Sida golden yellow vein virus


Basic Information

Genus Begomovirus
NCBI Assembly GCF_000840485.1
Isolate Jamaica
Release date 2015/2/12
Submitter Stewart,C.S., Kon,T., Gilbertson,R.L., Roye,M.E., Gilbertson,B.L.
Vector
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Genomic Organization


JBrowse


Genome

NC_014799
ACCGGATGGCCGCGCTTTGGTGGCCCCCTGGTGCCCTCTCACGCGCCCTCCTCTGGTGCTCGCTTTCCACGCGCTCTCTCATTGGCGTAGGTGTCTCACGCTCTTTTTTGTGTTTGTCCTTTAATTCAAATTAAAGGTTAATTCTTTATCGCGCGATTTGACCATATTGGTCGCGATGACTGACTATGTCCACTTTTACCTGTTGGTGGACGTGGCTTGATTTTGTCCATGTCGCTGAGCCTATTTGTGTTTAACTATTGACCTGGCTTTTCTATATATTTGAGAGAAATATGTATTATATGTTAAGTGGCTCAGCTGTTCCCCACGTTTATATTTTTATTCCTAATAATAGTTTAGCCATTATTATTACCGTATGAATATGTATCCTTTTAGGAATAAACGTGGGTCCTCATTCACTCAACGTCGTTATTATCCACGCAATACTGTGTTTAACCGTTTAACCGCCTCTAAGAGACATGATGTGAAACTACGACTGGGTCATATGAACAAGCCCACTGACGAGCCCAAGATGTCAGCCCAACGCATACATGAGAATCAATATAGTCCAGAGTTTGTTATGTCACAAAACTCCGCCATATCAACCTTTATCAGCTATCCTAATCTGGGTAAGACAGAACCCAATCGAAGCAGGTCTTATATAAAGTTGAAACGACTCCGTTTCAGAGGGACTGTGAAGATTGAGCGTGTTCAATCGGATGTGAATATGGATGGTTCTGTTCCTAAATTAGAAGGAGTTTTTTCTATCGTTGTAGTCGTGGATCGTAAACCCCACTTGGGTCCGACTGGTAGTCTTCATACATTCGACGAACTATTTGGTGCAATGATCCATAGTCATGGTAATCTTAGCATAACCCCGTCTCTGAAAGATCGGTTCTATATTCGACACGTGTTCAAACGTGTGATATCTGTTGATAAGGATACGACAATGTTTGACGTGGGAGGGTCTACTACGCTCTCTAATAGGCGATTCAATTGTTGGGCATCGTTTAAGGATTTTGATTGTGACTCAAGCAAGGGTGTATATGACAATATCAGCAAGAACGCTCTATTAGTTTATTATTGTTGGATGTCAGATACTATGTCTAAGGCATCGAATTTTGTATCGTTTGAACTCGATTATATCGGATGATTAATAAAATAACATTTATTAATTACAATAGTTTTTTATTGCAATGATTTAGGCTGAGAAGCCTTGCAATTACTATTAATACATTCATGGACCGTTGTCCTAACTAACTCGTTCAACTGTCCCATAGTCATTGTTATATTTGATTCCGCTCTCTGGGCTCCCACTATCGAAGCAGACTCACCCGGGTCCAATACGGTTGTACCCAGCCTGCTCAGATGTCTATATGGATGGAGCTCGAGCTCATTCTCTGTCTCCGAGTCCGCATCTGATTGGGCCGTACCTATTGTACTCCTGGAAGCCCATGATTCTCCTGGTCTTATTTCGATTGGGCCTCGTAGCCCAGTTCTGGACATGGACGCGCATCTGATGGGCTTCCTTTCCCATTTCCCATAGTCCACATGGGAAAAGTCCACATCTTTGTCTGTGAACTGTTTGACAGTATCTTTACCGTCGGTGCCCGGAAGGGGATATCCACTGAGTGTTTGGCTGTGGACAATTTCAGCTTCCCTTTGAATTTGGCGAAGTGTGTCCTCTGATGAACATTTGTATCTGAAACTCTGTAATAGAGTTTCCATGGAATTGGGTCTTTGAGTGAGAAGAAGGAAGCTGAGAAATAGTGGAGATCTATGTTGCACCTGATCGGAAAAGTCCATGACGCCTGTAATGACTCATTGTCTGTCATTCTTTTGTCATGTATCTCCACTATCACCGTCCCGGAAGCGTTAATGGGTACCTGTTGCCTGTACTCAATTACACAGTGGTCGATCTTCATACAGCTTCTGCTAAGTCTCGCCGTTAATTGTGCCGTCGTCGAAGGGAATTGCATAACTATCTCAGTTAAGTCATGGCATAGCTGATATTCATCTCTATGTGACTCTATATAGTTGAAGGCACTTGGAGGATTCATTAACTGAGATTCCATCTAGAAGATAAGGCCGCGCAGCGGCACTGACCACCGAGACTGAACTGATAAAGAAAAAACTAGGGTTTCTTCTTTTGAATAGCTTATGACGTCTAACTGAGGACGAATTGACTTCCTGGGTATTGACGATGAATATCGTTATGAGAAACCCAGAAATTTGCAGAAGAAACGAGGAACAATTGTTGAACTTGTCCAGAAATTGCTTTTGTTCTTTAGAAAGTGGAGAAATATTATCAGTCAAGTGTTGGGTATAACATGTTAGATCTGGCATATTTATATACAGACTTTTTTTTTTTGTTGATTTATTTGCATTTTTCTATCGATGGCATTTTTGTAATAATAAGGGGTCACCGATTGAGGCTCTCTCAAACTTGCTCTAGCAATTGGGGAACGGGGTCTCATTTATACAAGAAGCCTCAATAGAACTCTCAATCTCGTTCGCACACGTGGCGGCCATCCGCTATAATATT

