Tomato yellow margin leaf curl virus


Basic Information

Genus Begomovirus
NCBI Assembly GCF_000843525.4
Isolate Venezuela: Merida
Release date 2017/10/11
Submitter Nava,A., Londono,A., Polston,J.E., Nava,A.R., Patte,C.P., Hiebert,E., Palston,J.E.
Host
Download Genome |GFF3 |PEP |CDS

Genomic Organization


JBrowse


Genome

NC_005852
ACCGGATGGCCGCGCGATTTTTTGCCCCCCCTCCTCCTCGAGATGAGCGCCTGCTTTTTGGGACCACTTAATAAAGCAACCAATCAGATTGCTCCTGGAGAGTTAAATTATTAATTCGTGGTCCCCAAGTTCCGCCTTTTCCTTTATAAAGGCTGCAAGTGATAATGATTAATCAATAATTCAAAATGCCTAAGCGCGATGCTCCTTGGCGCTTATCGGCTGGGACCACTAAGGTCAGTCGTTCCTCCAATTATTCCCCTAGGAGTAATATGGGCCCAAAGGCCTCTGCTTGGGTTAATAGGCCCATGTACAGGAAGCCCAGAATTTACAGGACGTTAAGGGGGCCTGATATTCCTAAGGGTTGTGAAGGCCCATGTAAAGTTCAGTCCTTCGAGCAGAGGCATGATATTTCTCATGTTGGCAAGGTGCTTTGTGTTTCTGATGTGACACGTGGTAACGGTATTACCCACCGTGTAGGCAAGAGGTTCTGTGTCAAGTCTGTGTATATCTTAGGCAAGGTATGGATGGACGAGAATATCAAGTTGAAGAACCACACCAACAGCGTCATGTTCTGGTTGGTCAGAGACCGGAGACCTTATGGAACCCCCATGGACTTTGGCCAAGTGTTTAACATGTTTGATAACGAGCCAAGTACTGCCACTGTGAAGAACGATCTCCGTGATCGTTTCCAGGTTATGCACAAGTTTTATGCTAAGGTTACCGGTGGACAATATGCCAGCAATGAGCAAGCCTTGGTCAGGAGATTCTGGAAGGTCAACAACCATGTGGTGTACAACCATCAAGAAGCAGGGAAATACGAGAACCACACTGAGAATGCTCTATTATTGTATATGGCATGTACCCATGCGTCTAATCCTGTGTATGCTACATTAAAAATTCGGATCTATTTTTATGATTCGATAACAAATTAATAAAGTTTGAATTTTATTTCATGATCTTCAAGCACATGGTTTACATATTTTCTGTCTGTTGCATAACTAACAGCTCTGATTACATTGTTTATTGAAATAACTCCTAACTGATCTAAATACAACAAGACATAATGTTTGAATCTATTTAAATATGTCGTCCCAGAAGCTTGAACTGATGTCGTCCAGACTTGGAAGTTCAGATAGGCCTTGTGTAGAGTCAATGCCTTCCTCAGGTTGTGGTTGAACCTGATTTGGATGTGGTACACTCTGGTCGTTGTGTACAGAGGGTCCTCCACTCGTTGAATCTTGAAAAAGAGGGGATTCGGCACCTCCCAGATAAAAACGCCATTCTGTGCCTGACGAGCAGTGATGGTTTCCCCTGTGCGTGAATCCATAGTTGCTGCAGAGGAGATGGACGTATATGGTACACCCGCAGCTTAGGTCTATTCTTTTACGTCGGGGTCTTCTCTTTGCAAGACGATGTGTTGGTTTAATAGAGGGGGGAGTCGAGGAAGATGAATTTTGCATTATGGAGTGTCCACGCTCTGAGAGATGTATTTTCCTCTTTGTCTAGGTACCTTTTATAGGAAGACCCCTCCCCTGGATTGCAAAGCACGATAGCGGGAATTCCACCTTTAATTTGAACAGGCTTTCCATATTTACAGTTGGACTGCCAGTCTTTCTGGGCCCCAATCAATTCTTTCCAGTGCTTTATTTTTAAATATTGTGGGTTGACATCATCAATGACGTTATACTCTACATCGTTTGAGTAAACCCTAGAATTGAAATCCATGTGACCACTTAGGTAATTATGAGAACCTAATGCACGTGCCCACATTGTTTTCCCTGTTCTAGAATCACCTTCAACGATTAAACTTATAGGTCTTTCTGGCCGCGCAGCGGAATCCCTCCCAAAATAATCATCTGCCCATTCTTGCATATCAACTGGAACATTTATGAATGACGATAGTCGAAAAGGAGGGACCCATGGTTCAGGAGGTTTACGAAATATTTTGGTTGCATTGGCTAACAAGTTATGATGTTGAAGAAAGAAGTGTTGCGGTTGTTCTTCCTTTATAATCTGCAACGCTTCTTCAGATGACCTAGCATTTAATGCCTTTGCGTATGTGTCATTAGCAGATTGCTGACCTCCTCTAGCAGATCTTCCGTCGATCTGGAATTCCCCCCATTGAATTGTGTCTCCGTCCTTATCAATGTAGGACTTGACATCGGAGCTGGATTTAGCTCCCTGAATGTTCGGATGGAAATGTGTTGACCTGGTTGGGGAAACCAGATCGAAGAATCTGTTATTTTTGCACTGGTACTTGCCTTCGAACTGGATAAGCACATGCAGATGCGGTTCCCCATCTTCATGCAATTCTTTGCACACTTTAATGAATTTCTTGTTTGTCGGAGTGATTAGGTTTTGTAATTGGGAAAGTGCTTCTTCTTTGGATAGAGAGCACTTGGGGTATGTAAGGAAATAATTCTTGGCATTAATTTTAAAGGCACGTGCAGTAGGCATGCTTGGACACCAATTGGAGTCTCTCAACTCTCTCTAATGAATCGGTGTATAAGGGTCTTATATATACTATAAGCCTCTATAGGCTTAATAGACACGTGTAGGCCATCCGTATAATATT

