Citrus chlorotic dwarf associated virus


Basic Information

Genus Citlodavirus
NCBI Assembly GCF_000898955.1
Isolate Turkey
Release date 2015/2/22
Submitter Loconsole,G., Saldarelli,P., Doddapaneni,H., Savino,V., Martelli,G.P., Saponari,M.
Host
Download Genome |GFF3 |PEP |CDS

Genomic Organization


JBrowse


Genome

NC_018151
ATCCCGGTTATTGGTTAGGTTTGAATAGGTATTCAAATTTTGATTATGAAACGTGTTGGGCACGTTTCCTCGTGCTATATAAACGTGGAATACTATGCGTATTTGTACATGGAGAAAGGATTATTTGGGGAACACACGGAGAAGGTATTGATCTGTGTACTTGTTTTTTTTTATTCAATCCAAATCATAAGCAATGTGTCATTATGCATTAAGTGTTCAAGATTTGCCCGAGAGTTTGTTCGGTTTAATGAGCATGTTGAGTGTGAGGTATTTAAAGTGTGTGGAAGAGAGGGAAATGGAGAGAAGCCTAATGGTAGGGAATCCCGTAGGAGGAGCCCTGGGTAATGCTCGTATACTTATACGGTTAATACGTAGATACTGCAGGTGTAGAGACTGGGTAAGGAAAGGTAGGGTCAATGGTGAGTACCAGGAGTGGAGGACAATATGGGACAAGCCGTGTAACGACTGTGGAGACGCTGCCGATGTGGGCCACAAAGAGAAGAAGGAGGCCCAGGTGGCCGAGAAAGGAAAAGAAGCCCAAGATTGCTGGGGCTGTATTTGTGAAGGCCCGGCCCAGGAGAAAGTCGAGCAAAGGTGTTCCTCCGGGGTGTAAGGGCCCATGTAAAACACACACGGTGGATGTGATAAAGACTATTTATCACGATGGCCGTGGATCTGGAATGATTTCAAATATTGACCGAGGTGATGAGCTAGGTCAAAGGGAAGGAAGGAAAATAAGGGTTTCACGTATGATCATACGTGGCAAGATCTGGTTGGACGTGAATAATGCATCCGTACCAGGAAGCAATTTAGCTAAAATATGGATTTTCAAGGATAGGAGACCGGGGACTGAACCGGTTGCTTTTAATGCGCTGATGGATATGTCTGATTCAGAACCACTCAGTGCATTTGTGAAGGTTGACTACAGGGACAGGTTTATTGCCCTTCACACTATGACGGTAGACCTGCACGGTGGAAAGGATTTTAGGGTTGACGAGCTTGACTTGGATGAGTTAGTTGAGATAAACAGTGATGTTTTGTTTAGTCATGAGGACGATGGGTCTGTGGCCCATACGATCCAAAATGGTATTTTTATATATTATGCTTGTAGTGATCCTAGACAGACTGTGCAAATAACTGCACAGGCTCGATTGTATTTTTATGATTCTACATCAAATTAATAAAATTTAATATTTTTTTTTAAAATAGAATGGACGGTCAAGATTTGGTGTTACAAGACTATCATAGCACGAGACGTATTGAATACCCTCTAAGTGATGAGTGGCAGCAGATAAAGCTTGCATTCCCTAGTATGAAGGAGATTAGCTGGCATAAGTTACGTGGTCAATGCATGAAAATTGACCATTGTCAGATACGGTATGATCCGCAAGTACCTGCTAATGCAGAAGGGAATGTATTGGTTGTGGTACACGATAGACGTATGGAAGCTGACAAGTCAATGCAAGCTGAATATACTTTTCCAATACGATGTGGAATAGAACTTAATTACTATTCCTGTTCGTATTTTTCGTTGAAGGACCCAGTACCATGGTGTGTATACTATAGGGTTGTGAACTCTACTGTGTTGAAGGGTTCTCATTTTTGTCAATTTAAGGCGCGCGTGAAGCTAAGCGCGGCTAAATCAAGTAGCCCAATTGGGTTCAGGGGTCCAAGTGTTAAGATTTTAAACAAGGCATTCAACGAAGACCAGGTGGATTTCATGCACGTGGGCATCCCGAAGTCAGAAAGGGTGTTATGCAGGAGTAATAGTGTTTTAACGACCCGGCCCAGATTGAATCTTGAGGCTGGGGAGAGTTGGGCCTCGAAAAGTATATTATCAGGCGAAGGTGGATCGGAGGTTGGTGATTCCGGCCCATATAGGGGTTTGGCTCAGTTAGGCCCAGACGCGATTGATCCAGGTGATAGCGCGTCTAATTTGGGTGATCCAAAATCAGTTGCGGATGAAGTCATTAGAAGACTTAACAGTTCAGTTATTGGGATGGACTTAAACAGTTCAAAATTTGCAGAGATAATTGGAGATGCAGTACTCAAGGGAAGTGTGATCAACAGTAGAGATAATCAGGCCTCAACAAGTAATGCTAATGATTATAAGAAAAAAAGCTTGGCTTAAAATTGTATAATTTGTAATTAACGGGGTACGCTTAAGCATTTGTTTGAGCCGAGGCTTTCGAGGCGAGTCACCCCGAAATATAATTTGCCAGAAAATCAATATGTTTATTATAGATAATAAAGGCACGAAGTGCCGTACAAGGATACGAAATCAAATACACGCAAACAACTAGTAGAATACATCAGTGGGGTCCATATAATGCATAAGTACATTTTGGTTCCACCAGTCCTTTATTGTGGGTGACATATAAGTTAACCAGTCCATATCTGGATTAACACATATTATGGACGGTATGCCTCCCTTAATAGTGCGATCGGGTCTATACTTAATGTTAACGGTAATGTTTTTTTGGGACCCCACTAAGGATTTCATAACCTCATGTGAGATTTTGGTGTATTGGATGTCATCAATGACGTTATACAGTGCGTGGTCGTTGTAGTCGTGGAATTTGATGGCACCCGTGAAGTAGTTGTGTAGGCCTAAACTTCTGGCCCAGGCGGTTTTGCCTGATCGGCTTGGGCCGCAGATGTAGAGGGATTTGGGCCTGTCGGGCTTGGAGTCTGGTTCCTGTGCTCGTCACACCAGAAGTGATGTTGCAAATTAATTGGGCACTCAGTCTCAAATATTGCTTTTGGACAGCAGGAATAACACAGTTCATACTGTAAAAATGGTTTACTTACACATAGGATGTTCTGCTGGGCCCACTGCTTGACGTGTTCAGGAAGGTTCGGGAATTCTGTGAAAGCAGGTATGAACGGTTCACGTAGTCTGCAGTAGTTGTCACGTGCGAACGCTGAGATCGCTGGCCATCTGAGGACGAAGTCTGATGGTCTGAGCTCTCTGACTAGGTTAAGGAAGGACCGTTCGTCGGTTGCCTCGAGGAGCACGTCCCTCCACAGTTTTTCTTGATCCTTTTGTGGGGATCGTGCTCTGGAGTTGAAGCGTCCTTCCTCCACATAGTTGCCGTCCTTCATGAGGTATTTTCTGGAGGCGGCTGGTGATTTCAAGGACTCGATACAGGGATGGAATGACCTCTCTCTGCGTACGGAGAGGAGGTCGAAGAACCGGGGGTTCTGTGTTTCGACCCGTTTCTTGCACTGGATCATGGCATGAAGGTGTGGGTCTCCGGATTCGTGGAGTTCCTCACACACGCACATGTAAGTGATTGTGAATCGTGCGAGTGTTAGTCGAAGGAAAGCTTGGAGGTGTTCCTTGGTGCATGGGCACTTGGGGTATGTAAGGAAAATATTTTTGGCTGAGAATCGGAAGCTAGAGGAAGTGGAAGCCATGTTGTACGGATTGGTGGAGGAAAGATTAGCCCCCTTATGGTAGTGGGAGTGGGAGTGCCAATTTTATATAATATTACAGGCACTCCCACTGTGACACGTGGCAGTTTAGCAGCCACAAACAGAGATATGATTGAGAGATGCTCTACGTGGAATAACCTGAGGCCGTTAGATTTGTGTTTCTCACTTTAAATAATAACCATTGGATGAGCTATCCATGCGA

