Tomato yellow leaf curl Indonesia virus


Basic Information

Genus Begomovirus
NCBI Assembly GCF_000869285.1
Isolate Indonesia:Lembang
Release date 2015/2/13
Submitter Tsai,W.S., Shih,S.L., Green,S.K., Akkermans,D., Jan,F.-J.
Host
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Genomic Organization


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Genome

NC_008267
ACCTACAGGCCGCCGGGGCCCGGGGTCACTATGGTCCCCCCCCACTTTAGCTGCTTTTGCTTTTGCTTTAATGTGGTCCCGTAATAAATGAGAGAGCGCGATGAGCGCTTAGTTGATTTGTGGTCCTTCTATAAAACGTGCTGGGCACGGAGAAAGCTGAATAGCCATGTGGGATCCTCTTTTAAACGAATTTCCGGATTCTGTTCACGGTTTTCGGTGTATGCTCGCAATAAAGTATTTGCAAGGCGTTGAAGCAACCTACGCCCCTGATACTGTCGGTTACGACCTAGTTCGAGATCTGATCTCAGTTGTTCGTGCGAGCAATTATGCTGAAGCGTGCCGGAGATATAGCCTTTTCCGGTCCCGTATCGAAAGTACGCCGTCGTCTCAATTACGACAGCCCAGGTACCAGCCGTGCTGCTGTACTCACTGCCCTCGGCATAAATCGAAAGAAGTCTTGGACTTCTCGGCCTATGTACCGGAAGCCCAGGATTTACCGGATGTACCGAACAGCTGATGTCCCTAGGGGATGTGAAGGTCCTTGCAAGATTCAATCCTTTGAATCTCGACATGATATTGCTCACACCGGTAAGGTTATGTGTGTGACGGATGTTACTCGTGGCGGTGGTTTAACCCACCGTACTGGGAAGAGATTTTGCGTTAAGTCCCTCTATATCCTTGGCAAAATCTGGATGGATGAAAATATCAAGACTAAGAATCACACTAACACGGTCATGTTCTATGTTGTTCGGGATCGTAGACCCTATGGTACTCCTCAAGATTTTGGACAAGTGTTTAACATGTTCGATAACGAACCTAGCACTGCAACTGTCAAGAATGATCTTCGAGATCGGTTTCAAGTTTTGCGGAAGTTCACGGCAACTGTTGTTGGTGGTCAGTATGCTTGTAAGGAACAAACGTTAGTTAGGAAGTTCATGAGATTGAACAATTATGTTGTTTACAACCATCAGGAAACCGCAAAATATGAGAATCATACAGAGAATGCTCTGTTATTGTACATGGCATCTACGCATGCCTCTAACCCTGTGTATGCAACTTTGAAAATTCGGATCTATTTTTATGATTCGATAACAAATTAATAAATGTTGAATTTTATTTCATAATCTGGTTGTACATCAATAGTGCGTTCTAGCACTTTAAACAAGACATGGTCTACAGCTCTAATTACATTATTAATTGAAATTACACCTAAATTATTCAAGTATTTAATACATTGAGTCTTAAAGACTTTTAAGAAAAGCCCAGTCGGAGGGTGTAAGTAAGTCCAAACTTGGAACGTCAGAAAACACCGGTGTATTCCCAACGCTTTCCTCAGGTTGTGGTTGAACTGCAGCCGTATTGTTATCACGTCGTGGTTCGTGTTGAACGGCCGGCTGTGATGGCTGAGTATCTTGAAATAGAGGGGATTTTGAATCTCCCAAATATAGACGCCATTCCTGGCTTGAGCTGCAGTGATGTACTCCCCTGTGCGTAAATCCATGATTAGCACAGTTTATTGACACGTAGTATGAGCAACCGCAATTAAGGTCTACCCGCCGTCGTCTTATTATCTTCTTTTTAGCAATCCGGTGCTGGACTTTGATGGGAACCTGAGTACAGTGGTCTCTCGAGGGTGATGAATTCTGCATTATGAAGAGACCAATTTTTAAGTGCGATGTTTTTAGGTTCGTCTAAAAACTCTTTATATGAAGATGTGGGTCCAGCATTACATAAAAAGATGGTCGGTATCCCGCCTTTAATTTGAATGGGTCTACCATACTTTGTATTGCTTTGCCAGTCCATCTGGGCCCCCATAAACTCTTTAAAGTGCTTTAGGTAATGCGGATCGACGTCATCAATGACGTTATACCATGCGTCATTTGAGTAAACCCTAGGATTGAGATCTAGATGGCCGCACAAGTAATTGTGCCTACCAAGCGATCTAGCCCACATGGTTTTACCTGTACGACTATCACCTTGTAACACCAGACTCTTTGGTCTTAATGGCCGCGCAGCGGGGTCGACTATGTTCTCGGCGACCCATTCTTCAAGTTCTTCAGGAACCTGGTCAAAGGATGAAGATAAGAATGGAGAGGTAAAGACTGGTTGCGGAGTCATGAAGATCTTGTCAAGATTTGTGTTCAAGTTATGAAACTGCAAGATGTAATCTTTAGGCGCAAGTTCTTTAAGAATATTCAGAGCCTCCGCTTTGTTTCCTGCATTCATAGCTTTTGCATAAGCGTCGTTAGCGGATTGCTTTCCGCCTCTTGAAGATCTTCCATCTATTTGGAAGGTACCCCATTCAAGGGTATCACCATCCTTTTCGATATATGCTTTGACATCGGAGCTTGATTTAGCTCCCTGAATGTTCGGATGGAAATGTGTTGATCTGGTTGGGGATACCAGATCGAAGAACCTCTTGTTCTTTGTCTTGAACTTACCCTCAAATTGGATAAGCACATGGAGATGTGGTTCCCCATCCTCGTGAAGCTCTGAGCAGATTTTGATATATTTTTTATTTGTTGGGGTATTCAAATTTCTAATTTGAGAGAGAGCTTCGCTTTTAGAGAGAGAGCAGTGAGGATAGGTGAGGAAATAGTTTTTAGCGTTTATTTGAAAACGCTTTGTGAGAGAGTTATTAGAGGGGGTTCCCCGATTGCTCTCCATTCCATCTATCGTATGTATATTGGGGAACGGGGACCTATAAATACTTCTGTCCCCAATAGGTTTTGTGCTTACGTGGCGGCCTGTAGTATAATATT