NC_005853
ACCGGATGGCCGCGCGAATTTTTGGCCCTCCACGTGTCCAGATGAGCGCCTGCTTATTGGTGATCCCCCCCTCTCTGGAATTGGTCCCCCCCACTTTTGACCACTTTTGACCAATATTTGAATTAAATGCGCTCCCCCAGTCCGTACAGTACACGTGGCGCAATCTGGTCCATGCATTAAAGCTTAGTCATTCACTAGGAAAAAGTTTGTATATCCCCCCCCCCAACTTTGAATTTGTCCAGGTTTAGTCCCTCACATTATTTATATATACGTGGACCAGTCATAACCCATATGTGAAGGCTATTTACTATTATTCAAAATTCAAGTTGCTCTATTTAAAGGACGTTGTTGTCATTTTGGAGTAGTATCCGATATCTTAATATGTATCCAGTTAGATATAAACCTGATGCTAATAATTATAAGAGGAGATATTATTCACGTTCTAATGTGTTTAAGAGATCATCTGGTGTTAAACGTGCAGATGGGAAACGTAGAGCTACCCAACAAAATAAGTCTCATGAAGAGCCCAAGATGTCAGCCCAACGTATTCATGAGAATCAATATGGACCTGAATTTGTAATGACTCATATATATCTGCTATTTCCACATATATTAACTACCCCCATTTGGGTAAGATTGAACCTAACCCGAAGCAGGTCGTATATTAAGTTGAAACGACTCAGGTTTAAGGGAACTGTTAAGATTGAACGAGTACATGCTGATGTTGCCATGGATGGTTTACCCCCTAAGATTGAAGGTGTTTTTTCACTTGTTATTGTGGTGGATCGTAAACCTCATTTGAGTCCTTCAGGATCTCTGCTCACATTTGATGAGTTATTTGGTGCAAGGATTAATAGTCATGGTAATTTAGCGATAGCTTCCTCCTTCAAAGACAGATTCTACATTCGTCATGTGTTGAAGCGTGTTTTATCTGTGGAGAAGGATAGTACAATGGTCGACCTTGAAGGATCAACGTCACTCTCTAATAGGCGTTATAATTGTTGGGCTAGTTTTAAGGACTTAGATCATGACTCTTGTAAGGGTGTTTATGATAATATAAGCAAGAACGCCCTATTAATTTATTATTGTTGGATGTCTGATGTCACTTCTAAGGCATCTACCTTTGTATCATTTGATCTTGATTATGTTGGATGAATAATAATAAGACATTTGCTGAAATTGAGTATATAAAATACAATAACCAATATATTTATTTCAATGACTTTGGTGGTGTTGGGTTACAATTATTGTTAATACATTCATGGACTGTTGCCTTAACAAGTTCGTTAAGCTGGTTCATTGACATGGTGATGTTTGATTGAGCCCTTTGTTCCCCTATCACTGAAGCTGACTCTCCAGGGTCTAATGTGCAGGACCCCAGTCTGTTTAGATGTCTGTATGGGTGTATTGCGTTCTCCAGTTCAGAGTCTGTGTCTGTATGACCCATTCCTATGGTACTTCTTGATGCCCATGATTCTCCTGGTCTTAATTCCAGTGGAGTCTTTAACCCAACCCTTGACATTGTTGTGGATCTTATGAGTTTCCTATCCCATTTCCCGTAGTCCACGTGTGAGAAATCAACATCATTCTCTGTGAATTGTTTGGAATGAATCTTCACTGTTGGTGCACGGAATGGGATGTCTACAGAGTGTTTAGCTGTTGAGATCTTGAGCTTGCCTTTGAATTTGGCAAAGTGTGTTCTTTGATGAACATTTGAGTCACACACTCTGTAGTATAACTTCCATGGTATAGGATCCTTAAGAGAGAAGAAGGAAGATGAGAAGTAATGGAGATCTATGTTACAACGTATAGGGAATGTCCAGGACGCCTGTAATGATTCATTGTCTGTCATTCTCTTATCATGTATCTCCACAATTACAGTCCCTGTTGCGTTAATCGGAACCTGTTGCCTGTATTCTATGACACAGTGGTCTATCTTCATACAGCTACGACTGAGTCTTGCTGTTAATTGTGCAGCAGTGGAAGGAAACTGCAGAATAATCTCTGTTAGGTCATGAGATAACTGGTATTCATCTCTATGAGACTCTATGTAATTAAAAGCACTCGGAGGATTAACTAGCTGAGACTCCATTTAGTTTATTAGGTTGCGCAGCTAAATGCGTTCTGGGAATTTAGAGAGAGAATATTTATGAGAGAAGTTTGAAGGTTTGATGAAGATATGAAGATATGCATATGCCTTGCCCAGTTCCCCCTTTTATAGAACCCTAGCTCCTCTTAACATCTGGGTTTATAAAATGCACTCAAATATAGGATTTATAACACGCTAATTAAATGTTAAGGAATTAAATATTGACTTATTGAAGGAGAATATGAAGGGATATATATAATTAATATTGGTTTGATATGATAATTATGAGTTTCTGCAATGAGAAGGGATAATTGATGGCAGAGTAGTAAATATAGCCTTGGACACCAAATTGGAGTCTCTCAACTCTCTCTATTGAATCGGTGTATAAGGGTCTTATATATACTATAAGCCTCTATAGGCTTAATAGACACGTGTAGGCCATCCGTATAATATT

