Tomato leaf curl Toliara virus


Basic Information

Genus Begomovirus
NCBI Assembly GCF_002987065.1
Isolate Madagascar:Menabe, Miandrivazo
Release date 2018/8/26
Submitter Lefeuvre,P., Martin,D.P., Hoareau,M., Naze,F., Becker,N., Delatte,H., Reynaud,B., Lett,J.M.
Host
Download Genome |GFF3 |PEP |CDS

Genomic Organization


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Genome

NC_038901
ACCGGATGGCCGCGCCCCCGAAAAAGCGTGGGCCCCCTTGAACTGCACGGAGCCAATCACACTTCGCGTATGATGCTTATTTAAACTCCTTGTCGACCAAGGAGTCTTTATATTTGTCTTTTTTTGCATTTAAACCGCAATCATGTGGGATCCACTTCTTAACGATTTTCCAGAAACTGTTCACGGTTTCCGTTGTATGTTAGCTATTAAATATTTGCAGGCTGTAGAGAAACAGTACGAGCCAGGTACGTTAGGGTTCGAGTTAATTCGTGATTTAATTGTCGTTCTCAGGACGAAGAATTATGTCGAAGCGACCTGCCGATATAGTAATTTCCACTCCCGCGTCCAAGGTGCGTCGCCGGTTGAACTTCGACAGCCCATACTTGAGCCGTGCTGCTGCCCCCACTGTCCTCGTCACAAACAAACGGCGAGCATGGGTCAACAGGCCCATGTACCGAAAGCCCAGGATGTACCGGATGTACAAAAATCCTGATGTCCCTAGGGGCTGTGAAGGCCCGTGTAAGATCCAGTCTTACGAACAACGTGATGACGTGAAGCATGTTGGTGTGGTTAGGTGTATTAGTGATATTACTAAGGGTCCTGGTTTGACCCATAGGACCGGTAAACGTTTTGTTGTTAAGTCTGTTTATATATTAGGTAAAGTTTGGATGGATGAAAACATTAAGAAGCAGAATCACACGAACAATGTGATGTTTTTCCTGGTTAGAGATAGGAGGCCTTATGGCCCGAGTCCAATGGACTTTGGGCAGGTGTTTAATATGTTTGACAATGAGCCCAGCACAGCAACGGTGAAGAACGATTTTAGGGATCGTTTCCAAGTTTTAAGGAAATTCACTGCTACTGTTGTTGGTGGACCTTCTGGTTTGAAGGAACAGGCCTTGGTAAAGCGATTCTTCAGGCTCAACAGCCATGTGACGTATAATCATCAAGAAGCTGCTAAGTATGAGAACCATACGGAGAATGCTTTGTTGTTGTATATGGCATGTACTCATGCTTCTAATCCAGTGTATGCTACTCTTAAAATACGTGTGTATTTCTACGATTCTGTAACAAATTAATAAAGTTTATATTTTATATCATAATTTTGTTCCACCCATAAGGTTTCGTTGATTACATCAAACAATACATAATCTATTGCTCTAATTACATTATTAATTGAAATTACACCAAGATTGTTTAAATATTTACTAACTTGAGTCTTAAAGACTCTTAAGAAATGACCAGTCTGAGGCTGTAAGGTCGTCCAGATCTTGAAGGTCATGAAACATTTGTGAATCCCCAGTTCCTTCCTTAGGTTGTGGTTGAATCGGAGTTGTACTGTGATTATGTCGTGGTTGTAGTTGAATGGTCTCTTCGAGTGTTCCGTGATGCTGAAATATAGGGGATTGGCGATTTCCCAGGTATAGACGCCACTCTGTGCCTGATGCGCAGTGATGAGTTCCCCGGTGCGTGAATCCATTGTTGCGACAGTTGAGTGACAAGTAGTACGAGCACCCGCAATTAAGGTCTATCCTCTTCCTCCTCTGAAGCCTCTGCTTGGCTGCTCTGTGTTGGACCTTGATAGGAACTTGAGTACAATGGCTGTTGGATGGTGACGAAGATCGCATTCTTAATTGCCCAGGCCTTTAGTGGTGCGTTCTTTTGCTCGTCCAAGTACTCTTTATATGATGAAGTGGGTCCTGGATTGCAGAGGAAGATTGTCGGGATACCTCCTTTAATTTGAATTGGTTTCCCGTACTTTGTGTTGCTTTGCCAGTCCCGTTGTGCGCCCATGAATTCCTTAAAGTGCTTTAGATAATGAGGATCGACGTCATCTATTACGTTGTACCATGCTTCATTTGAATACACCTTTGGACTAAGATCAAGATGACCACACAAATAATTGTGTGGACCCAATGACCTAGCCCACATTGTCTTCCCGGTACGACTATCCCCTTCAATCACAATACTTATGGGTCTCAATGGCCGCGCAGCGGCACTGACAACATTCTCCGCCGCCCACTCTTCAAGTTCTTCCGGAACTTGATCGAAAGAAGAACATAAAAAAGGAGAAACATAATCCTCCAACGGAGGTGTAAAAATCCTATCTAAATTACATTTTAAATTATGATACTGAAAAATAAAATCTTTAGGGAGTTTCTCTTTAATAATAGCCATAGCGGCTTCAGCGGAACCTGCGTTTAATGCCTCGGCGCATGCGTCGTTAGCATTCTGGCAGCCTCCTCTAGCACTTCTGCCGTCGATCTGGAATTCACCCCATTCAAGTGTGTCTCCATCCTTGTCGATGTAGGACTTGACGTCGGAGCTTGATTTAGCTCCCTGAATGTTTGGATGGAAATGTGCTGACCTGGTTGGGGATACCAGGTCGAAGAATCGGTTATTCGTGCAGTGGAATTTGCCCTCGAACTGGATGAGCATGTGGAGATGAGGCTCCCCATCTTCGTGCAACTCTCTGCAGATTTTGATGAATCTTTTATTTGTTGGAGTATCTATATTTAATAATTGGGAAAGTGCTTCTTCTTTAGTTAAATTGCATTTGGGATAAGTAAGGAAATAATTTTTGGCTTGTATTTTAAAACGACGTGGCCGAGCCATTTGGTCAAGTGTCTCCAATTGACTTCTCATTTGCATCTCTCTGATATATTGGGGACAATATATAGTGTCTCCAAATGGCAATATGGTAATAACAAGAAGTTACTTTAACTTTATTTCAAATTGGTAAAGCGGCCATCCGTCTAATATT

