Sida golden mosaic Buckup virus


Basic Information

Genus Begomovirus
NCBI Assembly GCF_000889555.1
Isolate Jamaica
Release date 2015/2/22
Submitter Stewart,C.S., Kon,T., Gilbertson,R.L., Roye,M.E., Gilbertson,B.L.
Vector
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Genomic Organization


JBrowse


Genome

NC_014794
ACCGGATGGCCGCGCATCGGTGTACGCCCCCCCCCCCCCGCGGTCCCCCCCCTCCCGCGCGATCTTTAATTTGAATTAAAGATGGACCAGACGCTCTCGTCCAATCATAACGCGTCTGACGAGTCTATATATTTTAAACAACTTGGGCGCTAAGTTGTTGTGTGACCGTTATAAATTAAATATGATTTGGCCCACTGTCTTTAACTCAAAATGTCTAAGCGCGATGGCTCTTGGCGCTCTATCGCGGGAATGTCAAAAGTGAAACGCACTTTGAATTTCTCCCCTCGTGGAGGTGGTGGGCCGACAAGTTCAAGGGCCGCTGAATGGGTGAACAGGCCCATGTACAGGAAGCCCAGGATATACCGGACGCTAAAAACACCCGGAGTGCCCAGAGGCTGTGAAGGCCCGTGTAAGGTCCAGTCGTATGAGCAACGCCACGACATCTCTCATGTGGGAAAGGTCATGTGCATCTCCGATGTGACACGTGGTAATGGCATTACCCATCGTGTGGGTAAGCGTTTTTGTGTTAAGTCTGTGTATATCCTTGGTAAGATATGGATGGACGAGAACATCAAGCTCAAGAACCACACGAACAGTGTCATGTTCTGGTTGGTCAGAGACCGTAGACCCTATGGCACGCCAATGGATTTTGGCCAAGTGTTCAACATGTTCGACAATGAGCCTAGCACTGCTACGGTGAAGAACGATCTTCGTGATCGTTATCAAGTGATGCACAAGTTCTATGGCAAGGTGACAGGTGGACAGTATGCCAGCAACGAGCAGGCTATAGTCAAACGATTCTGGAAGGTCTACAATCATGTGGTCTACAACCATCAAGAGGCTGGCAAGTACGAGAATCATACGGAGAACGCCCTGTTATTGTATATGGCATGTACTCATGCGTCTAATCCCGTGTATGCAACTTTGAAGATCAGAATCTATTTCTACGATTCGATCACTAATTAATAAATTTTGAATTTTATTGAATGATTTTCCAGTACATGTTCGATATACGATCTGTTTGTCGCGAATCGTACAGCTCTAATTACATTGTTAATTGAAATCACGCCTAATCTATCTAAATATAAATTAACTAAGCGACTAAATCTAGCTAAATAAGTCGACCCAGAAGCTGTCATCGATATCGTCCAGACTTGGAAGTTCAGGAAGGCTTTGTGGAGATGCAACGCTTTCCTCAGGTTGTGGTTGAACCGTATTTGTATGGTGTATATCCTGGTGTTCGTGTACAACGGGTCCTCTACTTGGTACATCCTGAAATGTAGGGGATTTTCTATCTCCCAGGTATATACGCCATTCTCTGCCTGAGGTACAGTGATGAGTTCCCCGGTGCGTGAATCCATGACCGGTGCAGCTATGTGGAAGTATATGGAGCAACCGCACTCCAGATCAATCCGCCGTCTCTGATGGCCCTCTTCTTGGCTTGCTTGTGTTTCTGTTTGATAGAGGGCGGATGTGAGGGTGATGAAGAGCGCATTCTTCAATGTCCAGTTCTTGAGACCTGTATTTTCCTCTTTGTCTAGGAAGTCTTTATAACTGGCACCCTCACCTGGATTGCAAAGCACGATTGATGGAATCCCTCCTTTAATTTGAACTGGCTTGCCGTATTTGCAATTTGACTGCCAGTCCTTCTGGGCCCCCAGAAGTTCTTTCCAGTGCTTTAGCTTTAAATATTGCGGTGCGACGTCATCAATGACGTTATACTCCACTTCGTTTGAAAAAACTCGGGAATTGAAGTCCAGGTGTCCACTAAGGTAATTGTGTGGGCCTAATGCACGTGCCCACATCGTCTTCCCTGTCCTCGAATCACCTTCCACTATGATACTAACTGGTCTGTCCGGCCGCGCAGCGGAACCTCCTCCAAAATAACCGTCCGCCCACTCTTGCATCTCATCGGGAACGTTAGTGAATGACGAGAGTTGAAACGGAGGGACCCACGGTTCCGGAGCCTTTTGAAATATTCTGGTTGCGTTAGCAACCAGGTTGTGGTTCTGGAGGAAGAAATGTTGCGGTTGTTCTTCCCTTATTATTTGCAGAGCTGCCTCTGCTGAACCGGCGTTCAACGCCTTGGCATATGAATCGTTAGCTGACTGCTGACCTCCTCTAGCAGATCTGCCGTCGATTTGGAATTGCCCCCATTCGATGGTGTCTCCGTCCTTCTCGACGTAGGACTTGACGTCGGAGCTGGATTTAGCTCCCTGTATGTTCGGATGGAAATGTACTGACCTGGTTGGGGACACCATATCGAAGAATCTGTTATTCGTGCACTGGTACTTGCCTTCGAACTGTATGAGAACGTGGAGATGAGGCTCCCCATTTTCGTGTAATTCTCTGCAAACCTTGATGAACTTCTTGTTTACTGGAGTTGTTAGGTTTTGTAATTGGGAAAGTGCTTCTTCTTTAGTAAGAGAGCACTGGGGATATGTGAGGAAATAGTTTTTAGCTGAGACTTTGAAACGTTTAATCGATGGCATTTTTGTAATAATAAGGGTGTACCCCGGTTGAGCTCTCTCAAACTTTCTCATTCAATTGGGGTAATGGGTTACAATATATAGTATAACCCTCATTTACTGATTTGCTACACCGTGGCGGCCATCCGCTATAATATT

