Tomato geminivirus 1
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Genomic Organization
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Genome
ACGGATGTGGCCCCAGTTGCGAGCGCTTTAGCGCGAGCCTTTAATAAAGTGATAAAGTGAAACGCTACTTTTGACGTGGCACAATGTGAGCCGTAAAACGTGCAGAAAAAAAATAAAAAAAGCCGACAAGCAAATAACGTGGGCCCCACTAAATAAAGACATCGGAAAAAGGTAACATACTATATTATTCTTGCCTTCGTCCCTAAGTTTTGACTGGTCAAAACTTGCGGCGTACTCTATACGCTTCTTATTTGGTATATAAAGTGGTGTATTTTATACGCATTATGGAGTGGTCTTTTAACGCAGTGGTGTACATTATTGTGTACATTTGTACGCTATTCGTTACGCTCGTTAATGGATATTCCGTTATACGAAGTGAACGACTATCCCGGCGTCTACAATCAATTTCTACAGACTTGCGCCAATCGTCTAATTTCTTGGCAATTATCGAAGGTTCAATTGGAGCTCGACGTGAAAGGAATTTCAATCGACCGGAAGGAGCAGCTTCTGAAACTCCAGTAGTTCCTCGAGGAGTTCAAGAAGTTTAATCGGGTTATATCTTATCAACGCAATCATCTAGTGAAGTGTTGTTTGTATTCTACTTTCATTGCCAAATTTAGGTATGGCGGAGCGGAAGAGGAAGATGGAATGGTCGAAAGCGAATCGGAAGAGGAGTCGTACGACTCTGCCGAGGAATTCTAGGGTGTATGCTAGAAAACGACCTATATTGCGAGGTCCTAAATTGACTAGCAGGGATAAGGTTTATACGTATACGAAATACGAGACACTTACTACAGCGGGTGCGGTTTATCATCTCAATAGTTTTAGTCAGGGTTTAGCTAATAATCAACGTGCGACTTCCGTTGATATTGTTCATAATGTTCAGCTTAGGTTTTCTGTTGAGTTACCTACTGGTGCTATGGTTTTTTGTCGTCGTTACAAGATGTCATGGGCTGTTGTTCAAGATATGATGCCGGGAGATAGTATGCCAGCGGTCAGCGATATTTTTAGTATGACTTCTCCTCCTATTGAAGGTTTGGAGTATATTGCTGATGATAATCATCGCAGATTTCAAGTTAAAAAATTTGGAATTTTGTACTTGGAATCTGGTGGTGCTGACTACTCTGTTAATACTGGAAAGCAGACGTACAACGTACAAGATGCTTTGAAAAGGGTCTTCGTGAAGTGCAATACACGCGGTGTGTATGATAGTAACAGCTCTGCTGGTTCTATCAGTGCTATGAATTCTGGGGCTTTGTATTTTGTTGTAAATCCCACTTTCGCTGGGTATTTGGGTTTCAACATTACTGTGTATCATAATTCACCTGTTTAATACAGGTTTTTATTAATAAAGAAGTATTCTACATTTTGTTGTGACCATTCATAGATATCGCTATTCTGTATAGCTGTTTCGTATGATTGATCAGAATTACATAGGATAATAGATGGTATTCCTCCCTTTATTCTACATTTTTTCTTATATTTTTCGTTTACTGTGAAATCCTTTTGTGCTCCTAGGATTTCTTTTTTACATGGTAAAAACTGGAAAGGAATATCATCGAATACATTATATAACGCCGTGTTGTCATAGTTTGACCAGTCGACTCCTCCGCAGTAGTAATTATGTTTTCCCAAGCTTCTTGCCCATGCTGTTTTTCCACATCTCGTTGGACCTTCAATTATTGCGGTGGTGGGTCGGTCTGGTACCAGTTCTGGTTCCTATAAACAAAATATGAAGGTGACTCAGCTTGGTTTTCCCATGCTTCACGAATTTCCATTTTCGTTGTTTCTGATGCCCAGACCAAGTCTGAAAAATCAGCAGTAGGATTGATGTGAAGATAGGTATCGAAGCTTACGCAGTAGAGGTTTTGATCTGCCCAGTGTTGTAAGGACTCTGGAATGCCAATAAAATTTGTCCATCTGGGTTGATAACTCTCAGGGGGTGTGGGCCATTGTTTATCAGCCATGTATTCGAGGTTTCTATAGTTGTTGGCATACGTGTAGGGCTGTTCGGCCAGTACTCTGGTGAGGAAGTCAGACTTGGATGTGGATTCTGAGAGAATTCTTGTCCAGATAGCGTCTCTATTCTTCTTCGGACTTCTTCGGGAAGCTCTAAGAATACCTCTCTCCTCAAAGGTACCCCCCTTGGAAATGTAGTCCGCAACATCTGCATCCCTTCTTGGGATCTGGATGTTTGGATGATAAATTCCCGATCCGTTAGGGTCGGTGATGTCGAAGAACCTCTGGTTCTGCGTCTGAAACCTCTTCTCAGTCTGTACCAGACAGTGGATGTGTGGCTCTCCATCTTGATGGTTTTCCGTACAAGCTCTAACGTATGTGACGTTATAATCTTTTAGTAATTGAAAAAAGTAATCGATAATGAAAATTGGAATTAGAGGACACTTTGGATAGGTTAGAAAAAAGGATTTGCCCTGGATTTTAAAGGAAGAGGGTTGGCGAGGCATAGCTGCTGGCGCTACAGTGCTTTCTATTGTTTATTGTATTACAAGGATGGTGATCAGTTGATCAGTTATATACTAAATTAAATGGGCCGAATAGTGTTGGGCCGATTTATTGGGCTTCGTCAACTGGGGCACATCCTTTTAATATT
Gene Information
NCBI Accession
|
ASU08499.1
|
Location
|
285-548 |
Protein Name
|
hypothetical protein |
Coding Region
|
ATGGAGTGGTCTTTTAACGCAGTGGTGTACATTATTGTGTACATTTGTACGCTATTCGTTACGCTCGTTAATGGATATTCCGTTATACGAAGTGAACGACTATCCCGGCGTCTACAATCAATTTCTACAGACTTGCGCCAATCGTCTAATTTCTTGGCAATTATCGAAGGTTCAATTGGAGCTCGACGTGAAAGGAATTTCAATCGACCGGAAGGAGCAGCTTCTGAAACTCCAGTAGTTCCTCGAGGAGTTCAAGAAGTTTAA |
Protein Sequence
|
MEWSFNAVVYIIVYICTLFVTLVNGYSVIRSERLSRRLQSISTDLRQSSNFLAIIEGSIGARRERNFNRPEGAASETPVVPRGVQEV |
NCBI Accession
|
ASU08500.1
|
Location
|
355-522 |
Protein Name
|
hypothetical protein |
Coding Region
|
ATGGATATTCCGTTATACGAAGTGAACGACTATCCCGGCGTCTACAATCAATTTCTACAGACTTGCGCCAATCGTCTAATTTCTTGGCAATTATCGAAGGTTCAATTGGAGCTCGACGTGAAAGGAATTTCAATCGACCGGAAGGAGCAGCTTCTGAAACTCCAGTAG |
Protein Sequence
|
MDIPLYEVNDYPGVYNQFLQTCANRLISWQLSKVQLELDVKGISIDRKEQLLKLQ |
NCBI Accession
|
ASU08496.1
|
Location
|
623-1333 |
Protein Name
|
capsid protein |
Coding Region
|
ATGGCGGAGCGGAAGAGGAAGATGGAATGGTCGAAAGCGAATCGGAAGAGGAGTCGTACGACTCTGCCGAGGAATTCTAGGGTGTATGCTAGAAAACGACCTATATTGCGAGGTCCTAAATTGACTAGCAGGGATAAGGTTTATACGTATACGAAATACGAGACACTTACTACAGCGGGTGCGGTTTATCATCTCAATAGTTTTAGTCAGGGTTTAGCTAATAATCAACGTGCGACTTCCGTTGATATTGTTCATAATGTTCAGCTTAGGTTTTCTGTTGAGTTACCTACTGGTGCTATGGTTTTTTGTCGTCGTTACAAGATGTCATGGGCTGTTGTTCAAGATATGATGCCGGGAGATAGTATGCCAGCGGTCAGCGATATTTTTAGTATGACTTCTCCTCCTATTGAAGGTTTGGAGTATATTGCTGATGATAATCATCGCAGATTTCAAGTTAAAAAATTTGGAATTTTGTACTTGGAATCTGGTGGTGCTGACTACTCTGTTAATACTGGAAAGCAGACGTACAACGTACAAGATGCTTTGAAAAGGGTCTTCGTGAAGTGCAATACACGCGGTGTGTATGATAGTAACAGCTCTGCTGGTTCTATCAGTGCTATGAATTCTGGGGCTTTGTATTTTGTTGTAAATCCCACTTTCGCTGGGTATTTGGGTTTCAACATTACTGTGTATCATAATTCACCTGTTTAA |
Protein Sequence
|
MAERKRKMEWSKANRKRSRTTLPRNSRVYARKRPILRGPKLTSRDKVYTYTKYETLTTAGAVYHLNSFSQGLANNQRATSVDIVHNVQLRFSVELPTGAMVFCRRYKMSWAVVQDMMPGDSMPAVSDIFSMTSPPIEGLEYIADDNHRRFQVKKFGILYLESGGADYSVNTGKQTYNVQDALKRVFVKCNTRGVYDSNSSAGSISAMNSGALYFVVNPTFAGYLGFNITVYHNSPV |
NCBI Accession
|
ASU08498.1
|
Location
|
NA |
Protein Name
|
replication-associated protein |
Coding Region
|
