Tomato geminivirus 1


Basic Information

Genus Topilevirus
Isolate Brazil
Host
Download Genome |GFF3 |PEP |CDS

Genomic Organization


JBrowse


Genome

MF072688
ACGGATGTGGCCCCAGTTGCGAGCGCTTTAGCGCGAGCCTTTAATAAAGTGATAAAGTGAAACGCTACTTTTGACGTGGCACAATGTGAGCCGTAAAACGTGCAGAAAAAAAATAAAAAAAGCCGACAAGCAAATAACGTGGGCCCCACTAAATAAAGACATCGGAAAAAGGTAACATACTATATTATTCTTGCCTTCGTCCCTAAGTTTTGACTGGTCAAAACTTGCGGCGTACTCTATACGCTTCTTATTTGGTATATAAAGTGGTGTATTTTATACGCATTATGGAGTGGTCTTTTAACGCAGTGGTGTACATTATTGTGTACATTTGTACGCTATTCGTTACGCTCGTTAATGGATATTCCGTTATACGAAGTGAACGACTATCCCGGCGTCTACAATCAATTTCTACAGACTTGCGCCAATCGTCTAATTTCTTGGCAATTATCGAAGGTTCAATTGGAGCTCGACGTGAAAGGAATTTCAATCGACCGGAAGGAGCAGCTTCTGAAACTCCAGTAGTTCCTCGAGGAGTTCAAGAAGTTTAATCGGGTTATATCTTATCAACGCAATCATCTAGTGAAGTGTTGTTTGTATTCTACTTTCATTGCCAAATTTAGGTATGGCGGAGCGGAAGAGGAAGATGGAATGGTCGAAAGCGAATCGGAAGAGGAGTCGTACGACTCTGCCGAGGAATTCTAGGGTGTATGCTAGAAAACGACCTATATTGCGAGGTCCTAAATTGACTAGCAGGGATAAGGTTTATACGTATACGAAATACGAGACACTTACTACAGCGGGTGCGGTTTATCATCTCAATAGTTTTAGTCAGGGTTTAGCTAATAATCAACGTGCGACTTCCGTTGATATTGTTCATAATGTTCAGCTTAGGTTTTCTGTTGAGTTACCTACTGGTGCTATGGTTTTTTGTCGTCGTTACAAGATGTCATGGGCTGTTGTTCAAGATATGATGCCGGGAGATAGTATGCCAGCGGTCAGCGATATTTTTAGTATGACTTCTCCTCCTATTGAAGGTTTGGAGTATATTGCTGATGATAATCATCGCAGATTTCAAGTTAAAAAATTTGGAATTTTGTACTTGGAATCTGGTGGTGCTGACTACTCTGTTAATACTGGAAAGCAGACGTACAACGTACAAGATGCTTTGAAAAGGGTCTTCGTGAAGTGCAATACACGCGGTGTGTATGATAGTAACAGCTCTGCTGGTTCTATCAGTGCTATGAATTCTGGGGCTTTGTATTTTGTTGTAAATCCCACTTTCGCTGGGTATTTGGGTTTCAACATTACTGTGTATCATAATTCACCTGTTTAATACAGGTTTTTATTAATAAAGAAGTATTCTACATTTTGTTGTGACCATTCATAGATATCGCTATTCTGTATAGCTGTTTCGTATGATTGATCAGAATTACATAGGATAATAGATGGTATTCCTCCCTTTATTCTACATTTTTTCTTATATTTTTCGTTTACTGTGAAATCCTTTTGTGCTCCTAGGATTTCTTTTTTACATGGTAAAAACTGGAAAGGAATATCATCGAATACATTATATAACGCCGTGTTGTCATAGTTTGACCAGTCGACTCCTCCGCAGTAGTAATTATGTTTTCCCAAGCTTCTTGCCCATGCTGTTTTTCCACATCTCGTTGGACCTTCAATTATTGCGGTGGTGGGTCGGTCTGGTACCAGTTCTGGTTCCTATAAACAAAATATGAAGGTGACTCAGCTTGGTTTTCCCATGCTTCACGAATTTCCATTTTCGTTGTTTCTGATGCCCAGACCAAGTCTGAAAAATCAGCAGTAGGATTGATGTGAAGATAGGTATCGAAGCTTACGCAGTAGAGGTTTTGATCTGCCCAGTGTTGTAAGGACTCTGGAATGCCAATAAAATTTGTCCATCTGGGTTGATAACTCTCAGGGGGTGTGGGCCATTGTTTATCAGCCATGTATTCGAGGTTTCTATAGTTGTTGGCATACGTGTAGGGCTGTTCGGCCAGTACTCTGGTGAGGAAGTCAGACTTGGATGTGGATTCTGAGAGAATTCTTGTCCAGATAGCGTCTCTATTCTTCTTCGGACTTCTTCGGGAAGCTCTAAGAATACCTCTCTCCTCAAAGGTACCCCCCTTGGAAATGTAGTCCGCAACATCTGCATCCCTTCTTGGGATCTGGATGTTTGGATGATAAATTCCCGATCCGTTAGGGTCGGTGATGTCGAAGAACCTCTGGTTCTGCGTCTGAAACCTCTTCTCAGTCTGTACCAGACAGTGGATGTGTGGCTCTCCATCTTGATGGTTTTCCGTACAAGCTCTAACGTATGTGACGTTATAATCTTTTAGTAATTGAAAAAAGTAATCGATAATGAAAATTGGAATTAGAGGACACTTTGGATAGGTTAGAAAAAAGGATTTGCCCTGGATTTTAAAGGAAGAGGGTTGGCGAGGCATAGCTGCTGGCGCTACAGTGCTTTCTATTGTTTATTGTATTACAAGGATGGTGATCAGTTGATCAGTTATATACTAAATTAAATGGGCCGAATAGTGTTGGGCCGATTTATTGGGCTTCGTCAACTGGGGCACATCCTTTTAATATT