NC_004635
ACCGGATGGCCGCGCGATTTTTTCGCCCTTTACTTTCCACGCGCGCTCCGCTTTTCTCACTCGCGCTATCGTCCAATCATATTGCGCCTGCCGCGCTTAATTAATTCAAACAACTTGGGCCCTAAGTTGTTGTCTGGGCCTATAAAGGAAAAGCGGATTTGGGCCACATTCTTTAATTCAAAATGACTAAGCGCGATTCATCTTGGCGCTCGATTGGTGGAACCTCAAAGGTTCGTCGCACGTTGAATTTCTCCCCACGTGGAGGTGGTGGCCCAAAACAGACACGGGCCTCAGAATGGGTTAACAGGCCTATGTACAGGAAGCCCTTGATCTATCGGACTATACGAACGCCCGACGTTCCCAGAGGTTGTGAAGGCCCGTGCAAGGTCCAGTCCTATGAACAGCGTCATGATATCTCTCACGTCGGGAAGGTGATGTGTATTTCTGATGTCACTCGTGGTAATGGTATTACCCACCGTGTGGGTAAGCGTTTTTGTGTTAAGTCTGTCTATATTTTAGGGAAGATATGGATGGATGAGAACATCAAGCTTAAGAACCACACGAACAGTGTCATGTTCTGGTTGGTCAGGGACCGTCGACCCTATGGCACTCCTATGGATTTCGGTCAGGTGTTCAACATGTATGACAATGAGCCTAGTACAGCTACGATCAAGAACGATCTCCGTGATCGTCATCAGGTTATGCACAGGTTCTATGGTAAGGTCACAGGTGGTCAATATGCCAGCAACGAGCAAGCTTTGGTTAGGCGATTCTGGAAGGTCAACAATCATGTAGAGTACAACCATCAAGAAGCTGGGAAATACGAGAATCATACGGAGAACGCCTTATTATTGTATATGGCATGTACTCATGCCTCTAACCCCGTGTATGCGACATTGAAAATTCGGATCTATTTTTATGATTCGATAACAAATTAATAAAATTTAAATTTTATTTCATGATTTTCAAGCACATGAGTTACATATGGTTTGGCTGTTGCAAAACGAACAGCTCTAATTACATTGTTTATTCCAATTACACCTAATTGGTACAAGTACTCATTTACTAATTGTCCAAATCTAGCTAAATAAGTTGACCCAGAAGCTGTCATCGATGTCGTCCAAACTTGGAAGTTCAGGTAGGCTTTGTGGAGACCCAACGCTCTCCTCAGGTTGTGGTTGAATCGTATCTGTATGTGGTACACTCTGGTTCTGGTGTATATCTGGTCCTCTACCCAGTATATCTTGAAATAGAGGGGATTTTCTATCTCCCAGATATACACGCCATTCTCTGCCTGACGTGCAGTGATGAGTTCCCCTGTGCGTGAAACCATGTCCCGTGCAGTTGATGTGGAAGTAAATGGAGCACCCGCAATTTAGATCAATCCTGCGCCTCCTGATTGCCCGCCTCTTGGATTGCCTGTGTGCCTTCTTGATAGAGGGGGGCTGTGAGGGTGATGAATTTGGCATTCTTGATGGTCCAGTTCCTGAGACCTGTGTTTTCCTCTTTGTTCAGGAAATCTTTATAGCTGGCACCCTCACCAGGATTGCAAAGCACGATTGATGGGATCCCTCCTTTAATTTGAACTGGCTTGCCGTATTTGCAATTTGACTGCCAGTCCTTCTGGGCCCCCAGAAGTTCTTTCCAGTGCTTTAGCTTTAGATATTGCGGTGCGACGTCATCAATGACGTTATATTCCACTTCATTTGAAAAGACCCGGGAATTGAAGTCTAAGTGTCCACTGAGATAATTGTGTGGGCCTAAGGCACGAGCCCACATCGTCTTCCCTGTCCTCGAGTCGCCTTCAATTATGATACTCACAGGCCTCTCCGGCCGCGCAGCGGCATCTGTTCCAAAATAACCGTCTGACCATGCTTGCATCTCGTCTGGAACGGCATTGAAAGAGGAGAGGGGAAACGGAGGAGACCATGGCTCCGGAGCCTTAGCGAATATCCTTTCTAAGTTGGCACGGATGTTATGATTCTGCAAAACGAAATCTTTTGGCTGTTCTTCTTTTAAAACCGCCATGGCAGATTCAACGGAATCTGCATTTAACGCCTTGGCATATGAATCATTAGCAGACTGGCAGCCTCCTCTAGCACTTCTGCCGTCGATCTGGAATTCTCCCCATTCCAGTGTATCTCCGTCCTTTGCGATGTAGGACTTGACGTCGGAGCTGGATTTAGCTCCCTGTATGTTTGGATGGAAATGTGCTGACCTGGTTGGGGAGGCCAGATCGAAGAATCTGTTATTCTTGCATGCATATTTTCCCTCGAATTGCATGGGCACATGGAGATGAGGCTTCCCATTTTGATGGAGCTCTCTGCAAATTTTGATGAACTTCTTATTCACTGGCGTGGAGAGGTTTAGCAATTGGGAAAGTGCCTCTTCTTTGGTGAGGGAGCAGCCTGGATAAGTGATAAAATAGTTTTTGGCATTTATTTTGAAACGTTTAATCGATGGCATTTTTGTAATAATAAGGGGGTCACCGATTGAGGCTCTCTCAAACTTGCTCTAGCAATTGGGGAACGGGGTCTCATTTATACAAGAAGCCTCAATAGAACTCTCAATCTCGTTCGCACACGTGGCGGCCATCCGCAATAATATT

