Tomato dwarf leaf virus
Basic Information
Genus |
Begomovirus
|
NCBI Assembly |
GCF_000894215.1 |
Isolate |
Argentina |
Release date |
2015/2/22 |
Submitter |
Vaghi Medina,C.G., Lopez Lambertini,P.M. |
Host |
|
Download |
Genome
|GFF3
|PEP
|CDS |
Genomic Organization
JBrowse
Genome
ACCGGATGGCCGCGCGATTTTTTGTAGTGGTCCCCGCACGACTGACCAATCAGATTTCGTCCTGAAAGCCTAGATATTTTGAAATACTTAGGCGCTAAGTTCTATAAATTGAATAACTTCTTTTTACAGGCTTTAATTCAAAATGCCTAAGCGTGATGCCCCATGGCGTTTAATGGCGGGGACCACTAAGGTTTCCCGCTCCACCAATTATTCACCTGGTGGGGCTAATTCCAAGCGTGATGCTTGGGTTAATAGGCCCATGTATAGGAAGCCTCGAATATATCGTACGTTGAGAGGGCCTGATGTTCCCAAAGGGTGTGAAGGCCCATGCAAGGTCCAGTCTTATGAACAGCGACATGACATCTCTCATGTTGGCAAGGTCATGTGTATTTCCGATATTACCCGTGGTAATGGTATAACTCACCGTGTTGGTAAGCGTTTTTGTGTTAAGTCTGTGTACATTTTAGGGAAGATATGGATGGATGAGAATATCAAGTTGAAGAACCACACCAACAGCGTCATGTTCTGGTTAGTTAGAGATCGTAGACCGTATGGGACACCTATGGATTTTGGTCAAGTGTTTAATATGTTTGACAATGAGCCTAGCACTGCTACTGTTAAGAACGATCTCCGTGACCGTTATCAAGTTCTACACAAGTTCTACGCTAAGGTGACCGGTGGTCAGTATGCGAGCAACGAGCAAGCTCTCGTGAAGCGTTTCTGGAGGGTTAACAACTATGTGGTCTACAACCATCAGGAAGCTGGCAAATATGAGAATCACACTGAGAACGCTCTGTTTATTGTATATGGCATGTACACATGCCTCTAATCCCGTGTATGCTACATTGAAAATTCGGATCTATTTTTATGATTCGATAACAAATTAATAAAGTTTGAATTTTATATCATGATTTTCAAGTACATAATTTACATAATATCTGTCTGTTGCATAACGAACAGCTCTAATTACATTATTAAGAGAAATTACACCTAATTGATTTACATACAATAAGACTAAATATTTGAATCTACTTAAATATGTCATCCCAGAAGCTGTCACTGATGTCGTCCAGACTTGGAAATTGAGAAATGCCTTGTGGAGACCCAGTGCTCTCCGCAGGCTGTGGTTGAACCGTATCTGGACGTGGTATATCCTGGTTGTTGTGTATGACGGGTCCTCCACGTCGATTATCTTGAAATACAGGGGATTTGTAATCTCCCAAATAAAGACGCCATTCGCTGCTTGAGGCGCAGTGATGAATTCCCCGGTGCGTAAATCCATGGTTGCAGCAACCGATGTGTACGTAAATAGTGCAGCCACAGTTTAGGTCTATGCGTCTTCGTCTAGTTGCTCTCCGTTTAGCTGCTCTGTGCTGTGCTTTGATAGAGGGGGGAGTTGAGGAAGATGAATTTAGCATTATGAAGAGTCCACGCCTTCAGAGATGCATTTTCTTGTTTGTCTAGGAAGTCTTTATAACTAGCCCCCTCTCCTGGATTGCACAGCACGATTGATGGGATCCCTCCTTTAATTTGAACAGGCTTTCCGTATTTACAGTTGGACTGCCAGTCCCTTTGGGCCCCAATCAACTCTTTCCAATGTTTCATCTTTAGATAATGCGGACTGACATCATCAATGACGTTATATTGAACAGTATTTGAATATACTTTAGAATTAAAATCAAGATGTCCGCTCAAATAATTATGTGGGCCTAGTGCACGAGCCCACATCGTCTTCCCTGTTCGACTATCTCCTTCAATGATAATACTAATAGGTCTTTCTGGCCGCGCAGCGGAATCCATACCAAAATAAGCATCAGCCCATTCTTGCATCTCGTCAGGGACATTAGTGAATGAGGAGAGTCGAAACGGAGGAACCCACGGCTCCGGAGCCTTACTGAAAATTCTATCTAAATTAGAATTTAAATTATGAAATTGAAATAAGTATTTCTCTGGGAGTTTCTCCCTTATTATTTGCATAGCCGTTTCTTTAGATGGGGCGTTCAGAGCCTCTGCGGCAGCGTCATTAGCTGACTGGCAACCTCCTCTAGCACTTCGTCCGTCGATCTGAAATTCTCCCCATTCGAGAGTATCCCCGTCCTTGTCGATGTAGGACTTGACGTCAGACGATGATTTAGCTCCCTGAATGTTCGGATGGAAATGTGTTGATCTTGTTGGGGATACCATGTCGAAGAGTCGCTGATTCGTGCAGACGAACTTTCCTTCGAACTGAATAAGCACATGGAGATGAGGTTCCCCATTTTCATGGAGTTCTCTACAGATTTTAATGTATTTCTTGTTTGTTGGAGTATTTATTTTCTGTAATTGAGAAAGAGCTTCTTCTTTTGAGAGAGAACAATGAGGATATGTGATGAAGTAATTCTTTGAAGAAATGCGAAAGCGTTTTGGAGCAGATGGCATTTTTGAAATAATAAGGGTGTCACCAATTGAGCTCTCGCTTCAAAAGTCTGATAAATTGGTGACATTGGTGACAATATATAGAAGTTCCTAGAGGGCACGTGGCGGCCATCCGTTATAATATT
ACCGGATGGCCGCGCGATTTTTTGACGTGGTCCCCACCCGAAATCAATTGAGCGCATTTTTGAAGTCCGGAATTGAGTTGAGCGCAAATTTTGAGTTCCGCCCGTACAGTCAATTGTTTCGGCTTTAATTTGAAATAAAGCGTTGTTGTACTGAACAACCAATCATATTGTGCCTGTCGAGCTTAGATAACCCTTATGTGTCAGACATTTCAAATTAGAATTATATTGCGTAGGTGGTCCACTATATGTCTCTTAACTTCTTTATGACGTGGACCAATGGCTTTTAATTATTAAATCAAGTTAAGTCATATATGTTAAGAGGAATTGGTATAAATTCCGTAGTGTTGATTGTGTATATCATGCAATAATGTATCCTTTAAAGTACAGACGTGGCTGGTCGTCTAGTCAACGACGAGGGTATTTACGTCAGTCTATGTTTAAACGATCTAACTACGTGAAACGTGCAGATGGGAAACGTCGTCCGCAGAATTCTAATCAGACTACCGATGACATTAGAATGTCACAACAACGTATACATGAGAATCAGTTTGGCCCAGAATTTGTGATTGGTCAGAATTCTGCTATTTCCACCTTCATCACTTATCCTTCTCTTGGTAAGAATGAACCCAGTCGCTCTAAGTCATATATTAAGTTGAAACGTTTGCGTTTCAAAGGTACAGTGAAGGTTGAGCGTTTGCATGCGGAGGTGATCATGGATGGTATAACTCCAAAAATTGAAGGAGTATTTTCTATGGTCGTCGTGGTTGATCGCAAACCACATTTAAGTTCATCAGGATGTTTGCATACATTTGATGAGTTATTTGGTGCACGTATTCACAGTCATGGCAATTTAGCCATAAGTCCTGCTTTGAAGGATCGTTTTTACATACGTCATGTTTGGAAGAATGTAATTTCTGTCGAGAAGGACAGTACGATGATTGATCTTGAAGGAACGACAGCACTATCTAATAGGCGTTTTAATTGTTGGGCATCGTTTAGTGATCTTGATCATGATTCATGTAACGGGGTGTATTCTAATATTAGCAAGAACGCCCTCTTAGTTTACTATTGTTGGATGTCGGACGTCACATCTAAGGCGTCTACATTTGTATCATTTGATCTTGATTATGTTGGTTGAATGTTAAGAGAAATATATCTAATTGTAATCAATACTGTCATAATTAAAAAAGAAATTAACAATTATCTTTAATCAATACAGTCATACTGAAAGAAGAAATTAACAATTATTTGAACAAGAAAATATTATCATATAATATACTACAATCATATTAATAGGTTGTACTGGCTGCGCAGCTGAATGCATTAGTACTGTACGAACTTGTTATTTCAGCGATTTGGGCACTGAGGGAGTACAATTAGTTTTAATACACTCTTGTACTGTCGTCCTGACAAGTTCGTTTAATTGGGCCATTGACATCGTTATATTTGATTGAGTCCGTCAATTATTGAGGCCGATTCACCAGGGTCTAGCATGTCAGTCCCTAACCTGTTAAGCTCCTTATATGGATGTGAGGCCTCACCTATATCTGAATCCGCATCTAATTGGGCCGTTCCTACTGTACTTCTTGAAGCCCAAGAATCTCCGGGTCTAAGTTCAATTGGGCCTGGAAGCCCAAACCTAGAAGTAGATGCGGATCTTATTAGTTTTCTTTCCCACTTTCCGTAGCCGACGTGGGAGAAATCTATATCGTTAACTGTAAACTGTTTAGACATTATCTTTACGGTGGGTGCCCTGAACGGTATGTCGACCGAATGTTTCGCCGTCGATAACTTCAGTTTACCCTTGAACTTGGCAAAATGCGTCATCTGATGAACATTCGAGTCACATACTCTGTAATATAGTTTCCATGGAATTGGGTCTTTTAATGAGAAGAATGATGATGAGAAATAATGGAGGTCTATGTTGCATCTGATTGGAAATGTCCAAGACGCCTGTAATGACTCATTATCAGTCATTCGCTTGTCATGAATCTCGACAATCACTGACCCTGTTGCGTTGATTGGTACCTGCTGCCTATATTCTATGACACAGTGGTCAATCTTCATACAGCTACGATTTAGTCTTGCGCTAAGTTGAGACGCCGTGGAAGGAAACTGCAATATGATTTCTGTATGGTCGTGAGATAGCTGATATTCATCACGACGAGATTCTATGTAATTAAAGGCGTTAGGTGGGTTAACCAGTTGAGAATCCATATATGGTAAATATGGTTGTGCAACCACAAGGTTCAGTTAATATGATCAGGAAAATGTTAATTAAGAGAATGTTAGAAGATACTATTTTGCTATCTGAAGATCTGGAGAGGAGTATTTATTTTGAGAGAGAATAGGAGTTTTGGGTTGAATGGCAGATTTGTAATAAAAGGGGTGTCACCAGTTGAGCTCTCGCTTCAAAAGTCTGATAAATTGGTGACATTGGTGACAATATATAGAAGTTCCTAGAGGGCACGTGGCGGCCATCCGTTATAATATT
Gene Information
NCBI Accession
|
YP_004958246.1
|
Location
|
143-829 |
Gene Name
|
AV1 |
Protein Name
|
coat protein |
Coding Region
|
ATGCCTAAGCGTGATGCCCCATGGCGTTTAATGGCGGGGACCACTAAGGTTTCCCGCTCCACCAATTATTCACCTGGTGGGGCTAATTCCAAGCGTGATGCTTGGGTTAATAGGCCCATGTATAGGAAGCCTCGAATATATCGTACGTTGAGAGGGCCTGATGTTCCCAAAGGGTGTGAAGGCCCATGCAAGGTCCAGTCTTATGAACAGCGACATGACATCTCTCATGTTGGCAAGGTCATGTGTATTTCCGATATTACCCGTGGTAATGGTATAACTCACCGTGTTGGTAAGCGTTTTTGTGTTAAGTCTGTGTACATTTTAGGGAAGATATGGATGGATGAGAATATCAAGTTGAAGAACCACACCAACAGCGTCATGTTCTGGTTAGTTAGAGATCGTAGACCGTATGGGACACCTATGGATTTTGGTCAAGTGTTTAATATGTTTGACAATGAGCCTAGCACTGCTACTGTTAAGAACGATCTCCGTGACCGTTATCAAGTTCTACACAAGTTCTACGCTAAGGTGACCGGTGGTCAGTATGCGAGCAACGAGCAAGCTCTCGTGAAGCGTTTCTGGAGGGTTAACAACTATGTGGTCTACAACCATCAGGAAGCTGGCAAATATGAGAATCACACTGAGAACGCTCTGTTTATTGTATATGGCATGTACACATGCCTCTAA |