Gene Information

NCBI Accession YP_006522418.1
Location 194-613
Protein Name putative V2-like protein
Coding Region ATGTGTCATTATGCATTAAGTGTTCAAGATTTGCCCGAGAGTTTGTTCGGTTTAATGAGCATGTTGAGTGTGAGGTATTTAAAGTGTGTGGAAGAGAGGGAAATGGAGAGAAGCCTAATGGTAGGGAATCCCGTAGGAGGAGCCCTGGGTAATGCTCGTATACTTATACGGTTAATACGTAGATACTGCAGGTGTAGAGACTGGGTAAGGAAAGGTAGGGTCAATGGTGAGTACCAGGAGTGGAGGACAATATGGGACAAGCCGTGTAACGACTGTGGAGACGCTGCCGATGTGGGCCACAAAGAGAAGAAGGAGGCCCAGGTGGCCGAGAAAGGAAAAGAAGCCCAAGATTGCTGGGGCTGTATTTGTGAAGGCCCGGCCCAGGAGAAAGTCGAGCAAAGGTGTTCCTCCGGGGTGTAA
Protein Sequence MCHYALSVQDLPESLFGLMSMLSVRYLKCVEEREMERSLMVGNPVGGALGNARILIRLIRRYCRCRDWVRKGRVNGEYQEWRTIWDKPCNDCGDAADVGHKEKKEAQVAEKGKEAQDCWGCICEGPAQEKVEQRCSSGV