Gene Information

NCBI Accession ASU08499.1
Location 285-548
Protein Name hypothetical protein
Coding Region ATGGAGTGGTCTTTTAACGCAGTGGTGTACATTATTGTGTACATTTGTACGCTATTCGTTACGCTCGTTAATGGATATTCCGTTATACGAAGTGAACGACTATCCCGGCGTCTACAATCAATTTCTACAGACTTGCGCCAATCGTCTAATTTCTTGGCAATTATCGAAGGTTCAATTGGAGCTCGACGTGAAAGGAATTTCAATCGACCGGAAGGAGCAGCTTCTGAAACTCCAGTAGTTCCTCGAGGAGTTCAAGAAGTTTAA
Protein Sequence MEWSFNAVVYIIVYICTLFVTLVNGYSVIRSERLSRRLQSISTDLRQSSNFLAIIEGSIGARRERNFNRPEGAASETPVVPRGVQEV

NCBI Accession ASU08500.1
Location 355-522
Protein Name hypothetical protein
Coding Region ATGGATATTCCGTTATACGAAGTGAACGACTATCCCGGCGTCTACAATCAATTTCTACAGACTTGCGCCAATCGTCTAATTTCTTGGCAATTATCGAAGGTTCAATTGGAGCTCGACGTGAAAGGAATTTCAATCGACCGGAAGGAGCAGCTTCTGAAACTCCAGTAG
Protein Sequence MDIPLYEVNDYPGVYNQFLQTCANRLISWQLSKVQLELDVKGISIDRKEQLLKLQ

NCBI Accession ASU08496.1
Location 623-1333
Protein Name capsid protein
Coding Region ATGGCGGAGCGGAAGAGGAAGATGGAATGGTCGAAAGCGAATCGGAAGAGGAGTCGTACGACTCTGCCGAGGAATTCTAGGGTGTATGCTAGAAAACGACCTATATTGCGAGGTCCTAAATTGACTAGCAGGGATAAGGTTTATACGTATACGAAATACGAGACACTTACTACAGCGGGTGCGGTTTATCATCTCAATAGTTTTAGTCAGGGTTTAGCTAATAATCAACGTGCGACTTCCGTTGATATTGTTCATAATGTTCAGCTTAGGTTTTCTGTTGAGTTACCTACTGGTGCTATGGTTTTTTGTCGTCGTTACAAGATGTCATGGGCTGTTGTTCAAGATATGATGCCGGGAGATAGTATGCCAGCGGTCAGCGATATTTTTAGTATGACTTCTCCTCCTATTGAAGGTTTGGAGTATATTGCTGATGATAATCATCGCAGATTTCAAGTTAAAAAATTTGGAATTTTGTACTTGGAATCTGGTGGTGCTGACTACTCTGTTAATACTGGAAAGCAGACGTACAACGTACAAGATGCTTTGAAAAGGGTCTTCGTGAAGTGCAATACACGCGGTGTGTATGATAGTAACAGCTCTGCTGGTTCTATCAGTGCTATGAATTCTGGGGCTTTGTATTTTGTTGTAAATCCCACTTTCGCTGGGTATTTGGGTTTCAACATTACTGTGTATCATAATTCACCTGTTTAA
Protein Sequence MAERKRKMEWSKANRKRSRTTLPRNSRVYARKRPILRGPKLTSRDKVYTYTKYETLTTAGAVYHLNSFSQGLANNQRATSVDIVHNVQLRFSVELPTGAMVFCRRYKMSWAVVQDMMPGDSMPAVSDIFSMTSPPIEGLEYIADDNHRRFQVKKFGILYLESGGADYSVNTGKQTYNVQDALKRVFVKCNTRGVYDSNSSAGSISAMNSGALYFVVNPTFAGYLGFNITVYHNSPV