Gene Information

NCBI Accession YP_006456.1
Location 186-932
Gene Name cp
Protein Name CP
Coding Region ATGCCTAAGCGCGATGCTCCTTGGCGCTTATCGGCTGGGACCACTAAGGTCAGTCGTTCCTCCAATTATTCCCCTAGGAGTAATATGGGCCCAAAGGCCTCTGCTTGGGTTAATAGGCCCATGTACAGGAAGCCCAGAATTTACAGGACGTTAAGGGGGCCTGATATTCCTAAGGGTTGTGAAGGCCCATGTAAAGTTCAGTCCTTCGAGCAGAGGCATGATATTTCTCATGTTGGCAAGGTGCTTTGTGTTTCTGATGTGACACGTGGTAACGGTATTACCCACCGTGTAGGCAAGAGGTTCTGTGTCAAGTCTGTGTATATCTTAGGCAAGGTATGGATGGACGAGAATATCAAGTTGAAGAACCACACCAACAGCGTCATGTTCTGGTTGGTCAGAGACCGGAGACCTTATGGAACCCCCATGGACTTTGGCCAAGTGTTTAACATGTTTGATAACGAGCCAAGTACTGCCACTGTGAAGAACGATCTCCGTGATCGTTTCCAGGTTATGCACAAGTTTTATGCTAAGGTTACCGGTGGACAATATGCCAGCAATGAGCAAGCCTTGGTCAGGAGATTCTGGAAGGTCAACAACCATGTGGTGTACAACCATCAAGAAGCAGGGAAATACGAGAACCACACTGAGAATGCTCTATTATTGTATATGGCATGTACCCATGCGTCTAATCCTGTGTATGCTACATTAAAAATTCGGATCTATTTTTATGATTCGATAACAAATTAA
Protein Sequence MPKRDAPWRLSAGTTKVSRSSNYSPRSNMGPKASAWVNRPMYRKPRIYRTLRGPDIPKGCEGPCKVQSFEQRHDISHVGKVLCVSDVTRGNGITHRVGKRFCVKSVYILGKVWMDENIKLKNHTNSVMFWLVRDRRPYGTPMDFGQVFNMFDNEPSTATVKNDLRDRFQVMHKFYAKVTGGQYASNEQALVRRFWKVNNHVVYNHQEAGKYENHTENALLLYMACTHASNPVYATLKIRIYFYDSITN