Gene Information

NCBI Accession YP_699989.1
Location 167-517
Gene Name V2
Protein Name precoat protein
Coding Region ATGTGGGATCCTCTTTTAAACGAATTTCCGGATTCTGTTCACGGTTTTCGGTGTATGCTCGCAATAAAGTATTTGCAAGGCGTTGAAGCAACCTACGCCCCTGATACTGTCGGTTACGACCTAGTTCGAGATCTGATCTCAGTTGTTCGTGCGAGCAATTATGCTGAAGCGTGCCGGAGATATAGCCTTTTCCGGTCCCGTATCGAAAGTACGCCGTCGTCTCAATTACGACAGCCCAGGTACCAGCCGTGCTGCTGTACTCACTGCCCTCGGCATAAATCGAAAGAAGTCTTGGACTTCTCGGCCTATGTACCGGAAGCCCAGGATTTACCGGATGTACCGAACAGCTGA
Protein Sequence MWDPLLNEFPDSVHGFRCMLAIKYLQGVEATYAPDTVGYDLVRDLISVVRASNYAEACRRYSLFRSRIESTPSSQLRQPRYQPCCCTHCPRHKSKEVLDFSAYVPEAQDLPDVPNS

NCBI Accession YP_699990.1
Location 327-1100
Gene Name V1
Protein Name coat protein
Coding Region ATGCTGAAGCGTGCCGGAGATATAGCCTTTTCCGGTCCCGTATCGAAAGTACGCCGTCGTCTCAATTACGACAGCCCAGGTACCAGCCGTGCTGCTGTACTCACTGCCCTCGGCATAAATCGAAAGAAGTCTTGGACTTCTCGGCCTATGTACCGGAAGCCCAGGATTTACCGGATGTACCGAACAGCTGATGTCCCTAGGGGATGTGAAGGTCCTTGCAAGATTCAATCCTTTGAATCTCGACATGATATTGCTCACACCGGTAAGGTTATGTGTGTGACGGATGTTACTCGTGGCGGTGGTTTAACCCACCGTACTGGGAAGAGATTTTGCGTTAAGTCCCTCTATATCCTTGGCAAAATCTGGATGGATGAAAATATCAAGACTAAGAATCACACTAACACGGTCATGTTCTATGTTGTTCGGGATCGTAGACCCTATGGTACTCCTCAAGATTTTGGACAAGTGTTTAACATGTTCGATAACGAACCTAGCACTGCAACTGTCAAGAATGATCTTCGAGATCGGTTTCAAGTTTTGCGGAAGTTCACGGCAACTGTTGTTGGTGGTCAGTATGCTTGTAAGGAACAAACGTTAGTTAGGAAGTTCATGAGATTGAACAATTATGTTGTTTACAACCATCAGGAAACCGCAAAATATGAGAATCATACAGAGAATGCTCTGTTATTGTACATGGCATCTACGCATGCCTCTAACCCTGTGTATGCAACTTTGAAAATTCGGATCTATTTTTATGATTCGATAACAAATTAA
Protein Sequence MLKRAGDIAFSGPVSKVRRRLNYDSPGTSRAAVLTALGINRKKSWTSRPMYRKPRIYRMYRTADVPRGCEGPCKIQSFESRHDIAHTGKVMCVTDVTRGGGLTHRTGKRFCVKSLYILGKIWMDENIKTKNHTNTVMFYVVRDRRPYGTPQDFGQVFNMFDNEPSTATVKNDLRDRFQVLRKFTATVVGGQYACKEQTLVRKFMRLNNYVVYNHQETAKYENHTENALLLYMASTHASNPVYATLKIRIYFYDSITN

NCBI Accession YP_699991.1
Location 1097-1501
Gene Name C3
Protein Name C3 protein
Coding Region ATGGATTTACGCACAGGGGAGTACATCACTGCAGCTCAAGCCAGGAATGGCGTCTATATTTGGGAGATTCAAAATCCCCTCTATTTCAAGATACTCAGCCATCACAGCCGGCCGTTCAACACGAACCACGACGTGATAACAATACGGCTGCAGTTCAACCACAACCTGAGGAAAGCGTTGGGAATACACCGGTGTTTTCTGACGTTCCAAGTTTGGACTTACTTACACCCTCCGACTGGGCTTTTCTTAAAAGTCTTTAAGACTCAATGTATTAAATACTTGAATAATTTAGGTGTAATTTCAATTAATAATGTAATTAGAGCTGTAGACCATGTCTTGTTTAAAGTGCTAGAACGCACTATTGATGTACAACCAGATTATGAAATAAAATTCAACATTTATTAA
Protein Sequence MDLRTGEYITAAQARNGVYIWEIQNPLYFKILSHHSRPFNTNHDVITIRLQFNHNLRKALGIHRCFLTFQVWTYLHPPTGLFLKVFKTQCIKYLNNLGVISINNVIRAVDHVLFKVLERTIDVQPDYEIKFNIY

NCBI Accession YP_699992.1
Location 1242-1649
Gene Name C2
Protein Name C2 protein
Coding Region ATGCAGAATTCATCACCCTCGAGAGACCACTGTACTCAGGTTCCCATCAAAGTCCAGCACCGGATTGCTAAAAAGAAGATAATAAGACGACGGCGGGTAGACCTTAATTGCGGTTGCTCATACTACGTGTCAATAAACTGTGCTAATCATGGATTTACGCACAGGGGAGTACATCACTGCAGCTCAAGCCAGGAATGGCGTCTATATTTGGGAGATTCAAAATCCCCTCTATTTCAAGATACTCAGCCATCACAGCCGGCCGTTCAACACGAACCACGACGTGATAACAATACGGCTGCAGTTCAACCACAACCTGAGGAAAGCGTTGGGAATACACCGGTGTTTTCTGACGTTCCAAGTTTGGACTTACTTACACCCTCCGACTGGGCTTTTCTTAAAAGTCTTTAA
Protein Sequence MQNSSPSRDHCTQVPIKVQHRIAKKKIIRRRRVDLNCGCSYYVSINCANHGFTHRGVHHCSSSQEWRLYLGDSKSPLFQDTQPSQPAVQHEPRRDNNTAAVQPQPEESVGNTPVFSDVPSLDLLTPSDWAFLKSL

