGAATACTTTGACGACGAAGAAGCTGCAACAACAACTCCAACTATCAAAAAACGACCCCCCAAACTGACTTGGGCACCGAAGAAAAAGAGACGAAAGGCCATTCACCTCTCCTGCGGCTGCTCATACTACGGAGGCATAGACTGTGAGGATGGATTCACGCACAGGGGAATTACTCACGTACACACAGTGCCAGACTGGCTGTTACTTCGACGACATCAAGAACCCAATTTACTTCCGCCTCCAGAACACAACAACAATGGCGACGGGGAACAAAATAATAACATTACAAATCAGAGCCAACCACAACCTGCGGAAAGTGTTGGGTCTCCAGATTTGTTGGCTGAACTTGGTGGTACTTTCAGTATCACCTCGTCTGAGTGGAGAAGCATTATTAGATAG
Protein Sequence MVLCDKGAHELGNREIRKGFCERCLYPEYFDDEEAATTTPTIKKRPPKLTWAPKKKRRKAIHLSCGCSYYGGIDCEDGFTHRGITHVHTVPDWLLLRRHQEPNLLPPPEHNNNGDGEQNNNITNQSQPQPAESVGSPDLLAELGGTFSITSSEWRSIIR

NCBI Accession NP_620735.1
Location 1710-2759
Gene Name ORF C1
Protein Name replication-associated protein
Coding Region ATGCCATCCAATCCCAAACGTTTTCAAATAGCAGCCAAGAACTATTTCCTCACATATCCCAATTGTTCTTTATCCAAAGAAGAAGCTCTCGACCAACTTCAAAGGCTACAAACACCAACAAATAAAAAATACATAAAAGTAGCTAGAGAGCTACACGAAAATGGGGAACCTCATCTCCATGTGCTTATACAATTCGAAGGGAAATTCAACTGCAAAAATCAACGATTCTTCGACCTGGTATCCCCAACCAGGTCAACACATTTCCATCCGAACATACAGGGAGCTAAATCCAGCTCCGACGTCAACTCCTACGTCGACAAGGACGGAGACACTATCGAATGGGGAGAATTCCAGATTGACGCTAGATCTGCTAGAGGAGGCCAGCAGACAGCTAACGACGAATGTGCAGAGGCCCTAAACCGTTCCTCAAAAGAGGAAGCTCTACAAATTATAAAAGAAAAATTGCCTAAAGATTTTTTATTTTGTTATCATAATTTAGTTTCTAACTTAGATAGGATTTTTACTCCGGCACCAACTCCGTTTGTCCCTCCGTTTCAATTATCTTCATTTACTAACGTTCCTGAAGATATGCAAGAATGGGCGGATGATTATTTTGGAGTTAGTGCCGCTGCGCGGCCTATGAGATATAAAAGTATTATAATTGAGGGTGAGTCTAGGACCGGCAAGACAATGTGGGCTAGGAGCTTGGGCCCACATAATTATTTATCCGGCCACTTAGATTTTAACAGCAGAGTGTATTCAAATAGTGCCTTGTATAACGTCATTGATGACGTCACACCGCACTATTTAAAGTTAAAGCACTGGAAAGAGCTGATTGGGGCCCAGAGAGACTGGCAGTCAAACTGTAAATATGGAAAGCCAGTTCAAATTAAAGGTGGCATCCCATCAATAGTCCTTTGCAACCCTGGTGGGGACACCTCTTTCCAAGACTTCCTCGATAAGGAAGAGAATGAGGCTTTAAAAGATTGGACACTCTATAATGCTGTATTCATAAAACTGACTGAACCCTTATACGATGGTACTGTGTGA
Protein Sequence MPSNPKRFQIAAKNYFLTYPNCSLSKEEALDQLQRLQTPTNKKYIKVARELHENGEPHLHVLIQFEGKFNCKNQRFFDLVSPTRSTHFHPNIQGAKSSSDVNSYVDKDGDTIEWGEFQIDARSARGGQQTANDECAEALNRSSKEEALQIIKEKLPKDFLFCYHNLVSNLDRIFTPAPTPFVPPFQLSSFTNVPEDMQEWADDYFGVSAAARPMRYKSIIIEGESRTGKTMWARSLGPHNYLSGHLDFNSRVYSNSALYNVIDDVTPHYLKLKHWKELIGAQRDWQSNCKYGKPVQIKGGIPSIVLCNPGGDTSFQDFLDKEENEALKDWTLYNAVFIKLTEPLYDGTV

NCBI Accession NP_620736.1
Location 2342-2599
Gene Name ORF C4
Protein Name C4 protein
Coding Region ATGGGGAACCTCATCTCCATGTGCTTATACAATTCGAAGGGAAATTCAACTGCAAAAATCAACGATTCTTCGACCTGGTATCCCCAACCAGGTCAACACATTTCCATCCGAACATACAGGGAGCTAAATCCAGCTCCGACGTCAACTCCTACGTCGACAAGGACGGAGACACTATCGAATGGGGAGAATTCCAGATTGACGCTAGATCTGCTAGAGGAGGCCAGCAGACAGCTAACGACGAATGTGCAGAGGCCCTAA
Protein Sequence MGNLISMCLYNSKGNSTAKINDSSTWYPQPGQHISIRTYRELNPAPTSTPTSTRTETLSNGENSRLTLDLLEEASRQLTTNVQRP