NCBI Accession YP_006457.1
Location 929-1327
Gene Name ren
Protein Name REn
Coding Region ATGGATTCACGCACAGGGGAAACCATCACTGCTCGTCAGGCACAGAATGGCGTTTTTATCTGGGAGGTGCCGAATCCCCTCTTTTTCAAGATTCAACGAGTGGAGGACCCTCTGTACACAACGACCAGAGTGTACCACATCCAAATCAGGTTCAACCACAACCTGAGGAAGGCATTGACTCTACACAAGGCCTATCTGAACTTCCAAGTCTGGACGACATCAGTTCAAGCTTCTGGGACGACATATTTAAATAGATTCAAACATTATGTCTTGTTGTATTTAGATCAGTTAGGAGTTATTTCAATAAACAATGTAATCAGAGCTGTTAGTTATGCAACAGACAGAAAATATGTAAACCATGTGCTTGAAGATCATGAAATAAAATTCAAACTTTATTAA
Protein Sequence MDSRTGETITARQAQNGVFIWEVPNPLFFKIQRVEDPLYTTTRVYHIQIRFNHNLRKALTLHKAYLNFQVWTTSVQASGTTYLNRFKHYVLLYLDQLGVISINNVIRAVSYATDRKYVNHVLEDHEIKFKLY

NCBI Accession YP_006458.1
Location 1074-1460
Gene Name trap
Protein Name TrAP
Coding Region ATGCAAAATTCATCTTCCTCGACTCCCCCCTCTATTAAACCAACACATCGTCTTGCAAAGAGAAGACCCCGACGTAAAAGAATAGACCTAAGCTGCGGGTGTACCATATACGTCCATCTCCTCTGCAGCAACTATGGATTCACGCACAGGGGAAACCATCACTGCTCGTCAGGCACAGAATGGCGTTTTTATCTGGGAGGTGCCGAATCCCCTCTTTTTCAAGATTCAACGAGTGGAGGACCCTCTGTACACAACGACCAGAGTGTACCACATCCAAATCAGGTTCAACCACAACCTGAGGAAGGCATTGACTCTACACAAGGCCTATCTGAACTTCCAAGTCTGGACGACATCAGTTCAAGCTTCTGGGACGACATATTTAAATAG
Protein Sequence MQNSSSSTPPSIKPTHRLAKRRPRRKRIDLSCGCTIYVHLLCSNYGFTHRGNHHCSSGTEWRFYLGGAESPLFQDSTSGGPSVHNDQSVPHPNQVQPQPEEGIDSTQGLSELPSLDDISSSFWDDIFK