Gene Information

NCBI Accession YP_004064949.1
Location 374-1150
Gene Name NSP
Protein Name nuclear shuttle protein
Coding Region ATGAATATGTATCCTTTTAGGAATAAACGTGGGTCCTCATTCACTCAACGTCGTTATTATCCACGCAATACTGTGTTTAACCGTTTAACCGCCTCTAAGAGACATGATGTGAAACTACGACTGGGTCATATGAACAAGCCCACTGACGAGCCCAAGATGTCAGCCCAACGCATACATGAGAATCAATATAGTCCAGAGTTTGTTATGTCACAAAACTCCGCCATATCAACCTTTATCAGCTATCCTAATCTGGGTAAGACAGAACCCAATCGAAGCAGGTCTTATATAAAGTTGAAACGACTCCGTTTCAGAGGGACTGTGAAGATTGAGCGTGTTCAATCGGATGTGAATATGGATGGTTCTGTTCCTAAATTAGAAGGAGTTTTTTCTATCGTTGTAGTCGTGGATCGTAAACCCCACTTGGGTCCGACTGGTAGTCTTCATACATTCGACGAACTATTTGGTGCAATGATCCATAGTCATGGTAATCTTAGCATAACCCCGTCTCTGAAAGATCGGTTCTATATTCGACACGTGTTCAAACGTGTGATATCTGTTGATAAGGATACGACAATGTTTGACGTGGGAGGGTCTACTACGCTCTCTAATAGGCGATTCAATTGTTGGGCATCGTTTAAGGATTTTGATTGTGACTCAAGCAAGGGTGTATATGACAATATCAGCAAGAACGCTCTATTAGTTTATTATTGTTGGATGTCAGATACTATGTCTAAGGCATCGAATTTTGTATCGTTTGAACTCGATTATATCGGATGA
Protein Sequence MNMYPFRNKRGSSFTQRRYYPRNTVFNRLTASKRHDVKLRLGHMNKPTDEPKMSAQRIHENQYSPEFVMSQNSAISTFISYPNLGKTEPNRSRSYIKLKRLRFRGTVKIERVQSDVNMDGSVPKLEGVFSIVVVVDRKPHLGPTGSLHTFDELFGAMIHSHGNLSITPSLKDRFYIRHVFKRVISVDKDTTMFDVGGSTTLSNRRFNCWASFKDFDCDSSKGVYDNISKNALLVYYCWMSDTMSKASNFVSFELDYIG

NCBI Accession YP_004064944.1
Location 183-938
Gene Name CP
Protein Name coat protein
Coding Region ATGACTAAGCGCGATTCATCTTGGCGCTCGATTGGTGGAACCTCAAAGGTTCGTCGCACGTTGAATTTCTCCCCACGTGGAGGTGGTGGCCCAAAACAGACACGGGCCTCAGAATGGGTTAACAGGCCTATGTACAGGAAGCCCTTGATCTATCGGACTATACGAACGCCCGACGTTCCCAGAGGTTGTGAAGGCCCGTGCAAGGTCCAGTCCTATGAACAGCGTCATGATATCTCTCACGTCGGGAAGGTGATGTGTATTTCTGATGTCACTCGTGGTAATGGTATTACCCACCGTGTGGGTAAGCGTTTTTGTGTTAAGTCTGTCTATATTTTAGGGAAGATATGGATGGATGAGAACATCAAGCTTAAGAACCACACGAACAGTGTCATGTTCTGGTTGGTCAGGGACCGTCGACCCTATGGCACTCCTATGGATTTCGGTCAGGTGTTCAACATGTATGACAATGAGCCTAGTACAGCTACGATCAAGAACGATCTCCGTGATCGTCATCAGGTTATGCACAGGTTCTATGGTAAGGTCACAGGTGGTCAATATGCCAGCAACGAGCAAGCTTTGGTTAGGCGATTCTGGAAGGTCAACAATCATGTAGAGTACAACCATCAAGAAGCTGGGAAATACGAGAATCATACGGAGAACGCCTTATTATTGTATATGGCATGTACTCATGCCTCTAACCCCGTGTATGCGACATTGAAAATTCGGATCTATTTTTATGATTCGATAACAAATTAA
Protein Sequence MTKRDSSWRSIGGTSKVRRTLNFSPRGGGGPKQTRASEWVNRPMYRKPLIYRTIRTPDVPRGCEGPCKVQSYEQRHDISHVGKVMCISDVTRGNGITHRVGKRFCVKSVYILGKIWMDENIKLKNHTNSVMFWLVRDRRPYGTPMDFGQVFNMYDNEPSTATIKNDLRDRHQVMHRFYGKVTGGQYASNEQALVRRFWKVNNHVEYNHQEAGKYENHTENALLLYMACTHASNPVYATLKIRIYFYDSITN