NCBI Accession ASU08498.1
Location NA
Protein Name replication-associated protein
Coding Region ATGCCTCGCCAACCCTCTTCCTTTAAAATCCAGGGCAAATCCTTTTTTCTAACCTATCCAAAGTGTCCTCTAATTCCAATTTTCATTATCGATTACTTTTTTCAATTACTAAAAGATTATAACGTCACATACGTTAGAGCTTGTACGGAAAACCATCAAGATGGAGAGCCACACATCCACTGTCTGGTACAGACTGAGAAGAGGTTTCAGACGCAGAACCAGAGGTTCTTCGACATCACCGACCCTAACGGATCGGGAATTTATCATCCAAACATCCAGATCCCAAGAAGGGATGCAGATGTTGCGGACTACATTTCCAAGGGGGGTACCTTTGAGGAGAGAGGTATTCTTAGAGCTTCCCGAAGAAGTCCGAAGAAGAATAGAGACGCTATCTGGACAAGAATTCTCTCAGAATCCACATCCAAGTCTGACTTCCTCACCAGAGTACTGGCCGAACAGCCCTACACGTATGCCAACAACTATAGAAACCTCGAATACATGGCTGATAAACAATGGCCCACACCCCCTGAGAGTTATCAACCCAGATGGACAAATTTTATTGGCATTCCAGAGTCCTTACAACACTGGGCAGATCAAAACCTCTACTGCGAACCAGAACTGGTACCAGACCGACCCACCACCGCAATAATTGAAGGTCCAACGAGATGTGGAAAAACAGCATGGGCAAGAAGCTTGGGAAAACATAATTACTACTGCGGAGGAGTCGACTGGTCAAACTATGACAACACGGCGTTATATAATGTATTCGATGATATTCCTTTCCAGTTTTTACCATGTAAAAAAGAAATCCTAGGAGCACAAAAGGATTTCACAGTAAACGAAAAATATAAGAAAAAATGTAGAATAAAGGGAGGAATACCATCTATTATCCTATGTAATTCTGATCAATCATACGAAACAGCTATACAGAATAGCGATATCTATGAATGGTCACAACAAAATGTAGAATACTTCTTTATTAATAAAAACCTGTATTAA
Protein Sequence MPRQPSSFKIQGKSFFLTYPKCPLIPIFIIDYFFQLLKDYNVTYVRACTENHQDGEPHIHCLVQTEKRFQTQNQRFFDITDPNGSGIYHPNIQIPRRDADVADYISKGGTFEERGILRASRRSPKKNRDAIWTRILSESTSKSDFLTRVLAEQPYTYANNYRNLEYMADKQWPTPPESYQPRWTNFIGIPESLQHWADQNLYCEPELVPDRPTTAIIEGPTRCGKTAWARSLGKHNYYCGGVDWSNYDNTALYNVFDDIPFQFLPCKKEILGAQKDFTVNEKYKKKCRIKGGIPSIILCNSDQSYETAIQNSDIYEWSQQNVEYFFINKNLY

NCBI Accession ASU08497.1
Location 1680-2465
Protein Name RepA
Coding Region ATGCCTCGCCAACCCTCTTCCTTTAAAATCCAGGGCAAATCCTTTTTTCTAACCTATCCAAAGTGTCCTCTAATTCCAATTTTCATTATCGATTACTTTTTTCAATTACTAAAAGATTATAACGTCACATACGTTAGAGCTTGTACGGAAAACCATCAAGATGGAGAGCCACACATCCACTGTCTGGTACAGACTGAGAAGAGGTTTCAGACGCAGAACCAGAGGTTCTTCGACATCACCGACCCTAACGGATCGGGAATTTATCATCCAAACATCCAGATCCCAAGAAGGGATGCAGATGTTGCGGACTACATTTCCAAGGGGGGTACCTTTGAGGAGAGAGGTATTCTTAGAGCTTCCCGAAGAAGTCCGAAGAAGAATAGAGACGCTATCTGGACAAGAATTCTCTCAGAATCCACATCCAAGTCTGACTTCCTCACCAGAGTACTGGCCGAACAGCCCTACACGTATGCCAACAACTATAGAAACCTCGAATACATGGCTGATAAACAATGGCCCACACCCCCTGAGAGTTATCAACCCAGATGGACAAATTTTATTGGCATTCCAGAGTCCTTACAACACTGGGCAGATCAAAACCTCTACTGCGTAAGCTTCGATACCTATCTTCACATCAATCCTACTGCTGATTTTTCAGACTTGGTCTGGGCATCAGAAACAACGAAAATGGAAATTCGTGAAGCATGGGAAAACCAAGCTGAGTCACCTTCATATTTTGTTTATAGGAACCAGAACTGGTACCAGACCGACCCACCACCGCAATAA
Protein Sequence MPRQPSSFKIQGKSFFLTYPKCPLIPIFIIDYFFQLLKDYNVTYVRACTENHQDGEPHIHCLVQTEKRFQTQNQRFFDITDPNGSGIYHPNIQIPRRDADVADYISKGGTFEERGILRASRRSPKKNRDAIWTRILSESTSKSDFLTRVLAEQPYTYANNYRNLEYMADKQWPTPPESYQPRWTNFIGIPESLQHWADQNLYCVSFDTYLHINPTADFSDLVWASETTKMEIREAWENQAESPSYFVYRNQNWYQTDPPPQ