NC_014795
ACCGGATGGCCGCGCATTGGTGACCCCCCCCTGGTGGTGGTGCCCGCGCCCCCCCTGGTGCTGTTCTCCCACGCGCTCCCTCATTGGTGCTGGTGCTCAGGTTTCTTTTTTGACCACTCTTTAATTTGAATTAAAGAGAGTATAGGTACTCGCGCGCGTATAATCGAAATTTGAATAATTTCCGCGCGTCTCATGAACATGGCCCATTGTACTACATGGTCGACGTGTCTGATTCTGGACCATGTTGCTGAGTCTGTTTAACCATTTTGAACAACTATATCTATATAATTGAGGAGTTTGATATAATATATTCGATCTGACTCAGCTTTCTACCACGTTTATAGTTTTATCTATATTTTTGATTTAACATTTTTTATTGTCTAACCATGTATTATTTTAGAGGTAAACGTGGTGGTTATTTCCCTAATCGAAGATTTATCTCACGTAATAATATGTTTAATCGTTCAACCGCTGGGAAGCGATATGATGGGAAACGTCGAGGAGGTCGATCTGTCAGGCCCAGTGAGGAACCCAAGATGTCAGCCCAAACCATACATGAAAATCAGTACGGCACTGATTTTGTCATGGCCCATAATTCAGCTATCTCGACGTTCATCAGTTATCCAGACTTGGGCAAGATAGAACCGGGACGAAGCAGGTCATATATCAAGTTGAAACGACTCCGTTTCAAAGGGACTGTGAAGATTGAACGTGTTCAATCGGATTTGAACATGGACGGGACTGTCTCCAAAATAGAAGGAGTATTATCGCTTGTTGTTGTTGTGGATCGGAAACCCCACTTGGGTCCAAGTGGTTGTCTGCATACATTCGACGAGCTGTTTGGATCAATCATTCACAGTCATGGCAATCTTAGCATTGTCCCTTCTCTGAAAGACCGTTATTATATTCGCCACGTGTTCAAACGTGTTTTGTCATTGGAGAATGATACACATATGGTCGACATCGAAGGATCTACATGGTTATCTAACAGGCGTTTTACGTGTTGGTCCTCTTTCAAAGACGTGGATCGTGATTCATGCAAGGGTGTTTATGATAATATAAGCAAGAACGCCTTGTTAATCTATTATTGCTGGATGTCCGATACGCCCTCTAAGGCATCCAATTATGTATCTTTTGATCTTGATTATGTTGGTTAACTTAATAAATTGTGTTTATCCAAAAATGACTAATTTAATACGATAAATCAAAAGATATCGTTCATTTCAATGATTTGGCTTGAGAAGCCTGACAGTTATGATTAATACATTCTTGGACCGTAGTCCTGACTAACTCGTTCAACTGTCCCATTGATATCGTGATATTGGACCCCGCTCTCTGGTCTCCCACAATAGAAGCAGACTCTCCTGGATCCATAACGCTGGTCCCCAGCCTGTTCAGGTGTCTGTATGGGTGGATCTCGTTCTCCACCGCTGAGTCCGCATCTGATTGGCCCATACCTATGGTACTCCTGGAAGCCCATGACTCGCCAGGCCTTATTTCAATTGGGCCTCGTAATCCAACCCTTGACATGGACGCGCATCTGATGGGCTTCCTTTCCCATTTCCCATAATCCACATGGGAAAAGTCCACATCCTTGTCTGTGAACTGTTTGGATAGTATCTTCACTGTTGGTGCCCGGAAGGGGATGTCGACGGAGTGTTTGGCTGTGGACAATTTCAGTTTCCCTTTGAACTTGGCGAAGTGGGTCCGTTGATGAACATTCGTATCGCACACTCTGTAGTACAACTTCCATGGAATTGGGTCCTTCAACGAGAAGAACGAAGCCGAGAAATAATGGAGATCTATGTTGCACCTGATCGGAAAAGTCCATGACGCCTGTAATGACTCGTTGTCCGTCATCCTTTTGTCGTGGATCTCCACAATTACTGATCCTGTGGCGTTGATTGGTACCTGTTGCCTGTATTCTATGACGCAGTGGTCGATCTTCATGCAGCTACGACTGAGTCGAGCTGTTAATTGAGAAGCCGTTGAAGGGAATTGCAGTATTATCTCAGTTAGGTCATGAGAAAGCTGATATTCATCACGGTGAGATTCTATGTAATTGAAGGCATGTGGAGGATTTACTAACTGAGAATCCATATGAAGAAGAAAGGCCGCGCAGCGGAACCGATTGCTGAAGTTGAATCGGGAAGAAGATGAACAACTCTGGAAAGCTCTCCTTTGATCTCGAAGAAGGTAAAGATTTTCTTTTCTTTCTGTGTTTGAGAATGCTTTTTGTGTTAATTTTATTCTGGGAACTATGTGATAATGTATAACTGTTTAATGATTATGATTTTGAGAAAGAAAAGAGAGTTGATGAAGAATTTAAGAAAACCCAGAAAATGGAATAGGTTGTGTGTGAACCCATACTTGCTGGGATTCTGGTATTTAAATTGGTAAAGCGTTCATGAGAAGTTCTTACTTCCGGTGAATGGCATTTTTGTAATAAGAAGTGTGTACCCCGGTTGAGCTCTCTCAAACTTTCTCATTCAATTGGGGTAATGGGTTACAATATATAGTATAACCTTCATTTATGGATTTGCTACACGTGTCGGCCATCCGCTATAATATT