Gene Information

NCBI Accession YP_009508206.1
Location 143-493
Gene Name v2
Protein Name V2 protein
Coding Region ATGTGGGATCCACTTCTTAACGATTTTCCAGAAACTGTTCACGGTTTCCGTTGTATGTTAGCTATTAAATATTTGCAGGCTGTAGAGAAACAGTACGAGCCAGGTACGTTAGGGTTCGAGTTAATTCGTGATTTAATTGTCGTTCTCAGGACGAAGAATTATGTCGAAGCGACCTGCCGATATAGTAATTTCCACTCCCGCGTCCAAGGTGCGTCGCCGGTTGAACTTCGACAGCCCATACTTGAGCCGTGCTGCTGCCCCCACTGTCCTCGTCACAAACAAACGGCGAGCATGGGTCAACAGGCCCATGTACCGAAAGCCCAGGATGTACCGGATGTACAAAAATCCTGA
Protein Sequence MWDPLLNDFPETVHGFRCMLAIKYLQAVEKQYEPGTLGFELIRDLIVVLRTKNYVEATCRYSNFHSRVQGASPVELRQPILEPCCCPHCPRHKQTASMGQQAHVPKAQDVPDVQKS

NCBI Accession YP_009508207.1
Location 303-1079
Gene Name cp
Protein Name coat protein
Coding Region ATGTCGAAGCGACCTGCCGATATAGTAATTTCCACTCCCGCGTCCAAGGTGCGTCGCCGGTTGAACTTCGACAGCCCATACTTGAGCCGTGCTGCTGCCCCCACTGTCCTCGTCACAAACAAACGGCGAGCATGGGTCAACAGGCCCATGTACCGAAAGCCCAGGATGTACCGGATGTACAAAAATCCTGATGTCCCTAGGGGCTGTGAAGGCCCGTGTAAGATCCAGTCTTACGAACAACGTGATGACGTGAAGCATGTTGGTGTGGTTAGGTGTATTAGTGATATTACTAAGGGTCCTGGTTTGACCCATAGGACCGGTAAACGTTTTGTTGTTAAGTCTGTTTATATATTAGGTAAAGTTTGGATGGATGAAAACATTAAGAAGCAGAATCACACGAACAATGTGATGTTTTTCCTGGTTAGAGATAGGAGGCCTTATGGCCCGAGTCCAATGGACTTTGGGCAGGTGTTTAATATGTTTGACAATGAGCCCAGCACAGCAACGGTGAAGAACGATTTTAGGGATCGTTTCCAAGTTTTAAGGAAATTCACTGCTACTGTTGTTGGTGGACCTTCTGGTTTGAAGGAACAGGCCTTGGTAAAGCGATTCTTCAGGCTCAACAGCCATGTGACGTATAATCATCAAGAAGCTGCTAAGTATGAGAACCATACGGAGAATGCTTTGTTGTTGTATATGGCATGTACTCATGCTTCTAATCCAGTGTATGCTACTCTTAAAATACGTGTGTATTTCTACGATTCTGTAACAAATTAA
Protein Sequence MSKRPADIVISTPASKVRRRLNFDSPYLSRAAAPTVLVTNKRRAWVNRPMYRKPRMYRMYKNPDVPRGCEGPCKIQSYEQRDDVKHVGVVRCISDITKGPGLTHRTGKRFVVKSVYILGKVWMDENIKKQNHTNNVMFFLVRDRRPYGPSPMDFGQVFNMFDNEPSTATVKNDFRDRFQVLRKFTATVVGGPSGLKEQALVKRFFRLNSHVTYNHQEAAKYENHTENALLLYMACTHASNPVYATLKIRVYFYDSVTN

NCBI Accession YP_009508208.1
Location 1076-1480
Gene Name c3
Protein Name C3 protein
Coding Region ATGGATTCACGCACCGGGGAACTCATCACTGCGCATCAGGCACAGAGTGGCGTCTATACCTGGGAAATCGCCAATCCCCTATATTTCAGCATCACGGAACACTCGAAGAGACCATTCAACTACAACCACGACATAATCACAGTACAACTCCGATTCAACCACAACCTAAGGAAGGAACTGGGGATTCACAAATGTTTCATGACCTTCAAGATCTGGACGACCTTACAGCCTCAGACTGGTCATTTCTTAAGAGTCTTTAAGACTCAAGTTAGTAAATATTTAAACAATCTTGGTGTAATTTCAATTAATAATGTAATTAGAGCAATAGATTATGTATTGTTTGATGTAATCAACGAAACCTTATGGGTGGAACAAAATTATGATATAAAATATAAACTTTATTAA
Protein Sequence MDSRTGELITAHQAQSGVYTWEIANPLYFSITEHSKRPFNYNHDIITVQLRFNHNLRKELGIHKCFMTFKIWTTLQPQTGHFLRVFKTQVSKYLNNLGVISINNVIRAIDYVLFDVINETLWVEQNYDIKYKLY

NCBI Accession YP_009508209.1
Location 1221-1628
Gene Name c2
Protein Name C2 protein
Coding Region ATGCGATCTTCGTCACCATCCAACAGCCATTGTACTCAAGTTCCTATCAAGGTCCAACACAGAGCAGCCAAGCAGAGGCTTCAGAGGAGGAAGAGGATAGACCTTAATTGCGGGTGCTCGTACTACTTGTCACTCAACTGTCGCAACAATGGATTCACGCACCGGGGAACTCATCACTGCGCATCAGGCACAGAGTGGCGTCTATACCTGGGAAATCGCCAATCCCCTATATTTCAGCATCACGGAACACTCGAAGAGACCATTCAACTACAACCACGACATAATCACAGTACAACTCCGATTCAACCACAACCTAAGGAAGGAACTGGGGATTCACAAATGTTTCATGACCTTCAAGATCTGGACGACCTTACAGCCTCAGACTGGTCATTTCTTAAGAGTCTTTAA
Protein Sequence MRSSSPSNSHCTQVPIKVQHRAAKQRLQRRKRIDLNCGCSYYLSLNCRNNGFTHRGTHHCASGTEWRLYLGNRQSPIFQHHGTLEETIQLQPRHNHSTTPIQPQPKEGTGDSQMFHDLQDLDDLTASDWSFLKSL