Protein Sequence
|
MPKRDAPWRLMAGTTKVSRSTNYSPGGANSKRDAWVNRPMYRKPRIYRTLRGPDVPKGCEGPCKVQSYEQRHDISHVGKVMCISDITRGNGITHRVGKRFCVKSVYILGKIWMDENIKLKNHTNSVMFWLVRDRRPYGTPMDFGQVFNMFDNEPSTATVKNDLRDRYQVLHKFYAKVTGGQYASNEQALVKRFWRVNNYVVYNHQEAGKYENHTENALFIVYGMYTCL |
NCBI Accession
|
YP_004958247.1
|
Location
|
884-1282 |
Gene Name
|
AC3 |
Protein Name
|
replication enhancer protein |
Coding Region
|
ATGGATTTACGCACCGGGGAATTCATCACTGCGCCTCAAGCAGCGAATGGCGTCTTTATTTGGGAGATTACAAATCCCCTGTATTTCAAGATAATCGACGTGGAGGACCCGTCATACACAACAACCAGGATATACCACGTCCAGATACGGTTCAACCACAGCCTGCGGAGAGCACTGGGTCTCCACAAGGCATTTCTCAATTTCCAAGTCTGGACGACATCAGTGACAGCTTCTGGGATGACATATTTAAGTAGATTCAAATATTTAGTCTTATTGTATGTAAATCAATTAGGTGTAATTTCTCTTAATAATGTAATTAGAGCTGTTCGTTATGCAACAGACAGATATTATGTAAATTATGTACTTGAAAATCATGATATAAAATTCAAACTTTATTAA |
Protein Sequence
|
MDLRTGEFITAPQAANGVFIWEITNPLYFKIIDVEDPSYTTTRIYHVQIRFNHSLRRALGLHKAFLNFQVWTTSVTASGMTYLSRFKYLVLLYVNQLGVISLNNVIRAVRYATDRYYVNYVLENHDIKFKLY |
NCBI Accession
|
YP_004958248.1
|
Location
|
1029-1418 |
Gene Name
|
AC2 |
Protein Name
|
transcriptional activator protein |
Coding Region
|
ATGCTAAATTCATCTTCCTCAACTCCCCCCTCTATCAAAGCACAGCACAGAGCAGCTAAACGGAGAGCAACTAGACGAAGACGCATAGACCTAAACTGTGGCTGCACTATTTACGTACACATCGGTTGCTGCAACCATGGATTTACGCACCGGGGAATTCATCACTGCGCCTCAAGCAGCGAATGGCGTCTTTATTTGGGAGATTACAAATCCCCTGTATTTCAAGATAATCGACGTGGAGGACCCGTCATACACAACAACCAGGATATACCACGTCCAGATACGGTTCAACCACAGCCTGCGGAGAGCACTGGGTCTCCACAAGGCATTTCTCAATTTCCAAGTCTGGACGACATCAGTGACAGCTTCTGGGATGACATATTTAAGTAG |
Protein Sequence
|
MLNSSSSTPPSIKAQHRAAKRRATRRRRIDLNCGCTIYVHIGCCNHGFTHRGIHHCASSSEWRLYLGDYKSPVFQDNRRGGPVIHNNQDIPRPDTVQPQPAESTGSPQGISQFPSLDDISDSFWDDIFK |
NCBI Accession
|
YP_004958249.1
|
Location
|
1360-2418 |
Gene Name
|
AC1 |
Protein Name
|
replication associated protein |
Coding Region
|