NCBI Accession YP_006459.1
Location 1423-2457
Gene Name rep
Protein Name REP
Coding Region ATGCCTACTGCACGTGCCTTTAAAATTAATGCCAAGAATTATTTCCTTACATACCCCAAGTGCTCTCTATCCAAAGAAGAAGCACTTTCCCAATTACAAAACCTAATCACTCCGACAAACAAGAAATTCATTAAAGTGTGCAAAGAATTGCATGAAGATGGGGAACCGCATCTGCATGTGCTTATCCAGTTCGAAGGCAAGTACCAGTGCAAAAATAACAGATTCTTCGATCTGGTTTCCCCAACCAGGTCAACACATTTCCATCCGAACATTCAGGGAGCTAAATCCAGCTCCGATGTCAAGTCCTACATTGATAAGGACGGAGACACAATTCAATGGGGGGAATTCCAGATCGACGGAAGATCTGCTAGAGGAGGTCAGCAATCTGCTAATGACACATACGCAAAGGCATTAAATGCTAGGTCATCTGAAGAAGCGTTGCAGATTATAAAGGAAGAACAACCGCAACACTTCTTTCTTCAACATCATAACTTGTTAGCCAATGCAACCAAAATATTTCGTAAACCTCCTGAACCATGGGTCCCTCCTTTTCGACTATCGTCATTCATAAATGTTCCAGTTGATATGCAAGAATGGGCAGATGATTATTTTGGGAGGGATTCCGCTGCGCGGCCAGAAAGACCTATAAGTTTAATCGTTGAAGGTGATTCTAGAACAGGGAAAACAATGTGGGCACGTGCATTAGGTTCTCATAATTACCTAAGTGGTCACATGGATTTCAATTCTAGGGTTTACTCAAACGATGTAGAGTATAACGTCATTGATGATGTCAACCCACAATATTTAAAAATAAAGCACTGGAAAGAATTGATTGGGGCCCAGAAAGACTGGCAGTCCAACTGTAAATATGGAAAGCCTGTTCAAATTAAAGGTGGAATTCCCGCTATCGTGCTTTGCAATCCAGGGGAGGGGTCTTCCTATAAAAGGTACCTAGACAAAGAGGAAAATACATCTCTCAGAGCGTGGACACTCCATAATGCAAAATTCATCTTCCTCGACTCCCCCCTCTATTAA
Protein Sequence MPTARAFKINAKNYFLTYPKCSLSKEEALSQLQNLITPTNKKFIKVCKELHEDGEPHLHVLIQFEGKYQCKNNRFFDLVSPTRSTHFHPNIQGAKSSSDVKSYIDKDGDTIQWGEFQIDGRSARGGQQSANDTYAKALNARSSEEALQIIKEEQPQHFFLQHHNLLANATKIFRKPPEPWVPPFRLSSFINVPVDMQEWADDYFGRDSAARPERPISLIVEGDSRTGKTMWARALGSHNYLSGHMDFNSRVYSNDVEYNVIDDVNPQYLKIKHWKELIGAQKDWQSNCKYGKPVQIKGGIPAIVLCNPGEGSSYKRYLDKEENTSLRAWTLHNAKFIFLDSPLY

NCBI Accession YP_006460.1
Location 2043-2306
Gene Name ac4
Protein Name AC4
Coding Region ATGAAGATGGGGAACCGCATCTGCATGTGCTTATCCAGTTCGAAGGCAAGTACCAGTGCAAAAATAACAGATTCTTCGATCTGGTTTCCCCAACCAGGTCAACACATTTCCATCCGAACATTCAGGGAGCTAAATCCAGCTCCGATGTCAAGTCCTACATTGATAAGGACGGAGACACAATTCAATGGGGGGAATTCCAGATCGACGGAAGATCTGCTAGAGGAGGTCAGCAATCTGCTAATGACACATACGCAAAGGCATTAA
Protein Sequence MKMGNRICMCLSSSKASTSAKITDSSIWFPQPGQHISIRTFRELNPAPMSSPTLIRTETQFNGGNSRSTEDLLEEVSNLLMTHTQRH

