Tomato leaf curl Seychelles virus


Basic Information

Genus Begomovirus
NCBI Assembly GCF_000871445.1
Isolate Seychelles:Mahe
Release date 2015/2/13
Submitter Lefeuvre,P., Delatte,H., Naze,F., Dogley,W., Reynaud,B., Lett,J.M.
Host
Download Genome |GFF3 |PEP |CDS

Genomic Organization


JBrowse


Genome

NC_009031
ACCGGATGGCCGCGCCCCCAAAAAAGAAAGTGGGCCCCGCGCACTAGTTTGTGTCGGCCAATGAGAGAGGTCCGTCATAGCTTAGTTATTTCATTTTGGTCTTTAAATTGCGTGGTCCCCAAGCTTCAGTCGTTGTCAGTATGTGGGACCCACTTGTAAACGAGTTCCCAGACTCTGTTCATGGTTTTCGTTGTATGCTTGCTATTAAATATTTGCAGGCCGTGGAAGAAACTTACGAGCCCAATACATTGGGCTACGATTTAATTCGTGATCTTATTTGTGTTATTAGGGCCCGTGATTATGTCGAAGCGACCCGGAGATATAATAATTTCCACACCCGTCTCGAAGGTTCGTCGAAGGCTGAACTTCGACAGCCCTTATACCAGCCGTGTTGCTGCCCCCATTGCCCAAGGCACAAGCAGACGTCGATCATGGACGTACAGGCCCATGTATCGAAAGCCCAGGATGTATCGAATGTACAAAAGTCCTGATGTTCCTCGTGGTTGTGAAGGGCCATGTAAGGTCCAGTCGTATGAGCAGAGGGATGATGTCAAGCACACCGGTATTGTTCGTTGTGTTAGTGATGTTACGCGTGGTTCGGGTATTACCCATAGAGTTGGCAAGAGGTTTTGTATTAAGTCGATATATATCTTAGGTAAGATCTGGATGGATGACAATATCAAGAAGCAGAATCATACTAATCAGGTTATGTTTTTCCTTGTTCGTGATAGAAGGCCCTACGGCTCGGCTCCAATGGATTTTGGACAGGTGTTTAATATGTTTGATAATGAGCCCAGTACAGCTACGGTGAAGAATGATTTGAGGGACAGATATCAGGTCATGAGGAAATTTCATTCAACTGTAGTTGGTGGACCCTCTGGATCGAAGGAGCAGGCATTAGTTAAGAGGTTTTTTAGGATTAATAGCCATGTAACTTATAATCATCAGGAGGCAGCTAAGTATGAGAACCATACTGAGAATGCCTTATTATTGTATATGGCATGTACTCATGCGTCTAATCCAGTGTATGCTACTCTTAAGATACGGATCTATTTCTATGATTCGGTCAGTAATTAATAGATATTAAATTTTATTGCATGATTCTCCGTAACTTGGAGGGTATTTACAAGTACATCGTGTAATACATAATCAACTGCTCTAATTATTGCATTAATTGAAATTACACCTAAGGAATCTAAATACTTGAGAACTTGGGTCTTAAATACGGTTAAGAAACGACCAGTCTGAGGGCGTAAGCTCGTCCAGACCTTGAAGTTGAGAAAACATTTGTGAATCCCCAACGCCTTCCTCAGGTTGTGGTTGAACCTTATTTGGAATGATATGATGTCTTGGTTCGTGTTGAATGGCCGGCTGTCGTGGTCGATGATCTTGAAATAGAGGGGATTTTTTATCTCCCAGATAAACACGCCACTCTGTGCTTGAGCTGCAGTGATGAGTTCCCCGGTGCGTAATCCATGGCTGCTACAATTGATATGTATATAATATGAGCAGCCGCAGTCTAGGTCTATGCGCTTACGTCTGACTGCTCTCGTTTTCGCTATGCGGTGTTGGACCTTGATTGGTACTTGTGAAGAGTGGCTCGTGGAGGGTGATGAAGGTGGCATTCTTGAAGGCCCAGTCTTTTAGTGGTGTATTCTTTTCCTCGTCTAGATACTCTTTATACGAGGATGTTGGTCCTGGATTGCAGAGGAAGATAGTGGGAATTCCGCCTTTAATTTGAATGGGCTTCCCGTACTTGGTGTTGCTTTGCCAGTCCCTCTGGGCCCCCATGAACTCCTTAAAGTGCTTCAGGTAGTGCGGATCAACGTCATCAATGACGTTATACCATGCATCATTGGAGTACACTTTTGGACTCAGGTCCAGATGCCCGCATAGGTAATTGTGGGGTCCTAATGACCTGGCCCACATTGTCTTGCCTGTACGACTATCACCCTCTATCACAATACTAATCGGTCTCCAAGGCCGCGCAGCGGCACCCATCACGTTTTCAGCCGCCCAGACTTCAAGTTCTTCCGGAACTTGATTGAAAGAAGAACAAAGAAAAGGAGAAATATAAGGAGCCGGAGGCTCCTGAAAAATCCTATCTAAATTACTAACTAAATTATGATACTGAAAAATAAATTTTTCAGGGAGTTTCTCCCTTATGATTTGCAAAGCAGCGTCTTTACTACCTGCATTTAAGGCATCCGCTGCCGCATCATTAGCTGTCTGCTGACCTCCTCTAGCAGATCTTCCGTCGACCTGAAAAGTACCCCAGTCGATGTAATCACCGTCCTTCTCGATGTAGGACTTGACATCTGATGAGGATTTAGCTCCCTGGAAATTTGGATGGAATTGGGAGGAGCTGGTGGGGTGTTGAAGGTCGAAATGTCTGGGGTTTTTAAATTGGGCTTTACCCTTGAACTGGATGAGAGCATGGAGGTGCAGAGACCCATCCTGGTGTTTTTCCTGGCTAACTCTGATAAATAATTTATCAGATGGGCATTTTATTGCCTTTAATAGCTCAAGAGCTATTTCTTTAGAAAGAGAGCATTTGGGATATGTAAGGAAGATATTTTTAGCTGACACTCTAAAACCTGGTTGACGAGGCATATTGGTGTCTTTCAAAACTCTACGGAATTGGTGTCTTTGGTGTCTCATTTATAGCTGGGACACCAATGGCATTTTGGTAAATTTAGCACCTTTAATTTGAATTTCAAAAGCGGCCATCCGTATAATATT