Gene Information

NCBI Accession YP_004063987.1
Location 211-966
Gene Name CP
Protein Name coat protein
Coding Region ATGTCTAAGCGCGATGGCTCTTGGCGCTCTATCGCGGGAATGTCAAAAGTGAAACGCACTTTGAATTTCTCCCCTCGTGGAGGTGGTGGGCCGACAAGTTCAAGGGCCGCTGAATGGGTGAACAGGCCCATGTACAGGAAGCCCAGGATATACCGGACGCTAAAAACACCCGGAGTGCCCAGAGGCTGTGAAGGCCCGTGTAAGGTCCAGTCGTATGAGCAACGCCACGACATCTCTCATGTGGGAAAGGTCATGTGCATCTCCGATGTGACACGTGGTAATGGCATTACCCATCGTGTGGGTAAGCGTTTTTGTGTTAAGTCTGTGTATATCCTTGGTAAGATATGGATGGACGAGAACATCAAGCTCAAGAACCACACGAACAGTGTCATGTTCTGGTTGGTCAGAGACCGTAGACCCTATGGCACGCCAATGGATTTTGGCCAAGTGTTCAACATGTTCGACAATGAGCCTAGCACTGCTACGGTGAAGAACGATCTTCGTGATCGTTATCAAGTGATGCACAAGTTCTATGGCAAGGTGACAGGTGGACAGTATGCCAGCAACGAGCAGGCTATAGTCAAACGATTCTGGAAGGTCTACAATCATGTGGTCTACAACCATCAAGAGGCTGGCAAGTACGAGAATCATACGGAGAACGCCCTGTTATTGTATATGGCATGTACTCATGCGTCTAATCCCGTGTATGCAACTTTGAAGATCAGAATCTATTTCTACGATTCGATCACTAATTAA
Protein Sequence MSKRDGSWRSIAGMSKVKRTLNFSPRGGGGPTSSRAAEWVNRPMYRKPRIYRTLKTPGVPRGCEGPCKVQSYEQRHDISHVGKVMCISDVTRGNGITHRVGKRFCVKSVYILGKIWMDENIKLKNHTNSVMFWLVRDRRPYGTPMDFGQVFNMFDNEPSTATVKNDLRDRYQVMHKFYGKVTGGQYASNEQAIVKRFWKVYNHVVYNHQEAGKYENHTENALLLYMACTHASNPVYATLKIRIYFYDSITN

NCBI Accession YP_004063988.1
Location 963-1361
Gene Name REn
Protein Name replication enhancer
Coding Region ATGGATTCACGCACCGGGGAACTCATCACTGTACCTCAGGCAGAGAATGGCGTATATACCTGGGAGATAGAAAATCCCCTACATTTCAGGATGTACCAAGTAGAGGACCCGTTGTACACGAACACCAGGATATACACCATACAAATACGGTTCAACCACAACCTGAGGAAAGCGTTGCATCTCCACAAAGCCTTCCTGAACTTCCAAGTCTGGACGATATCGATGACAGCTTCTGGGTCGACTTATTTAGCTAGATTTAGTCGCTTAGTTAATTTATATTTAGATAGATTAGGCGTGATTTCAATTAACAATGTAATTAGAGCTGTACGATTCGCGACAAACAGATCGTATATCGAACATGTACTGGAAAATCATTCAATAAAATTCAAAATTTATTAA
Protein Sequence MDSRTGELITVPQAENGVYTWEIENPLHFRMYQVEDPLYTNTRIYTIQIRFNHNLRKALHLHKAFLNFQVWTISMTASGSTYLARFSRLVNLYLDRLGVISINNVIRAVRFATNRSYIEHVLENHSIKFKIY

NCBI Accession YP_004063989.1
Location 2078-2335
Gene Name AC4
Protein Name AC4
Coding Region ATGGGGAGCCTCATCTCCACGTTCTCATACAGTTCGAAGGCAAGTACCAGTGCACGAATAACAGATTCTTCGATATGGTGTCCCCAACCAGGTCAGTACATTTCCATCCGAACATACAGGGAGCTAAATCCAGCTCCGACGTCAAGTCCTACGTCGAGAAGGACGGAGACACCATCGAATGGGGGCAATTCCAAATCGACGGCAGATCTGCTAGAGGAGGTCAGCAGTCAGCTAACGATTCATATGCCAAGGCGTTGA
Protein Sequence MGSLISTFSYSSKASTSARITDSSIWCPQPGQYISIRTYRELNPAPTSSPTSRRTETPSNGGNSKSTADLLEEVSSQLTIHMPRR