NCBI Accession YP_006461.1
Location 382-1155
Gene Name nsp
Protein Name NSP
Coding Region ATGTATCCAGTTAGATATAAACCTGATGCTAATAATTATAAGAGGAGATATTATTCACGTTCTAATGTGTTTAAGAGATCATCTGGTGTTAAACGTGCAGATGGGAAACGTAGAGCTACCCAACAAAATAAGTCTCATGAAGAGCCCAAGATGTCAGCCCAACGTATTCATGAGAATCAATATGGACCTGAATTTGTAATGACTCATATATATCTGCTATTTCCACATATATTAACTACCCCCATTTGGGTAAGATTGAACCTAACCCGAAGCAGGTCGTATATTAAGTTGAAACGACTCAGGTTTAAGGGAACTGTTAAGATTGAACGAGTACATGCTGATGTTGCCATGGATGGTTTACCCCCTAAGATTGAAGGTGTTTTTTCACTTGTTATTGTGGTGGATCGTAAACCTCATTTGAGTCCTTCAGGATCTCTGCTCACATTTGATGAGTTATTTGGTGCAAGGATTAATAGTCATGGTAATTTAGCGATAGCTTCCTCCTTCAAAGACAGATTCTACATTCGTCATGTGTTGAAGCGTGTTTTATCTGTGGAGAAGGATAGTACAATGGTCGACCTTGAAGGATCAACGTCACTCTCTAATAGGCGTTATAATTGTTGGGCTAGTTTTAAGGACTTAGATCATGACTCTTGTAAGGGTGTTTATGATAATATAAGCAAGAACGCCCTATTAATTTATTATTGTTGGATGTCTGATGTCACTTCTAAGGCATCTACCTTTGTATCATTTGATCTTGATTATGTTGGATGA
Protein Sequence MYPVRYKPDANNYKRRYYSRSNVFKRSSGVKRADGKRRATQQNKSHEEPKMSAQRIHENQYGPEFVMTHIYLLFPHILTTPIWVRLNLTRSRSYIKLKRLRFKGTVKIERVHADVAMDGLPPKIEGVFSLVIVVDRKPHLSPSGSLLTFDELFGARINSHGNLAIASSFKDRFYIRHVLKRVLSVEKDSTMVDLEGSTSLSNRRYNCWASFKDLDHDSCKGVYDNISKNALLIYYCWMSDVTSKASTFVSFDLDYVG

NCBI Accession YP_006462.1
Location 1211-2092
Gene Name mp
Protein Name MP
Coding Region ATGGAGTCTCAGCTAGTTAATCCTCCGAGTGCTTTTAATTACATAGAGTCTCATAGAGATGAATACCAGTTATCTCATGACCTAACAGAGATTATTCTGCAGTTTCCTTCCACTGCTGCACAATTAACAGCAAGACTCAGTCGTAGCTGTATGAAGATAGACCACTGTGTCATAGAATACAGGCAACAGGTTCCGATTAACGCAACAGGGACTGTAATTGTGGAGATACATGATAAGAGAATGACAGACAATGAATCATTACAGGCGTCCTGGACATTCCCTATACGTTGTAACATAGATCTCCATTACTTCTCATCTTCCTTCTTCTCTCTTAAGGATCCTATACCATGGAAGTTATACTACAGAGTGTGTGACTCAAATGTTCATCAAAGAACACACTTTGCCAAATTCAAAGGCAAGCTCAAGATCTCAACAGCTAAACACTCTGTAGACATCCCATTCCGTGCACCAACAGTGAAGATTCATTCCAAACAATTCACAGAGAATGATGTTGATTTCTCACACGTGGACTACGGGAAATGGGATAGGAAACTCATAAGATCCACAACAATGTCAAGGGTTGGGTTAAAGACTCCACTGGAATTAAGACCAGGAGAATCATGGGCATCAAGAAGTACCATAGGAATGGGTCATACAGACACAGACTCTGAACTGGAGAACGCAATACACCCATACAGACATCTAAACAGACTGGGGTCCTGCACATTAGACCCTGGAGAGTCAGCTTCAGTGATAGGGGAACAAAGGGCTCAATCAAACATCACCATGTCAATGAACCAGCTTAACGAACTTGTTAAGGCAACAGTCCATGAATGTATTAACAATAATTGTAACCCAACACCACCAAAGTCATTGAAATAA
Protein Sequence MESQLVNPPSAFNYIESHRDEYQLSHDLTEIILQFPSTAAQLTARLSRSCMKIDHCVIEYRQQVPINATGTVIVEIHDKRMTDNESLQASWTFPIRCNIDLHYFSSSFFSLKDPIPWKLYYRVCDSNVHQRTHFAKFKGKLKISTAKHSVDIPFRAPTVKIHSKQFTENDVDFSHVDYGKWDRKLIRSTTMSRVGLKTPLELRPGESWASRSTIGMGHTDTDSELENAIHPYRHLNRLGSCTLDPGESASVIGEQRAQSNITMSMNQLNELVKATVHECINNNCNPTPPKSLK