NCBI Accession YP_004064945.1
Location 935-1333
Gene Name REn
Protein Name replication enhancer
Coding Region ATGGTTTCACGCACAGGGGAACTCATCACTGCACGTCAGGCAGAGAATGGCGTGTATATCTGGGAGATAGAAAATCCCCTCTATTTCAAGATATACTGGGTAGAGGACCAGATATACACCAGAACCAGAGTGTACCACATACAGATACGATTCAACCACAACCTGAGGAGAGCGTTGGGTCTCCACAAAGCCTACCTGAACTTCCAAGTTTGGACGACATCGATGACAGCTTCTGGGTCAACTTATTTAGCTAGATTTGGACAATTAGTAAATGAGTACTTGTACCAATTAGGTGTAATTGGAATAAACAATGTAATTAGAGCTGTTCGTTTTGCAACAGCCAAACCATATGTAACTCATGTGCTTGAAAATCATGAAATAAAATTTAAATTTTATTAA
Protein Sequence MVSRTGELITARQAENGVYIWEIENPLYFKIYWVEDQIYTRTRVYHIQIRFNHNLRRALGLHKAYLNFQVWTTSMTASGSTYLARFGQLVNEYLYQLGVIGINNVIRAVRFATAKPYVTHVLENHEIKFKFY

NCBI Accession YP_004064946.1
Location 1080-1469
Gene Name TrAP
Protein Name transcriptional activator protein
Coding Region ATGCCAAATTCATCACCCTCACAGCCCCCCTCTATCAAGAAGGCACACAGGCAATCCAAGAGGCGGGCAATCAGGAGGCGCAGGATTGATCTAAATTGCGGGTGCTCCATTTACTTCCACATCAACTGCACGGGACATGGTTTCACGCACAGGGGAACTCATCACTGCACGTCAGGCAGAGAATGGCGTGTATATCTGGGAGATAGAAAATCCCCTCTATTTCAAGATATACTGGGTAGAGGACCAGATATACACCAGAACCAGAGTGTACCACATACAGATACGATTCAACCACAACCTGAGGAGAGCGTTGGGTCTCCACAAAGCCTACCTGAACTTCCAAGTTTGGACGACATCGATGACAGCTTCTGGGTCAACTTATTTAGCTAG
Protein Sequence MPNSSPSQPPSIKKAHRQSKRRAIRRRRIDLNCGCSIYFHINCTGHGFTHRGTHHCTSGREWRVYLGDRKSPLFQDILGRGPDIHQNQSVPHTDTIQPQPEESVGSPQSLPELPSLDDIDDSFWVNLFS

