Vinca leaf curl virus


Basic Information

Genus Begomovirus
NCBI Assembly GCF_001430335.1
Isolate India
Release date 2015/11/3
Submitter Nehra,C., Sekhsaria,C., Gaur,R.K.
Host
Vector
Download Genome |GFF3 |PEP |CDS

Genomic Organization


JBrowse


Genome

NC_028124
ACCGGATGGCGGCGATTAATTTTTTTGGGGCCCCGACAAAGCACTAACTGTCAATGTCATGTGGTGGTTTGAGAATGGTTCCTCGTAGCCTAATTGTTTTGTGTTCCGGTCTATAAAGTAAGTGCGCAAGCTGTGTTTCACATTCACCATGTGGGATCCGTTATTGAATGAGTTTCCCGAAACCGTTCAAGGTTTTTGGAGTATGTTAGCCGTTATTTATCTGCAGTTAGTAGAAAATACCTATTCCGGAGATACTCTGGGATACGATTTAATTAGCCATTTGATTGCAGTAATAAGGGCCAGGAATTATGTCGAAGCGACCAGTAGATATAATCAAAACCACGCCCGCATCGATGGTACGTTGCCGTCTCTTCTTCGACAGCTCATATGTGAGTCGTGTTGCTGCCGCGATTGTCCGCGGCACCAAAGCTTTTGCATCGGCGTTCAGGTCCATGAACAGAGAGCGGAGGATGTCCAGGATTTACAGAAGTCGAGATGTCGCTAGAGGATTTGAAGGCTTATGTAAGGTCGAGTCGTTGGAGTCCAGACATGATATGGGGCACATTGGGTTTGTCATGTGTGTTAGTGAAAACCCTCGTCCTGTTGGACTGACCCACAGGGTTGGCAAGAGGTTCTGTGTTAAGTCCGTTTATGTTCTGGGCTTGTTCTGGACGGACCAGTTCAACAAGAGTAAGAAACATAGGAATAGTCTTATGTTGTTTCTTGTTAGGGATCGTAGGCCTGTTGATAAGCCTCAAGATTTTGGTGAGGTTTTTAACATGTTTGATAATGAGCCCAGCACGGCGACTGTGAAGAATGTTCATCGTGATAGATACCAGGTATTGAGGAAGTGGCATGCAACTGTCACCGGTGGACAGTACGCTTCAAAGGAACAAGCTCTCGTGAAGAAGTTTATTAGAGTTAATAATTATGTTGTTTATAACCAGCAAGAAGCTGGCAAGTATGAGAATCATACTGAGAATGCTTTGATGTTGTATATGGCGTGTACGCACGCCTCTAACCCAGTGTATGCTACTCTGAAAATACGGATCTATTTTTATGATTCCGTAACAAATTAATAAATATTAAATTTTATTGAATAAGATTGTTCTATATATACAATGTGTTGTAATACATTCCATAATACATGATCAACTGATCTGATTACATTATTAATACTGATAACTCCTAAATTATTTAAGTATTTAAGAACTTGAGTCTTAAAGACCCTTAAGAAACGACCAGTCGGAGGCTGTGAGGTCATCCAGATTCGGAAGGCTAGGAAACATTTGTGTATCCCCAACGCTTTCCTCAGGTTGTGATTGAACTGTATCTGGACAGTGATGATGTCTTGGTTCATGAGGAATGGTCTGTTGTGGTGCTCTGTTATCTTGAAATAGAGGGGATTTTGAATCTCCCAGATAAATACGCCATTCTGTGCTTGAGCTGCAGTGATGAGTTCCCCTGTGCGTGAATCCATGGTTGTGGCAGGCTAATGCTATGAAGTATGAACACCCACACGGGAGATCAACACGACGACGCCTGGTCCCCTTCTTGGCTAGCCTGTGCTGCACTTTGATTGGAACCTGAGTAGAGTGGGCCTTCGAGGGTGATGAAGGTCGCATTATGTATAGCCCACGACCTCAGTGCTGAGTTCTTTTCCTCATCGAGGTATTCTTTATAGCTGGAATTGGGCCCAGGATTGCATAGGAAGATAGTGGGTATACCTCCTTTAATTTGAACTGGCTTTCCGTACTTTGTATTTGATTGCCAGTCCCTTTGGGCCCCCATGAATTCTTTAAAGTGCTTTAGGTAGTGGGGATCGACGTCATCAATGACGTTGTACCAGGCCTCGTTGCTTTCTACCTTAGGACTAAGGTCTAGATGACCACACAAATAATTGTGTGGACCCAAAGACCTAGCCCACATGGTCTTCCCCGTTCGACTATCACCTTCTACCACAATACTCATGGGTCTCAATGGCCGCGCAGCGGCATCCACCACGTTCTCAGCAGCCCAGACTTCAAGTTCTTCCGGAACGGGAAAAAAAGAAGAAGATAAAAAAGGCGAAACATAAACCTCCAACGGAGGACTAAAAATCCTATCTAAATTAGCATTTAAATTATGAAATTGAAGTACATAATCTTTTGGTGCTAATTCTTTAATTACTCTAAGAGCCTCTGACTTACTGCCTGCGTTAAGCGCTGCGGCGTAAGCGTCGTTGGCTGACTGTTGTCCCCCTCTTGCAGATCTTCCATCGATCTGAAACTCTCCCCAGTCGAGGGTGTCTCCGTCCTTCTCCAGATAGGACTTGACATCTGAGCTTGACTTAGCTCCCTGAATGGTCGGATGCATATGTGCTGGCCTGGTTCGGCATACCAGGTCGAAGAATCTGTTATTCGTGCAGACGAATTTGCCCTCGAACTGGATGAGCACATGGAGATGAGGGCTCCCATCTTCGTGTAACCCTCTGCAGAGTTTGATGTATTTTTTATTCGCGAGGGTGTGTTTCCCTTCAATTTCCCTTTGAGCAACCTCTTTAGTGAGTGAGCACTGTGGATAAGTGATGAAATAATTTTTGGCTTGTACTTTAAAACCCTTAATTTGGAATTGGTTTTGACGTGGCATATTGAATTGGGTGCTCTCAAAACTCTGAGTTCTATGTATCGGTGTACTGGAGTCCTATATATATGGAGACTCTAATGGCATAATGGTAATAAACGAACTTTAATTTGAAATTCAAAATAAAAGGCTAAACGGCCATCCGTATAATATT

Gene Information

NCBI Accession YP_009175008.1
Location 149-505
Gene Name AV2
Protein Name pre-coat protein
Coding Region ATGTGGGATCCGTTATTGAATGAGTTTCCCGAAACCGTTCAAGGTTTTTGGAGTATGTTAGCCGTTATTTATCTGCAGTTAGTAGAAAATACCTATTCCGGAGATACTCTGGGATACGATTTAATTAGCCATTTGATTGCAGTAATAAGGGCCAGGAATTATGTCGAAGCGACCAGTAGATATAATCAAAACCACGCCCGCATCGATGGTACGTTGCCGTCTCTTCTTCGACAGCTCATATGTGAGTCGTGTTGCTGCCGCGATTGTCCGCGGCACCAAAGCTTTTGCATCGGCGTTCAGGTCCATGAACAGAGAGCGGAGGATGTCCAGGATTTACAGAAGTCGAGATGTCGCTAG
Protein Sequence MWDPLLNEFPETVQGFWSMLAVIYLQLVENTYSGDTLGYDLISHLIAVIRARNYVEATSRYNQNHARIDGTLPSLLRQLICESCCCRDCPRHQSFCIGVQVHEQRAEDVQDLQKSRCR

NCBI Accession YP_009175009.1
Location 309-1079
Gene Name AV1
Protein Name coat protein
Coding Region ATGTCGAAGCGACCAGTAGATATAATCAAAACCACGCCCGCATCGATGGTACGTTGCCGTCTCTTCTTCGACAGCTCATATGTGAGTCGTGTTGCTGCCGCGATTGTCCGCGGCACCAAAGCTTTTGCATCGGCGTTCAGGTCCATGAACAGAGAGCGGAGGATGTCCAGGATTTACAGAAGTCGAGATGTCGCTAGAGGATTTGAAGGCTTATGTAAGGTCGAGTCGTTGGAGTCCAGACATGATATGGGGCACATTGGGTTTGTCATGTGTGTTAGTGAAAACCCTCGTCCTGTTGGACTGACCCACAGGGTTGGCAAGAGGTTCTGTGTTAAGTCCGTTTATGTTCTGGGCTTGTTCTGGACGGACCAGTTCAACAAGAGTAAGAAACATAGGAATAGTCTTATGTTGTTTCTTGTTAGGGATCGTAGGCCTGTTGATAAGCCTCAAGATTTTGGTGAGGTTTTTAACATGTTTGATAATGAGCCCAGCACGGCGACTGTGAAGAATGTTCATCGTGATAGATACCAGGTATTGAGGAAGTGGCATGCAACTGTCACCGGTGGACAGTACGCTTCAAAGGAACAAGCTCTCGTGAAGAAGTTTATTAGAGTTAATAATTATGTTGTTTATAACCAGCAAGAAGCTGGCAAGTATGAGAATCATACTGAGAATGCTTTGATGTTGTATATGGCGTGTACGCACGCCTCTAACCCAGTGTATGCTACTCTGAAAATACGGATCTATTTTTATGATTCCGTAACAAATTAA
Protein Sequence MSKRPVDIIKTTPASMVRCRLFFDSSYVSRVAAAIVRGTKAFASAFRSMNRERRMSRIYRSRDVARGFEGLCKVESLESRHDMGHIGFVMCVSENPRPVGLTHRVGKRFCVKSVYVLGLFWTDQFNKSKKHRNSLMLFLVRDRRPVDKPQDFGEVFNMFDNEPSTATVKNVHRDRYQVLRKWHATVTGGQYASKEQALVKKFIRVNNYVVYNQQEAGKYENHTENALMLYMACTHASNPVYATLKIRIYFYDSVTN

NCBI Accession YP_009175010.1
Location 1076-1480
Gene Name C3
Protein Name replication enhancer protein
Coding Region ATGGATTCACGCACAGGGGAACTCATCACTGCAGCTCAAGCACAGAATGGCGTATTTATCTGGGAGATTCAAAATCCCCTCTATTTCAAGATAACAGAGCACCACAACAGACCATTCCTCATGAACCAAGACATCATCACTGTCCAGATACAGTTCAATCACAACCTGAGGAAAGCGTTGGGGATACACAAATGTTTCCTAGCCTTCCGAATCTGGATGACCTCACAGCCTCCGACTGGTCGTTTCTTAAGGGTCTTTAAGACTCAAGTTCTTAAATACTTAAATAATTTAGGAGTTATCAGTATTAATAATGTAATCAGATCAGTTGATCATGTATTATGGAATGTATTACAACACATTGTATATATAGAACAATCTTATTCAATAAAATTTAATATTTATTAA
Protein Sequence MDSRTGELITAAQAQNGVFIWEIQNPLYFKITEHHNRPFLMNQDIITVQIQFNHNLRKALGIHKCFLAFRIWMTSQPPTGRFLRVFKTQVLKYLNNLGVISINNVIRSVDHVLWNVLQHIVYIEQSYSIKFNIY

NCBI Accession YP_009175011.1
Location 1221-1625
Gene Name C2
Protein Name transcription activator protein
Coding Region ATGCGACCTTCATCACCCTCGAAGGCCCACTCTACTCAGGTTCCAATCAAAGTGCAGCACAGGCTAGCCAAGAAGGGGACCAGGCGTCGTCGTGTTGATCTCCCGTGTGGGTGTTCATACTTCATAGCATTAGCCTGCCACAACCATGGATTCACGCACAGGGGAACTCATCACTGCAGCTCAAGCACAGAATGGCGTATTTATCTGGGAGATTCAAAATCCCCTCTATTTCAAGATAACAGAGCACCACAACAGACCATTCCTCATGAACCAAGACATCATCACTGTCCAGATACAGTTCAATCACAACCTGAGGAAAGCGTTGGGGATACACAAATGTTTCCTAGCCTTCCGAATCTGGATGACCTCACAGCCTCCGACTGGTCGTTTCTTAAGGGTCTTTAA
Protein Sequence MRPSSPSKAHSTQVPIKVQHRLAKKGTRRRRVDLPCGCSYFIALACHNHGFTHRGTHHCSSSTEWRIYLGDSKSPLFQDNRAPQQTIPHEPRHHHCPDTVQSQPEESVGDTQMFPSLPNLDDLTASDWSFLKGL