ATGCCTCGCCAACCCTCTTCCTTTAAAATCCAGGGCAAATCCTTTTTTCTAACCTATCCAAAGTGTCCTCTAATTCCAATTTTCATTATCGATTACTTTTTTCAATTACTAAAAGATTATAACGTCACATACGTTAGAGCTTGTACGGAAAACCATCAAGATGGAGAGCCACACATCCACTGTCTGGTACAGACTGAGAAGAGGTTTCAGACGCAGAACCAGAGGTTCTTCGACATCACCGACCCTAACGGATCGGGAATTTATCATCCAAACATCCAGATCCCAAGAAGGGATGCAGATGTTGCGGACTACATTTCCAAGGGGGGTACCTTTGAGGAGAGAGGTATTCTTAGAGCTTCCCGAAGAAGTCCGAAGAAGAATAGAGACGCTATCTGGACAAGAATTCTCTCAGAATCCACATCCAAGTCTGACTTCCTCACCAGAGTACTGGCCGAACAGCCCTACACGTATGCCAACAACTATAGAAACCTCGAATACATGGCTGATAAACAATGGCCCACACCCCCTGAGAGTTATCAACCCAGATGGACAAATTTTATTGGCATTCCAGAGTCCTTACAACACTGGGCAGATCAAAACCTCTACTGCGAACCAGAACTGGTACCAGACCGACCCACCACCGCAATAATTGAAGGTCCAACGAGATGTGGAAAAACAGCATGGGCAAGAAGCTTGGGAAAACATAATTACTACTGCGGAGGAGTCGACTGGTCAAACTATGACAACACGGCGTTATATAATGTATTCGATGATATTCCTTTCCAGTTTTTACCATGTAAAAAAGAAATCCTAGGAGCACAAAAGGATTTCACAGTAAACGAAAAATATAAGAAAAAATGTAGAATAAAGGGAGGAATACCATCTATTATCCTATGTAATTCTGATCAATCATACGAAACAGCTATACAGAATAGCGATATCTATGAATGGTCACAACAAAATGTAGAATACTTCTTTATTAATAAAAACCTGTATTAA |
Protein Sequence
|
MPRQPSSFKIQGKSFFLTYPKCPLIPIFIIDYFFQLLKDYNVTYVRACTENHQDGEPHIHCLVQTEKRFQTQNQRFFDITDPNGSGIYHPNIQIPRRDADVADYISKGGTFEERGILRASRRSPKKNRDAIWTRILSESTSKSDFLTRVLAEQPYTYANNYRNLEYMADKQWPTPPESYQPRWTNFIGIPESLQHWADQNLYCEPELVPDRPTTAIIEGPTRCGKTAWARSLGKHNYYCGGVDWSNYDNTALYNVFDDIPFQFLPCKKEILGAQKDFTVNEKYKKKCRIKGGIPSIILCNSDQSYETAIQNSDIYEWSQQNVEYFFINKNLY |
NCBI Accession
|
ASU08497.1
|
Location
|
1680-2465 |
Protein Name
|
RepA |
Coding Region
|
ATGCCTCGCCAACCCTCTTCCTTTAAAATCCAGGGCAAATCCTTTTTTCTAACCTATCCAAAGTGTCCTCTAATTCCAATTTTCATTATCGATTACTTTTTTCAATTACTAAAAGATTATAACGTCACATACGTTAGAGCTTGTACGGAAAACCATCAAGATGGAGAGCCACACATCCACTGTCTGGTACAGACTGAGAAGAGGTTTCAGACGCAGAACCAGAGGTTCTTCGACATCACCGACCCTAACGGATCGGGAATTTATCATCCAAACATCCAGATCCCAAGAAGGGATGCAGATGTTGCGGACTACATTTCCAAGGGGGGTACCTTTGAGGAGAGAGGTATTCTTAGAGCTTCCCGAAGAAGTCCGAAGAAGAATAGAGACGCTATCTGGACAAGAATTCTCTCAGAATCCACATCCAAGTCTGACTTCCTCACCAGAGTACTGGCCGAACAGCCCTACACGTATGCCAACAACTATAGAAACCTCGAATACATGGCTGATAAACAATGGCCCACACCCCCTGAGAGTTATCAACCCAGATGGACAAATTTTATTGGCATTCCAGAGTCCTTACAACACTGGGCAGATCAAAACCTCTACTGCGTAAGCTTCGATACCTATCTTCACATCAATCCTACTGCTGATTTTTCAGACTTGGTCTGGGCATCAGAAACAACGAAAATGGAAATTCGTGAAGCATGGGAAAACCAAGCTGAGTCACCTTCATATTTTGTTTATAGGAACCAGAACTGGTACCAGACCGACCCACCACCGCAATAA |
Protein Sequence
|
MPRQPSSFKIQGKSFFLTYPKCPLIPIFIIDYFFQLLKDYNVTYVRACTENHQDGEPHIHCLVQTEKRFQTQNQRFFDITDPNGSGIYHPNIQIPRRDADVADYISKGGTFEERGILRASRRSPKKNRDAIWTRILSESTSKSDFLTRVLAEQPYTYANNYRNLEYMADKQWPTPPESYQPRWTNFIGIPESLQHWADQNLYCVSFDTYLHINPTADFSDLVWASETTKMEIREAWENQAESPSYFVYRNQNWYQTDPPPQ |