NCBI Accession YP_006522419.1
Location 417-1181
Protein Name putative coat protein-like protein
Coding Region ATGGTGAGTACCAGGAGTGGAGGACAATATGGGACAAGCCGTGTAACGACTGTGGAGACGCTGCCGATGTGGGCCACAAAGAGAAGAAGGAGGCCCAGGTGGCCGAGAAAGGAAAAGAAGCCCAAGATTGCTGGGGCTGTATTTGTGAAGGCCCGGCCCAGGAGAAAGTCGAGCAAAGGTGTTCCTCCGGGGTGTAAGGGCCCATGTAAAACACACACGGTGGATGTGATAAAGACTATTTATCACGATGGCCGTGGATCTGGAATGATTTCAAATATTGACCGAGGTGATGAGCTAGGTCAAAGGGAAGGAAGGAAAATAAGGGTTTCACGTATGATCATACGTGGCAAGATCTGGTTGGACGTGAATAATGCATCCGTACCAGGAAGCAATTTAGCTAAAATATGGATTTTCAAGGATAGGAGACCGGGGACTGAACCGGTTGCTTTTAATGCGCTGATGGATATGTCTGATTCAGAACCACTCAGTGCATTTGTGAAGGTTGACTACAGGGACAGGTTTATTGCCCTTCACACTATGACGGTAGACCTGCACGGTGGAAAGGATTTTAGGGTTGACGAGCTTGACTTGGATGAGTTAGTTGAGATAAACAGTGATGTTTTGTTTAGTCATGAGGACGATGGGTCTGTGGCCCATACGATCCAAAATGGTATTTTTATATATTATGCTTGTAGTGATCCTAGACAGACTGTGCAAATAACTGCACAGGCTCGATTGTATTTTTATGATTCTACATCAAATTAA
Protein Sequence MVSTRSGGQYGTSRVTTVETLPMWATKRRRRPRWPRKEKKPKIAGAVFVKARPRRKSSKGVPPGCKGPCKTHTVDVIKTIYHDGRGSGMISNIDRGDELGQREGRKIRVSRMIIRGKIWLDVNNASVPGSNLAKIWIFKDRRPGTEPVAFNALMDMSDSEPLSAFVKVDYRDRFIALHTMTVDLHGGKDFRVDELDLDELVEINSDVLFSHEDDGSVAHTIQNGIFIYYACSDPRQTVQITAQARLYFYDSTSN

NCBI Accession YP_006522420.1
Location 1211-2131
Protein Name putative BL1-like movement protein
Coding Region ATGGACGGTCAAGATTTGGTGTTACAAGACTATCATAGCACGAGACGTATTGAATACCCTCTAAGTGATGAGTGGCAGCAGATAAAGCTTGCATTCCCTAGTATGAAGGAGATTAGCTGGCATAAGTTACGTGGTCAATGCATGAAAATTGACCATTGTCAGATACGGTATGATCCGCAAGTACCTGCTAATGCAGAAGGGAATGTATTGGTTGTGGTACACGATAGACGTATGGAAGCTGACAAGTCAATGCAAGCTGAATATACTTTTCCAATACGATGTGGAATAGAACTTAATTACTATTCCTGTTCGTATTTTTCGTTGAAGGACCCAGTACCATGGTGTGTATACTATAGGGTTGTGAACTCTACTGTGTTGAAGGGTTCTCATTTTTGTCAATTTAAGGCGCGCGTGAAGCTAAGCGCGGCTAAATCAAGTAGCCCAATTGGGTTCAGGGGTCCAAGTGTTAAGATTTTAAACAAGGCATTCAACGAAGACCAGGTGGATTTCATGCACGTGGGCATCCCGAAGTCAGAAAGGGTGTTATGCAGGAGTAATAGTGTTTTAACGACCCGGCCCAGATTGAATCTTGAGGCTGGGGAGAGTTGGGCCTCGAAAAGTATATTATCAGGCGAAGGTGGATCGGAGGTTGGTGATTCCGGCCCATATAGGGGTTTGGCTCAGTTAGGCCCAGACGCGATTGATCCAGGTGATAGCGCGTCTAATTTGGGTGATCCAAAATCAGTTGCGGATGAAGTCATTAGAAGACTTAACAGTTCAGTTATTGGGATGGACTTAAACAGTTCAAAATTTGCAGAGATAATTGGAGATGCAGTACTCAAGGGAAGTGTGATCAACAGTAGAGATAATCAGGCCTCAACAAGTAATGCTAATGATTATAAGAAAAAAAGCTTGGCTTAA
Protein Sequence MDGQDLVLQDYHSTRRIEYPLSDEWQQIKLAFPSMKEISWHKLRGQCMKIDHCQIRYDPQVPANAEGNVLVVVHDRRMEADKSMQAEYTFPIRCGIELNYYSCSYFSLKDPVPWCVYYRVVNSTVLKGSHFCQFKARVKLSAAKSSSPIGFRGPSVKILNKAFNEDQVDFMHVGIPKSERVLCRSNSVLTTRPRLNLEAGESWASKSILSGEGGSEVGDSGPYRGLAQLGPDAIDPGDSASNLGDPKSVADEVIRRLNSSVIGMDLNSSKFAEIIGDAVLKGSVINSRDNQASTSNANDYKKKSLA