Gene Information

NCBI Accession YP_001040014.1
Location 141-491
Gene Name V2
Protein Name movement protein
Coding Region ATGTGGGACCCACTTGTAAACGAGTTCCCAGACTCTGTTCATGGTTTTCGTTGTATGCTTGCTATTAAATATTTGCAGGCCGTGGAAGAAACTTACGAGCCCAATACATTGGGCTACGATTTAATTCGTGATCTTATTTGTGTTATTAGGGCCCGTGATTATGTCGAAGCGACCCGGAGATATAATAATTTCCACACCCGTCTCGAAGGTTCGTCGAAGGCTGAACTTCGACAGCCCTTATACCAGCCGTGTTGCTGCCCCCATTGCCCAAGGCACAAGCAGACGTCGATCATGGACGTACAGGCCCATGTATCGAAAGCCCAGGATGTATCGAATGTACAAAAGTCCTGA
Protein Sequence MWDPLVNEFPDSVHGFRCMLAIKYLQAVEETYEPNTLGYDLIRDLICVIRARDYVEATRRYNNFHTRLEGSSKAELRQPLYQPCCCPHCPRHKQTSIMDVQAHVSKAQDVSNVQKS

NCBI Accession YP_001040015.1
Location 301-1077
Gene Name V1
Protein Name coat protein
Coding Region ATGTCGAAGCGACCCGGAGATATAATAATTTCCACACCCGTCTCGAAGGTTCGTCGAAGGCTGAACTTCGACAGCCCTTATACCAGCCGTGTTGCTGCCCCCATTGCCCAAGGCACAAGCAGACGTCGATCATGGACGTACAGGCCCATGTATCGAAAGCCCAGGATGTATCGAATGTACAAAAGTCCTGATGTTCCTCGTGGTTGTGAAGGGCCATGTAAGGTCCAGTCGTATGAGCAGAGGGATGATGTCAAGCACACCGGTATTGTTCGTTGTGTTAGTGATGTTACGCGTGGTTCGGGTATTACCCATAGAGTTGGCAAGAGGTTTTGTATTAAGTCGATATATATCTTAGGTAAGATCTGGATGGATGACAATATCAAGAAGCAGAATCATACTAATCAGGTTATGTTTTTCCTTGTTCGTGATAGAAGGCCCTACGGCTCGGCTCCAATGGATTTTGGACAGGTGTTTAATATGTTTGATAATGAGCCCAGTACAGCTACGGTGAAGAATGATTTGAGGGACAGATATCAGGTCATGAGGAAATTTCATTCAACTGTAGTTGGTGGACCCTCTGGATCGAAGGAGCAGGCATTAGTTAAGAGGTTTTTTAGGATTAATAGCCATGTAACTTATAATCATCAGGAGGCAGCTAAGTATGAGAACCATACTGAGAATGCCTTATTATTGTATATGGCATGTACTCATGCGTCTAATCCAGTGTATGCTACTCTTAAGATACGGATCTATTTCTATGATTCGGTCAGTAATTAA
Protein Sequence MSKRPGDIIISTPVSKVRRRLNFDSPYTSRVAAPIAQGTSRRRSWTYRPMYRKPRMYRMYKSPDVPRGCEGPCKVQSYEQRDDVKHTGIVRCVSDVTRGSGITHRVGKRFCIKSIYILGKIWMDDNIKKQNHTNQVMFFLVRDRRPYGSAPMDFGQVFNMFDNEPSTATVKNDLRDRYQVMRKFHSTVVGGPSGSKEQALVKRFFRINSHVTYNHQEAAKYENHTENALLLYMACTHASNPVYATLKIRIYFYDSVSN