NCBI Accession YP_004063990.1
Location 387-1157
Gene Name NSP
Protein Name nuclear shuttle protein
Coding Region ATGTATTATTTTAGAGGTAAACGTGGTGGTTATTTCCCTAATCGAAGATTTATCTCACGTAATAATATGTTTAATCGTTCAACCGCTGGGAAGCGATATGATGGGAAACGTCGAGGAGGTCGATCTGTCAGGCCCAGTGAGGAACCCAAGATGTCAGCCCAAACCATACATGAAAATCAGTACGGCACTGATTTTGTCATGGCCCATAATTCAGCTATCTCGACGTTCATCAGTTATCCAGACTTGGGCAAGATAGAACCGGGACGAAGCAGGTCATATATCAAGTTGAAACGACTCCGTTTCAAAGGGACTGTGAAGATTGAACGTGTTCAATCGGATTTGAACATGGACGGGACTGTCTCCAAAATAGAAGGAGTATTATCGCTTGTTGTTGTTGTGGATCGGAAACCCCACTTGGGTCCAAGTGGTTGTCTGCATACATTCGACGAGCTGTTTGGATCAATCATTCACAGTCATGGCAATCTTAGCATTGTCCCTTCTCTGAAAGACCGTTATTATATTCGCCACGTGTTCAAACGTGTTTTGTCATTGGAGAATGATACACATATGGTCGACATCGAAGGATCTACATGGTTATCTAACAGGCGTTTTACGTGTTGGTCCTCTTTCAAAGACGTGGATCGTGATTCATGCAAGGGTGTTTATGATAATATAAGCAAGAACGCCTTGTTAATCTATTATTGCTGGATGTCCGATACGCCCTCTAAGGCATCCAATTATGTATCTTTTGATCTTGATTATGTTGGTTAA
Protein Sequence MYYFRGKRGGYFPNRRFISRNNMFNRSTAGKRYDGKRRGGRSVRPSEEPKMSAQTIHENQYGTDFVMAHNSAISTFISYPDLGKIEPGRSRSYIKLKRLRFKGTVKIERVQSDLNMDGTVSKIEGVLSLVVVVDRKPHLGPSGCLHTFDELFGSIIHSHGNLSIVPSLKDRYYIRHVFKRVLSLENDTHMVDIEGSTWLSNRRFTCWSSFKDVDRDSCKGVYDNISKNALLIYYCWMSDTPSKASNYVSFDLDYVG

NCBI Accession YP_004063991.1
Location 1219-2100
Gene Name MP
Protein Name movement protein
Coding Region ATGGATTCTCAGTTAGTAAATCCTCCACATGCCTTCAATTACATAGAATCTCACCGTGATGAATATCAGCTTTCTCATGACCTAACTGAGATAATACTGCAATTCCCTTCAACGGCTTCTCAATTAACAGCTCGACTCAGTCGTAGCTGCATGAAGATCGACCACTGCGTCATAGAATACAGGCAACAGGTACCAATCAACGCCACAGGATCAGTAATTGTGGAGATCCACGACAAAAGGATGACGGACAACGAGTCATTACAGGCGTCATGGACTTTTCCGATCAGGTGCAACATAGATCTCCATTATTTCTCGGCTTCGTTCTTCTCGTTGAAGGACCCAATTCCATGGAAGTTGTACTACAGAGTGTGCGATACGAATGTTCATCAACGGACCCACTTCGCCAAGTTCAAAGGGAAACTGAAATTGTCCACAGCCAAACACTCCGTCGACATCCCCTTCCGGGCACCAACAGTGAAGATACTATCCAAACAGTTCACAGACAAGGATGTGGACTTTTCCCATGTGGATTATGGGAAATGGGAAAGGAAGCCCATCAGATGCGCGTCCATGTCAAGGGTTGGATTACGAGGCCCAATTGAAATAAGGCCTGGCGAGTCATGGGCTTCCAGGAGTACCATAGGTATGGGCCAATCAGATGCGGACTCAGCGGTGGAGAACGAGATCCACCCATACAGACACCTGAACAGGCTGGGGACCAGCGTTATGGATCCAGGAGAGTCTGCTTCTATTGTGGGAGACCAGAGAGCGGGGTCCAATATCACGATATCAATGGGACAGTTGAACGAGTTAGTCAGGACTACGGTCCAAGAATGTATTAATCATAACTGTCAGGCTTCTCAAGCCAAATCATTGAAATGA
Protein Sequence MDSQLVNPPHAFNYIESHRDEYQLSHDLTEIILQFPSTASQLTARLSRSCMKIDHCVIEYRQQVPINATGSVIVEIHDKRMTDNESLQASWTFPIRCNIDLHYFSASFFSLKDPIPWKLYYRVCDTNVHQRTHFAKFKGKLKLSTAKHSVDIPFRAPTVKILSKQFTDKDVDFSHVDYGKWERKPIRCASMSRVGLRGPIEIRPGESWASRSTIGMGQSDADSAVENEIHPYRHLNRLGTSVMDPGESASIVGDQRAGSNITISMGQLNELVRTTVQECINHNCQASQAKSLK