NCBI Accession YP_006522421.1
Location 2300->2707
Protein Name putative C1:C2-like protein
Coding Region CGAGCACAGGAACCAGACTCCAAGCCCGACAGGCCCAAATCCCTCTACATCTGCGGCCCAAGCCGATCAGGCAAAACCGCCTGGGCCAGAAGTTTAGGCCTACACAACTACTTCACGGGTGCCATCAAATTCCACGACTACAACGACCACGCACTGTATAACGTCATTGATGACATCCAATACACCAAAATCTCACATGAGGTTATGAAATCCTTAGTGGGGTCCCAAAAAAACATTACCGTTAACATTAAGTATAGACCCGATCGCACTATTAAGGGAGGCATACCGTCCATAATATGTGTTAATCCAGATATGGACTGGTTAACTTATATGTCACCCACAATAAAGGACTGGTGGAACCAAAATGTACTTATGCATTATATGGACCCCACTGATGTATTCTACTAG
Protein Sequence RAQEPDSKPDRPKSLYICGPSRSGKTAWARSLGLHNYFTGAIKFHDYNDHALYNVIDDIQYTKISHEVMKSLVGSQKNITVNIKYRPDRTIKGGIPSIICVNPDMDWLTYMSPTIKDWWNQNVLMHYMDPTDVFY

NCBI Accession YP_006522422.1
Location 2611-3420
Protein Name putative RepA-like protein
Coding Region ATGGCTTCCACTTCCTCTAGCTTCCGATTCTCAGCCAAAAATATTTTCCTTACATACCCCAAGTGCCCATGCACCAAGGAACACCTCCAAGCTTTCCTTCGACTAACACTCGCACGATTCACAATCACTTACATGTGCGTGTGTGAGGAACTCCACGAATCCGGAGACCCACACCTTCATGCCATGATCCAGTGCAAGAAACGGGTCGAAACACAGAACCCCCGGTTCTTCGACCTCCTCTCCGTACGCAGAGAGAGGTCATTCCATCCCTGTATCGAGTCCTTGAAATCACCAGCCGCCTCCAGAAAATACCTCATGAAGGACGGCAACTATGTGGAGGAAGGACGCTTCAACTCCAGAGCACGATCCCCACAAAAGGATCAAGAAAAACTGTGGAGGGACGTGCTCCTCGAGGCAACCGACGAACGGTCCTTCCTTAACCTAGTCAGAGAGCTCAGACCATCAGACTTCGTCCTCAGATGGCCAGCGATCTCAGCGTTCGCACGTGACAACTACTGCAGACTACGTGAACCGTTCATACCTGCTTTCACAGAATTCCCGAACCTTCCTGAACACGTCAAGCAGTGGGCCCAGCAGAACATCCTATGTGTAAGTAAACCATTTTTACAGTATGAACTGTGTTATTCCTGCTGTCCAAAAGCAATATTTGAGACTGAGTGCCCAATTAATTTGCAACATCACTTCTGGTGTGACGAGCACAGGAACCAGACTCCAAGCCCGACAGGCCCAAATCCCTCTACATCTGCGGCCCAAGCCGATCAGGCAAAACCGCCTGGGCCAGAAGTTTAG
Protein Sequence MASTSSSFRFSAKNIFLTYPKCPCTKEHLQAFLRLTLARFTITYMCVCEELHESGDPHLHAMIQCKKRVETQNPRFFDLLSVRRERSFHPCIESLKSPAASRKYLMKDGNYVEEGRFNSRARSPQKDQEKLWRDVLLEATDERSFLNLVRELRPSDFVLRWPAISAFARDNYCRLREPFIPAFTEFPNLPEHVKQWAQQNILCVSKPFLQYELCYSCCPKAIFETECPINLQHHFWCDEHRNQTPSPTGPNPSTSAAQADQAKPPGPEV