NCBI Accession YP_004064947.1
Location 1381-2466
Gene Name Rep
Protein Name replication-associated protein
Coding Region ATGCCATCGATTAAACGTTTCAAAATAAATGCCAAAAACTATTTTATCACTTATCCAGGCTGCTCCCTCACCAAAGAAGAGGCACTTTCCCAATTGCTAAACCTCTCCACGCCAGTGAATAAGAAGTTCATCAAAATTTGCAGAGAGCTCCATCAAAATGGGAAGCCTCATCTCCATGTGCCCATGCAATTCGAGGGAAAATATGCATGCAAGAATAACAGATTCTTCGATCTGGCCTCCCCAACCAGGTCAGCACATTTCCATCCAAACATACAGGGAGCTAAATCCAGCTCCGACGTCAAGTCCTACATCGCAAAGGACGGAGATACACTGGAATGGGGAGAATTCCAGATCGACGGCAGAAGTGCTAGAGGAGGCTGCCAGTCTGCTAATGATTCATATGCCAAGGCGTTAAATGCAGATTCCGTTGAATCTGCCATGGCGGTTTTAAAAGAAGAACAGCCAAAAGATTTCGTTTTGCAGAATCATAACATCCGTGCCAACTTAGAAAGGATATTCGCTAAGGCTCCGGAGCCATGGTCTCCTCCGTTTCCCCTCTCCTCTTTCAATGCCGTTCCAGACGAGATGCAAGCATGGTCAGACGGTTATTTTGGAACAGATGCCGCTGCGCGGCCGGAGAGGCCTGTGAGTATCATAATTGAAGGCGACTCGAGGACAGGGAAGACGATGTGGGCTCGTGCCTTAGGCCCACACAATTATCTCAGTGGACACTTAGACTTCAATTCCCGGGTCTTTTCAAATGAAGTGGAATATAACGTCATTGATGACGTCGCACCGCAATATCTAAAGCTAAAGCACTGGAAAGAACTTCTGGGGGCCCAGAAGGACTGGCAGTCAAATTGCAAATACGGCAAGCCAGTTCAAATTAAAGGAGGGATCCCATCAATCGTGCTTTGCAATCCTGGTGAGGGTGCCAGCTATAAAGATTTCCTGAACAAAGAGGAAAACACAGGTCTCAGGAACTGGACCATCAAGAATGCCAAATTCATCACCCTCACAGCCCCCCTCTATCAAGAAGGCACACAGGCAATCCAAGAGGCGGGCAATCAGGAGGCGCAGGATTGA
Protein Sequence MPSIKRFKINAKNYFITYPGCSLTKEEALSQLLNLSTPVNKKFIKICRELHQNGKPHLHVPMQFEGKYACKNNRFFDLASPTRSAHFHPNIQGAKSSSDVKSYIAKDGDTLEWGEFQIDGRSARGGCQSANDSYAKALNADSVESAMAVLKEEQPKDFVLQNHNIRANLERIFAKAPEPWSPPFPLSSFNAVPDEMQAWSDGYFGTDAAARPERPVSIIIEGDSRTGKTMWARALGPHNYLSGHLDFNSRVFSNEVEYNVIDDVAPQYLKLKHWKELLGAQKDWQSNCKYGKPVQIKGGIPSIVLCNPGEGASYKDFLNKEENTGLRNWTIKNAKFITLTAPLYQEGTQAIQEAGNQEAQD

NCBI Accession YP_004064948.1
Location 2052-2309
Gene Name AC4
Protein Name AC4
Coding Region ATGGGAAGCCTCATCTCCATGTGCCCATGCAATTCGAGGGAAAATATGCATGCAAGAATAACAGATTCTTCGATCTGGCCTCCCCAACCAGGTCAGCACATTTCCATCCAAACATACAGGGAGCTAAATCCAGCTCCGACGTCAAGTCCTACATCGCAAAGGACGGAGATACACTGGAATGGGGAGAATTCCAGATCGACGGCAGAAGTGCTAGAGGAGGCTGCCAGTCTGCTAATGATTCATATGCCAAGGCGTTAA
Protein Sequence MGSLISMCPCNSRENMHARITDSSIWPPQPGQHISIQTYRELNPAPTSSPTSQRTEIHWNGENSRSTAEVLEEAASLLMIHMPRR