ATGCCATCTGCTCCAAAACGCTTTCGCATTTCTTCAAAGAATTACTTCATCACATATCCTCATTGTTCTCTCTCAAAAGAAGAAGCTCTTTCTCAATTACAGAAAATAAATACTCCAACAAACAAGAAATACATTAAAATCTGTAGAGAACTCCATGAAAATGGGGAACCTCATCTCCATGTGCTTATTCAGTTCGAAGGAAAGTTCGTCTGCACGAATCAGCGACTCTTCGACATGGTATCCCCAACAAGATCAACACATTTCCATCCGAACATTCAGGGAGCTAAATCATCGTCTGACGTCAAGTCCTACATCGACAAGGACGGGGATACTCTCGAATGGGGAGAATTTCAGATCGACGGACGAAGTGCTAGAGGAGGTTGCCAGTCAGCTAATGACGCTGCCGCAGAGGCTCTGAACGCCCCATCTAAAGAAACGGCTATGCAAATAATAAGGGAGAAACTCCCAGAGAAATACTTATTTCAATTTCATAATTTAAATTCTAATTTAGATAGAATTTTCAGTAAGGCTCCGGAGCCGTGGGTTCCTCCGTTTCGACTCTCCTCATTCACTAATGTCCCTGACGAGATGCAAGAATGGGCTGATGCTTATTTTGGTATGGATTCCGCTGCGCGGCCAGAAAGACCTATTAGTATTATCATTGAAGGAGATAGTCGAACAGGGAAGACGATGTGGGCTCGTGCACTAGGCCCACATAATTATTTGAGCGGACATCTTGATTTTAATTCTAAAGTATATTCAAATACTGTTCAATATAACGTCATTGATGATGTCAGTCCGCATTATCTAAAGATGAAACATTGGAAAGAGTTGATTGGGGCCCAAAGGGACTGGCAGTCCAACTGTAAATACGGAAAGCCTGTTCAAATTAAAGGAGGGATCCCATCAATCGTGCTGTGCAATCCAGGAGAGGGGGCTAGTTATAAAGACTTCCTAGACAAACAAGAAAATGCATCTCTGAAGGCGTGGACTCTTCATAATGCTAAATTCATCTTCCTCAACTCCCCCCTCTATCAAAGCACAGCACAGAGCAGCTAA |
Protein Sequence
|
MPSAPKRFRISSKNYFITYPHCSLSKEEALSQLQKINTPTNKKYIKICRELHENGEPHLHVLIQFEGKFVCTNQRLFDMVSPTRSTHFHPNIQGAKSSSDVKSYIDKDGDTLEWGEFQIDGRSARGGCQSANDAAAEALNAPSKETAMQIIREKLPEKYLFQFHNLNSNLDRIFSKAPEPWVPPFRLSSFTNVPDEMQEWADAYFGMDSAARPERPISIIIEGDSRTGKTMWARALGPHNYLSGHLDFNSKVYSNTVQYNVIDDVSPHYLKMKHWKELIGAQRDWQSNCKYGKPVQIKGGIPSIVLCNPGEGASYKDFLDKQENASLKAWTLHNAKFIFLNSPLYQSTAQSS |
NCBI Accession
|
YP_004958250.1
|
Location
|
2001-2264 |
Gene Name
|
AC4 |
Protein Name
|
AC4 protein |
Coding Region
|
ATGAAAATGGGGAACCTCATCTCCATGTGCTTATTCAGTTCGAAGGAAAGTTCGTCTGCACGAATCAGCGACTCTTCGACATGGTATCCCCAACAAGATCAACACATTTCCATCCGAACATTCAGGGAGCTAAATCATCGTCTGACGTCAAGTCCTACATCGACAAGGACGGGGATACTCTCGAATGGGGAGAATTTCAGATCGACGGACGAAGTGCTAGAGGAGGTTGCCAGTCAGCTAATGACGCTGCCGCAGAGGCTCTGA |
Protein Sequence
|
MKMGNLISMCLFSSKESSSARISDSSTWYPQQDQHISIRTFRELNHRLTSSPTSTRTGILSNGENFRSTDEVLEEVASQLMTLPQRL |
NCBI Accession
|
YP_004958251.1
|
Location
|
368-1138 |
Gene Name
|
BV1 |
Protein Name
|
nuclear shuttle protein |
Coding Region
|