NCBI Accession YP_009175012.1
Location 1528-2628
Gene Name C1
Protein Name replication initiation protein
Coding Region ATGCCACGTCAAAACCAATTCCAAATTAAGGGTTTTAAAGTACAAGCCAAAAATTATTTCATCACTTATCCACAGTGCTCACTCACTAAAGAGGTTGCTCAAAGGGAAATTGAAGGGAAACACACCCTCGCGAATAAAAAATACATCAAACTCTGCAGAGGGTTACACGAAGATGGGAGCCCTCATCTCCATGTGCTCATCCAGTTCGAGGGCAAATTCGTCTGCACGAATAACAGATTCTTCGACCTGGTATGCCGAACCAGGCCAGCACATATGCATCCGACCATTCAGGGAGCTAAGTCAAGCTCAGATGTCAAGTCCTATCTGGAGAAGGACGGAGACACCCTCGACTGGGGAGAGTTTCAGATCGATGGAAGATCTGCAAGAGGGGGACAACAGTCAGCCAACGACGCTTACGCCGCAGCGCTTAACGCAGGCAGTAAGTCAGAGGCTCTTAGAGTAATTAAAGAATTAGCACCAAAAGATTATGTACTTCAATTTCATAATTTAAATGCTAATTTAGATAGGATTTTTAGTCCTCCGTTGGAGGTTTATGTTTCGCCTTTTTTATCTTCTTCTTTTTTTCCCGTTCCGGAAGAACTTGAAGTCTGGGCTGCTGAGAACGTGGTGGATGCCGCTGCGCGGCCATTGAGACCCATGAGTATTGTGGTAGAAGGTGATAGTCGAACGGGGAAGACCATGTGGGCTAGGTCTTTGGGTCCACACAATTATTTGTGTGGTCATCTAGACCTTAGTCCTAAGGTAGAAAGCAACGAGGCCTGGTACAACGTCATTGATGACGTCGATCCCCACTACCTAAAGCACTTTAAAGAATTCATGGGGGCCCAAAGGGACTGGCAATCAAATACAAAGTACGGAAAGCCAGTTCAAATTAAAGGAGGTATACCCACTATCTTCCTATGCAATCCTGGGCCCAATTCCAGCTATAAAGAATACCTCGATGAGGAAAAGAACTCAGCACTGAGGTCGTGGGCTATACATAATGCGACCTTCATCACCCTCGAAGGCCCACTCTACTCAGGTTCCAATCAAAGTGCAGCACAGGCTAGCCAAGAAGGGGACCAGGCGTCGTCGTGTTGA
Protein Sequence MPRQNQFQIKGFKVQAKNYFITYPQCSLTKEVAQREIEGKHTLANKKYIKLCRGLHEDGSPHLHVLIQFEGKFVCTNNRFFDLVCRTRPAHMHPTIQGAKSSSDVKSYLEKDGDTLDWGEFQIDGRSARGGQQSANDAYAAALNAGSKSEALRVIKELAPKDYVLQFHNLNANLDRIFSPPLEVYVSPFLSSSFFPVPEELEVWAAENVVDAAARPLRPMSIVVEGDSRTGKTMWARSLGPHNYLCGHLDLSPKVESNEAWYNVIDDVDPHYLKHFKEFMGAQRDWQSNTKYGKPVQIKGGIPTIFLCNPGPNSSYKEYLDEEKNSALRSWAIHNATFITLEGPLYSGSNQSAAQASQEGDQASSC

NCBI Accession YP_009175013.1
Location 2166-2456
Gene Name C4
Protein Name C4 protein
Coding Region ATGGGAGCCCTCATCTCCATGTGCTCATCCAGTTCGAGGGCAAATTCGTCTGCACGAATAACAGATTCTTCGACCTGGTATGCCGAACCAGGCCAGCACATATGCATCCGACCATTCAGGGAGCTAAGTCAAGCTCAGATGTCAAGTCCTATCTGGAGAAGGACGGAGACACCCTCGACTGGGGAGAGTTTCAGATCGATGGAAGATCTGCAAGAGGGGGACAACAGTCAGCCAACGACGCTTACGCCGCAGCGCTTAACGCAGGCAGTAAGTCAGAGGCTCTTAGAGTAA
Protein Sequence MGALISMCSSSSRANSSARITDSSTWYAEPGQHICIRPFRELSQAQMSSPIWRRTETPSTGESFRSMEDLQEGDNSQPTTLTPQRLTQAVSQRLLE