NCBI Accession YP_699993.1
Location 1579-2667
Gene Name C1
Protein Name replication-associated protein
Coding Region ATGGAGAGCAATCGGGGAACCCCCTCTAATAACTCTCTCACAAAGCGTTTTCAAATAAACGCTAAAAACTATTTCCTCACCTATCCTCACTGCTCTCTCTCTAAAAGCGAAGCTCTCTCTCAAATTAGAAATTTGAATACCCCAACAAATAAAAAATATATCAAAATCTGCTCAGAGCTTCACGAGGATGGGGAACCACATCTCCATGTGCTTATCCAATTTGAGGGTAAGTTCAAGACAAAGAACAAGAGGTTCTTCGATCTGGTATCCCCAACCAGATCAACACATTTCCATCCGAACATTCAGGGAGCTAAATCAAGCTCCGATGTCAAAGCATATATCGAAAAGGATGGTGATACCCTTGAATGGGGTACCTTCCAAATAGATGGAAGATCTTCAAGAGGCGGAAAGCAATCCGCTAACGACGCTTATGCAAAAGCTATGAATGCAGGAAACAAAGCGGAGGCTCTGAATATTCTTAAAGAACTTGCGCCTAAAGATTACATCTTGCAGTTTCATAACTTGAACACAAATCTTGACAAGATCTTCATGACTCCGCAACCAGTCTTTACCTCTCCATTCTTATCTTCATCCTTTGACCAGGTTCCTGAAGAACTTGAAGAATGGGTCGCCGAGAACATAGTCGACCCCGCTGCGCGGCCATTAAGACCAAAGAGTCTGGTGTTACAAGGTGATAGTCGTACAGGTAAAACCATGTGGGCTAGATCGCTTGGTAGGCACAATTACTTGTGCGGCCATCTAGATCTCAATCCTAGGGTTTACTCAAATGACGCATGGTATAACGTCATTGATGACGTCGATCCGCATTACCTAAAGCACTTTAAAGAGTTTATGGGGGCCCAGATGGACTGGCAAAGCAATACAAAGTATGGTAGACCCATTCAAATTAAAGGCGGGATACCGACCATCTTTTTATGTAATGCTGGACCCACATCTTCATATAAAGAGTTTTTAGACGAACCTAAAAACATCGCACTTAAAAATTGGTCTCTTCATAATGCAGAATTCATCACCCTCGAGAGACCACTGTACTCAGGTTCCCATCAAAGTCCAGCACCGGATTGCTAA
Protein Sequence MESNRGTPSNNSLTKRFQINAKNYFLTYPHCSLSKSEALSQIRNLNTPTNKKYIKICSELHEDGEPHLHVLIQFEGKFKTKNKRFFDLVSPTRSTHFHPNIQGAKSSSDVKAYIEKDGDTLEWGTFQIDGRSSRGGKQSANDAYAKAMNAGNKAEALNILKELAPKDYILQFHNLNTNLDKIFMTPQPVFTSPFLSSSFDQVPEELEEWVAENIVDPAARPLRPKSLVLQGDSRTGKTMWARSLGRHNYLCGHLDLNPRVYSNDAWYNVIDDVDPHYLKHFKEFMGAQMDWQSNTKYGRPIQIKGGIPTIFLCNAGPTSSYKEFLDEPKNIALKNWSLHNAEFITLERPLYSGSHQSPAPDC

NCBI Accession YP_699994.1
Location 2283-2480
Gene Name C4
Protein Name C4 protein
Coding Region ATGGGGAACCACATCTCCATGTGCTTATCCAATTTGAGGGTAAGTTCAAGACAAAGAACAAGAGGTTCTTCGATCTGGTATCCCCAACCAGATCAACACATTTCCATCCGAACATTCAGGGAGCTAAATCAAGCTCCGATGTCAAAGCATATATCGAAAAGGATGGTGATACCCTTGAATGGGGTACCTTCCAAATAG
Protein Sequence MGNHISMCLSNLRVSSRQRTRGSSIWYPQPDQHISIRTFRELNQAPMSKHISKRMVIPLNGVPSK