ATGTATCCTTTAAAGTACAGACGTGGCTGGTCGTCTAGTCAACGACGAGGGTATTTACGTCAGTCTATGTTTAAACGATCTAACTACGTGAAACGTGCAGATGGGAAACGTCGTCCGCAGAATTCTAATCAGACTACCGATGACATTAGAATGTCACAACAACGTATACATGAGAATCAGTTTGGCCCAGAATTTGTGATTGGTCAGAATTCTGCTATTTCCACCTTCATCACTTATCCTTCTCTTGGTAAGAATGAACCCAGTCGCTCTAAGTCATATATTAAGTTGAAACGTTTGCGTTTCAAAGGTACAGTGAAGGTTGAGCGTTTGCATGCGGAGGTGATCATGGATGGTATAACTCCAAAAATTGAAGGAGTATTTTCTATGGTCGTCGTGGTTGATCGCAAACCACATTTAAGTTCATCAGGATGTTTGCATACATTTGATGAGTTATTTGGTGCACGTATTCACAGTCATGGCAATTTAGCCATAAGTCCTGCTTTGAAGGATCGTTTTTACATACGTCATGTTTGGAAGAATGTAATTTCTGTCGAGAAGGACAGTACGATGATTGATCTTGAAGGAACGACAGCACTATCTAATAGGCGTTTTAATTGTTGGGCATCGTTTAGTGATCTTGATCATGATTCATGTAACGGGGTGTATTCTAATATTAGCAAGAACGCCCTCTTAGTTTACTATTGTTGGATGTCGGACGTCACATCTAAGGCGTCTACATTTGTATCATTTGATCTTGATTATGTTGGTTGA |
Protein Sequence
|
MYPLKYRRGWSSSQRRGYLRQSMFKRSNYVKRADGKRRPQNSNQTTDDIRMSQQRIHENQFGPEFVIGQNSAISTFITYPSLGKNEPSRSKSYIKLKRLRFKGTVKVERLHAEVIMDGITPKIEGVFSMVVVVDRKPHLSSSGCLHTFDELFGARIHSHGNLAISPALKDRFYIRHVWKNVISVEKDSTMIDLEGTTALSNRRFNCWASFSDLDHDSCNGVYSNISKNALLVYYCWMSDVTSKASTFVSFDLDYVG |
NCBI Accession
|
YP_004958252.1
|
Location
|
1441-2217 |
Gene Name
|
BC1 |
Protein Name
|
movement protein |
Coding Region
|
ATGGATTCTCAACTGGTTAACCCACCTAACGCCTTTAATTACATAGAATCTCGTCGTGATGAATATCAGCTATCTCACGACCATACAGAAATCATATTGCAGTTTCCTTCCACGGCGTCTCAACTTAGCGCAAGACTAAATCGTAGCTGTATGAAGATTGACCACTGTGTCATAGAATATAGGCAGCAGGTACCAATCAACGCAACAGGGTCAGTGATTGTCGAGATTCATGACAAGCGAATGACTGATAATGAGTCATTACAGGCGTCTTGGACATTTCCAATCAGATGCAACATAGACCTCCATTATTTCTCATCATCATTCTTCTCATTAAAAGACCCAATTCCATGGAAACTATATTACAGAGTATGTGACTCGAATGTTCATCAGATGACGCATTTTGCCAAGTTCAAGGGTAAACTGAAGTTATCGACGGCGAAACATTCGGTCGACATACCGTTCAGGGCACCCACCGTAAAGATAATGTCTAAACAGTTTACAGTTAACGATATAGATTTCTCCCACGTCGGCTACGGAAAGTGGGAAAGAAAACTAATAAGATCCGCATCTACTTCTAGGTTTGGGCTTCCAGGCCCAATTGAACTTAGACCCGGAGATTCTTGGGCTTCAAGAAGTACAGTAGGAACGGCCCAATTAGATGCGGATTCAGATATAGGTGAGGCCTCACATCCATATAAGGAGCTTAACAGGTTAGGGACTGACATGCTAGACCCTGGTGAATCGGCCTCAATAATTGACGGACTCAATCAAATATAA |
Protein Sequence
|
MDSQLVNPPNAFNYIESRRDEYQLSHDHTEIILQFPSTASQLSARLNRSCMKIDHCVIEYRQQVPINATGSVIVEIHDKRMTDNESLQASWTFPIRCNIDLHYFSSSFFSLKDPIPWKLYYRVCDSNVHQMTHFAKFKGKLKLSTAKHSVDIPFRAPTVKIMSKQFTVNDIDFSHVGYGKWERKLIRSASTSRFGLPGPIELRPGDSWASRSTVGTAQLDADSDIGEASHPYKELNRLGTDMLDPGESASIIDGLNQI |