NCBI Accession YP_001040016.1
Location 1534-2661
Gene Name C1
Protein Name replication associated protein
Coding Region ATGAGACACCAAAGACACCAATTCCGTAGAGTTTTGAAAGACACCAATATGCCTCGTCAACCAGGTTTTAGAGTGTCAGCTAAAAATATCTTCCTTACATATCCCAAATGCTCTCTTTCTAAAGAAATAGCTCTTGAGCTATTAAAGGCAATAAAATGCCCATCTGATAAATTATTTATCAGAGTTAGCCAGGAAAAACACCAGGATGGGTCTCTGCACCTCCATGCTCTCATCCAGTTCAAGGGTAAAGCCCAATTTAAAAACCCCAGACATTTCGACCTTCAACACCCCACCAGCTCCTCCCAATTCCATCCAAATTTCCAGGGAGCTAAATCCTCATCAGATGTCAAGTCCTACATCGAGAAGGACGGTGATTACATCGACTGGGGTACTTTTCAGGTCGACGGAAGATCTGCTAGAGGAGGTCAGCAGACAGCTAATGATGCGGCAGCGGATGCCTTAAATGCAGGTAGTAAAGACGCTGCTTTGCAAATCATAAGGGAGAAACTCCCTGAAAAATTTATTTTTCAGTATCATAATTTAGTTAGTAATTTAGATAGGATTTTTCAGGAGCCTCCGGCTCCTTATATTTCTCCTTTTCTTTGTTCTTCTTTCAATCAAGTTCCGGAAGAACTTGAAGTCTGGGCGGCTGAAAACGTGATGGGTGCCGCTGCGCGGCCTTGGAGACCGATTAGTATTGTGATAGAGGGTGATAGTCGTACAGGCAAGACAATGTGGGCCAGGTCATTAGGACCCCACAATTACCTATGCGGGCATCTGGACCTGAGTCCAAAAGTGTACTCCAATGATGCATGGTATAACGTCATTGATGACGTTGATCCGCACTACCTGAAGCACTTTAAGGAGTTCATGGGGGCCCAGAGGGACTGGCAAAGCAACACCAAGTACGGGAAGCCCATTCAAATTAAAGGCGGAATTCCCACTATCTTCCTCTGCAATCCAGGACCAACATCCTCGTATAAAGAGTATCTAGACGAGGAAAAGAATACACCACTAAAAGACTGGGCCTTCAAGAATGCCACCTTCATCACCCTCCACGAGCCACTCTTCACAAGTACCAATCAAGGTCCAACACCGCATAGCGAAAACGAGAGCAGTCAGACGTAA
Protein Sequence MRHQRHQFRRVLKDTNMPRQPGFRVSAKNIFLTYPKCSLSKEIALELLKAIKCPSDKLFIRVSQEKHQDGSLHLHALIQFKGKAQFKNPRHFDLQHPTSSSQFHPNFQGAKSSSDVKSYIEKDGDYIDWGTFQVDGRSARGGQQTANDAAADALNAGSKDAALQIIREKLPEKFIFQYHNLVSNLDRIFQEPPAPYISPFLCSSFNQVPEELEVWAAENVMGAAARPWRPISIVIEGDSRTGKTMWARSLGPHNYLCGHLDLSPKVYSNDAWYNVIDDVDPHYLKHFKEFMGAQRDWQSNTKYGKPIQIKGGIPTIFLCNPGPTSSYKEYLDEEKNTPLKDWAFKNATFITLHEPLFTSTNQGPTPHSENESSQT