NCBI Accession YP_009508210.1
Location 1522-2652
Gene Name rep
Protein Name replication associated protein
Coding Region ATGCAAATGAGAAGTCAATTGGAGACACTTGACCAAATGGCTCGGCCACGTCGTTTTAAAATACAAGCCAAAAATTATTTCCTTACTTATCCCAAATGCAATTTAACTAAAGAAGAAGCACTTTCCCAATTATTAAATATAGATACTCCAACAAATAAAAGATTCATCAAAATCTGCAGAGAGTTGCACGAAGATGGGGAGCCTCATCTCCACATGCTCATCCAGTTCGAGGGCAAATTCCACTGCACGAATAACCGATTCTTCGACCTGGTATCCCCAACCAGGTCAGCACATTTCCATCCAAACATTCAGGGAGCTAAATCAAGCTCCGACGTCAAGTCCTACATCGACAAGGATGGAGACACACTTGAATGGGGTGAATTCCAGATCGACGGCAGAAGTGCTAGAGGAGGCTGCCAGAATGCTAACGACGCATGCGCCGAGGCATTAAACGCAGGTTCCGCTGAAGCCGCTATGGCTATTATTAAAGAGAAACTCCCTAAAGATTTTATTTTTCAGTATCATAATTTAAAATGTAATTTAGATAGGATTTTTACACCTCCGTTGGAGGATTATGTTTCTCCTTTTTTATGTTCTTCTTTCGATCAAGTTCCGGAAGAACTTGAAGAGTGGGCGGCGGAGAATGTTGTCAGTGCCGCTGCGCGGCCATTGAGACCCATAAGTATTGTGATTGAAGGGGATAGTCGTACCGGGAAGACAATGTGGGCTAGGTCATTGGGTCCACACAATTATTTGTGTGGTCATCTTGATCTTAGTCCAAAGGTGTATTCAAATGAAGCATGGTACAACGTAATAGATGACGTCGATCCTCATTATCTAAAGCACTTTAAGGAATTCATGGGCGCACAACGGGACTGGCAAAGCAACACAAAGTACGGGAAACCAATTCAAATTAAAGGAGGTATCCCGACAATCTTCCTCTGCAATCCAGGACCCACTTCATCATATAAAGAGTACTTGGACGAGCAAAAGAACGCACCACTAAAGGCCTGGGCAATTAAGAATGCGATCTTCGTCACCATCCAACAGCCATTGTACTCAAGTTCCTATCAAGGTCCAACACAGAGCAGCCAAGCAGAGGCTTCAGAGGAGGAAGAGGATAGACCTTAA
Protein Sequence MQMRSQLETLDQMARPRRFKIQAKNYFLTYPKCNLTKEEALSQLLNIDTPTNKRFIKICRELHEDGEPHLHMLIQFEGKFHCTNNRFFDLVSPTRSAHFHPNIQGAKSSSDVKSYIDKDGDTLEWGEFQIDGRSARGGCQNANDACAEALNAGSAEAAMAIIKEKLPKDFIFQYHNLKCNLDRIFTPPLEDYVSPFLCSSFDQVPEELEEWAAENVVSAAARPLRPISIVIEGDSRTGKTMWARSLGPHNYLCGHLDLSPKVYSNEAWYNVIDDVDPHYLKHFKEFMGAQRDWQSNTKYGKPIQIKGGIPTIFLCNPGPTSSYKEYLDEQKNAPLKAWAIKNAIFVTIQQPLYSSSYQGPTQSSQAEASEEEEDRP

NCBI Accession YP_009508211.1
Location 2202-2459
Gene Name c4
Protein Name C4 protein
Coding Region ATGGGGAGCCTCATCTCCACATGCTCATCCAGTTCGAGGGCAAATTCCACTGCACGAATAACCGATTCTTCGACCTGGTATCCCCAACCAGGTCAGCACATTTCCATCCAAACATTCAGGGAGCTAAATCAAGCTCCGACGTCAAGTCCTACATCGACAAGGATGGAGACACACTTGAATGGGGTGAATTCCAGATCGACGGCAGAAGTGCTAGAGGAGGCTGCCAGAATGCTAACGACGCATGCGCCGAGGCATTAA
Protein Sequence MGSLISTCSSSSRANSTARITDSSTWYPQPGQHISIQTFRELNQAPTSSPTSTRMETHLNGVNSRSTAEVLEEAARMLTTHAPRH