Merremia mosaic Puerto Rico virus
Basic Information
Genus |
Begomovirus
|
NCBI Assembly |
GCF_000892695.1 |
Isolate |
Puerto Rico |
Release date |
2015/2/22 |
Submitter |
Idris,A.M., Brown,J.K. |
Host |
|
Vector |
|
Download |
Genome
|GFF3
|PEP
|CDS |
Genomic Organization
JBrowse
Genome
ACCGGATGGCCGACCGCTGCCCTTGGTGTCCCTCTCTCTCCCACGTGGTGCTTTAGTTTGAATTAAAGATATGTTTTATGCTTTGTCCAATCAGATTTGGTCTGGCGAGTCTAGGTATTCGTGTTCAAACTTAGTGACCAAGTATTACCGCATATAAGTACGAGTTATCTTATGTGGAGCCAGACATCTTTAATTCAAAATGCCTAAGCGGGATGCCCCGTGGCGTTCTATGGCGGGAACCTCCAAGGTTAGTCGAAACGCCAATTATTCTCCTGGTGGATCATCTGGCCCAAAATCCAACAGGGCCAATACTTGGGTTAATAGGCCCATGTACAGGAAGCCCAGGATATATCGGATGTATAGGACCCCCGATGTTCCAAGAGGCTGTGAAGGCCCATGTAAGGTGCAATCCTTTGAGCAACGCCATGATATCTCACATGTTGGCAAGGTGATGTGTATATCCGACGTGACACGTGGGAACGGTATAACTCACCGTGTTGGTAAGCGTTTTTGTGTTAAGTCCGTGTACATACTAGGCAAGATATGGATGGACGAGAACATCAAGTTGAAGAACCACACCAATAGTGTTATGTTTTGGTTAGTTAGGGATAGGAGACCATATGGCACTCCCATGGATTTTGGGCAAGTGTTTAATATGTTTGACAATGAGCCTAGTACTGCTACGGTCAAGAATGATCTCCGTGATCGTTTTCAAGTCATGCACAAATTTTATGCCAAGGTTACAGGTGGACAATATGCTAGTAATGAGCAGGCGATTGTTAAGCGTTTCTGGAAGGTGAACAGTCATGTTGTTTATAACCACCAGGAAGCCGCTAAGTACGAAAATCATACGGAGAATGCTCTATTATTGTACATGGCATGTACTCATGCCTCTAACCCTGTGTATGCTACTTTGAAAATTCGGATCTATTTTTATGATTCGATAATGAATTAATAAAATTTGAATTTTATTTCATGTTGTTCAAGTACATCATTTACATATTGTCTGTCCGTTGCATATGAGACAGCTCTAATTACATTATTAACTGAAATAACCCCTAAATTGTCTAAGAATTTCATAACAAGAAATTTGAATCTACTTAAATAAATCTGCCCAGAAGCTGTCGTCAAAGTCGTCCAGACTTGGAAATTGAAGTAGGCTTTGTGGAGATCCAACGCTTTCCTGAGGTTGTGGTTGGCGCGAATTTGTATGTGGAACACTCTGCTGTGGGTGAACATTGGACGGTCCACCCTGATTATTTTGAAATAGAGGGGATTTGGAACCTCCCAGATAAAAACGCCACTCGTTGCTTGAGCTGCAGTGATGGGTTCCCCTGTGCGTGAATCCATGGTTGCTGCAGTTAATGTGTAGGTAATATGAACAACCGCACTGCAGATCAATTCTTTTACGTCTCGTCTGCCTCTTTGCGAATCTATGACGAGGTTTGATTGACGGTGGAGTAGAGTGGTTCCTCAATGGTGACGAAGACGGCGTTTTTCTTTGCCCAGTCATTGAGTGTTTTGTTTTTTTCCTCTCCGAGATACTCCTTATATGATGAATGGGGGCCAGGATTGCAGAGGAAGATAGTGGGAATTCCACCTTTAATTTGAATTGGCTTTCCGTATTTGCAGTTTGATGGCCAATCCCTCTGGGCCCCCATGAATTCTTTAAAGTGCTTGAGATAATGCGGATCTACGTCATCGATGACGTTATACCATGCATCATTGGAGTATATCCTCGGGTTGAGATCTATATGTCCACATAGATAATTGTGAGGGCCCAGGCTACGGGCCCATATTGTTTTGCCCGTTCTTGATGGTCCTTCAACAATGATTGATATAGGTCTCAACGGCCGCGCAGCGGCATCGGAAATATTATCGTCGACCCACTTCATCATTATTTCCGGTACATTAATGAACGTGGACATTTGAAATGGAGGAACCCATGGTTCCGGAGGTTTATGGAATATTTTCGTTATATTTGAAACCAGATTGTGATATTGGAGGACGAAATGTTGTGGTTGTTGTTCCTTAATGATCTGCATCGCCTCTTCTGCAGAAGATGAATTCAACGCCGTCGCATATGTGTCGTTAGCAGATTGCTGACCTCCTCTAGCAGATCTGCCGTCGATTTGAAATTGTCCCCATTCGATTGTATCTCCGTCTTTGTCGATGTAGGACTTGACGTCGGAGCTAGACTTAGCTCCCTGTATGTTCGGATGGAAATGTGCTGACCTGGTTGGGGAAACCAAGTCGAAGAATCTGTTATTCTTGCACTGGTATTTCCCTTCGAACTGGATGAGCACGTGAAGATGAGGTTCCCCATTTTCGTGGAGTTCTCTGCATATTTTGATGAACTTCTTGTTGACAGGAGTGTTTAGGTTTTGTAATTGGGAAAGTGCCTCTTCTTTGGTTAGAGAGCACTTGGGGTATGTAATGAAATAATTCTTGGCATTTATTCTAAAACGCTGAACTGATGGCATTCTCGTAATAAAAAGGCTGGACACCAATTGAATGTACGGAGAGACACCAATTGAGCTCTTCAACTCCCCCCCCTTGTATTGGTGTCTGGGGTCTTATTTATAGTATACCTTCTATTCTTTAATTTTTTGACACGTGGAGGCCATCCGTTATAATATT
ACCGGATGGCCGACCGCTGCCCTTGGTGTCCCTCTCTCTCCCACGTGACGCTTGGTGTGGTGCGCTCTCTCTCTTCTGACGTGGAGGATTTGTAAACCGTTCGATAAAGCTTATCGCGCTATGAGATTTGAAATTTGAATTATATGCACGGCTTTCTATGTATTAGGTAGCATATGAAGCGATAAGGTTTTCTGACACATTGTACTATGCCTAAGACGTGGCCCAATTAAATATTATCTGGCGAGTTATGTTAACTCTATTTTGAATCACTTATTCTATATATAACTAGTGGATATGAATATTTAATATCGTCTATTGACATTATAACTCCTTAAATTTTTGTATAAGAGATTTTTTAATATGTATTTGCTAAGATATAGACGTGGAACATCTTACTCACAACGACGATATAATACAGGTAATAATGTGTTTAAACGTGTATCATATGTTAAACGTAAGGATGGTAAGCGTCGATCGAGTCATGGAAATAATGTTCATGAAGATGGGAAGATGACGTCTCAACGCATACATGAAAATCAGTATGGGCCTGAATTTGTGATGTCTCAAAATTCAGCGTTATCCACATTCATTACTTTTCCTCATTTGGGGAAGACTCAACCTAATCGGTGCAGGTCATATATTAAGCTGAAACGGCTTCGTTTTAAAGGAACTGTTAAGATTGAACGTGTTCATGCGGATTTGAACATGGATGGTTTGCTCCCTAAGATTGAAGGTGTATTTTCCCTTGTAATTGTGGTGGATCGCAAACCCCATTTGAATGCTTCTGGATGTTTGCACTCATTTGACGAATTATTTGGTGCAAGGATCAACAGCCACGGGAATTTAGCTATTATCTCAGCTTTGAAAGATCGTTTTTATGTTCGTCATGTATTGAAACGTGTGTTGTCCGTGGAGAAAGACAGTACGATGATGGACCTGGAAGGATCGATCTTTTTTTCTAATAGGCGTTTTAATTGTTGGTCAAGTTTTAAAGATAATGACCATGATTCATGTAATGGTGTTTATGACAATATTAGCAAAAACGCCATATTAGTTTATTATTGTTGGATGTCGGATGTAATGTCTAAGGCATCAACATTTGTATCGTTCGACCTTGATTATGTTGGGTGAATAATAATAAATTGTAATGAGAAATAAAAATATAACTTTTATTTCAAAGATTTAGGCGGATTGGAATTACAGTTTGTGTTTATACATTCATGGACCGTTGTCCTAACTAACTCGTTTAATTGGGCCATTGACATTGTAATGTTTGATTGGGCCCGTTGTAACCCGGCTTGTGATGCTGAATCTCCTGGGTCTAGGACGCTTGCTCCCAAACGATTTAGTTCTTTATAGGGGTGTAACGCGTTGTCCAACTCTGAATCAGTATCTGTGTGGGCTAGCCCAATTGTACTCTTTGAAGCCCACGATTCACCTGGTCTTAATTCAATTGGGCCGGGTAACCCAACTCTTGATATTGATGTGGACCTCAACGTTTTCCGTTCCCATCGTCCGTAGTCCACATGTGTAAAATCCACATCTTTATGCGAGAATTGTTTGGATAGTATTTTGACCGTCGGTGCCCGGAATGGGATATCCACCGAATGTTTCGCCGTGGACAACTTCCATTTTCCCTTGAACTTGGCAAAATGCGTTCTGTGGTGGACATTTGTGTCGCTAACCCTGTAATACAGCTTCCATGGAATTGGGTCTTTTAGCGAGAAAAAGGACGATGAAAAATAGTGGAGATCTATGTTGCATCTAATTGGAAATGTCCATGACGCTTGTAAGGATTCGTTGTCAATCATCCTTTTGTCATGGATCTCCACAATAACTGTACCAGTTGCGTTTATGGGTACTTGTTGCCTGTACTCGATGACACAATGGTCTATTTTCATGCAGCTACGACTAAGTCTAGCTGTTAATTGAGATGCAGTTGAAGGAAATTGAAGGACTATCTCAGTTAGATCATGAGACAGCTGATATTCATCCCTATTGGATTCTATGTAATTAAAGGCATTTGGAGGATTTGCTAACTGAGAATCCATATATGAATAATTGGCCGCGCAGCGGAACTGTTTGAGTAATCTTATAGACTAACAAGGTTTATGGGTAAGAACAGATAGAACAAGACGAATAGTATATGACGGATGATGAATATGAGCAGGTTAAAGAAGATTATTGTGTTATGAAGGGCGAAGAGAATGAAGAGTAAAGGATGTTATTCTGGATAATTGTGTATATGATCCCTAACTGTGTTTCTGGAAATAAAATTAAAAGCTAAACTAATGAATATGAGCTAATGATAGAGAAATTAGCTATTTGTGAAGAAATTGATGCTGTGAGTTTTGTTATATGCCGTCGTGTTTATATAGACACTCATGTGTCTGTGTGTGTTATGAAGCGAGAGCGTTTCTTGTGGTATTTTCGTAATAAGAAGGCTGGACACCAATTGAATGTACGGAGAGACACCAATTGAGCTCTTCAACTCCCCCCCCTTGTATTGGTGTCTGGGGTCTTATTTATAGTATACCTTCTATTCTTTAATTTTTGGACACGTGGAGGCCATCCGCTATAATATT
Gene Information
NCBI Accession
|
YP_004429242.1
|
Location
|
200-955 |
Protein Name
|
coat protein |
Coding Region
|
ATGCCTAAGCGGGATGCCCCGTGGCGTTCTATGGCGGGAACCTCCAAGGTTAGTCGAAACGCCAATTATTCTCCTGGTGGATCATCTGGCCCAAAATCCAACAGGGCCAATACTTGGGTTAATAGGCCCATGTACAGGAAGCCCAGGATATATCGGATGTATAGGACCCCCGATGTTCCAAGAGGCTGTGAAGGCCCATGTAAGGTGCAATCCTTTGAGCAACGCCATGATATCTCACATGTTGGCAAGGTGATGTGTATATCCGACGTGACACGTGGGAACGGTATAACTCACCGTGTTGGTAAGCGTTTTTGTGTTAAGTCCGTGTACATACTAGGCAAGATATGGATGGACGAGAACATCAAGTTGAAGAACCACACCAATAGTGTTATGTTTTGGTTAGTTAGGGATAGGAGACCATATGGCACTCCCATGGATTTTGGGCAAGTGTTTAATATGTTTGACAATGAGCCTAGTACTGCTACGGTCAAGAATGATCTCCGTGATCGTTTTCAAGTCATGCACAAATTTTATGCCAAGGTTACAGGTGGACAATATGCTAGTAATGAGCAGGCGATTGTTAAGCGTTTCTGGAAGGTGAACAGTCATGTTGTTTATAACCACCAGGAAGCCGCTAAGTACGAAAATCATACGGAGAATGCTCTATTATTGTACATGGCATGTACTCATGCCTCTAACCCTGTGTATGCTACTTTGAAAATTCGGATCTATTTTTATGATTCGATAATGAATTAA |
Protein Sequence
|
MPKRDAPWRSMAGTSKVSRNANYSPGGSSGPKSNRANTWVNRPMYRKPRIYRMYRTPDVPRGCEGPCKVQSFEQRHDISHVGKVMCISDVTRGNGITHRVGKRFCVKSVYILGKIWMDENIKLKNHTNSVMFWLVRDRRPYGTPMDFGQVFNMFDNEPSTATVKNDLRDRFQVMHKFYAKVTGGQYASNEQAIVKRFWKVNSHVVYNHQEAAKYENHTENALLLYMACTHASNPVYATLKIRIYFYDSIMN |
NCBI Accession
|
YP_004429243.1
|
Location
|
952-1350 |
Protein Name
|
REn |
Coding Region
|
ATGGATTCACGCACAGGGGAACCCATCACTGCAGCTCAAGCAACGAGTGGCGTTTTTATCTGGGAGGTTCCAAATCCCCTCTATTTCAAAATAATCAGGGTGGACCGTCCAATGTTCACCCACAGCAGAGTGTTCCACATACAAATTCGCGCCAACCACAACCTCAGGAAAGCGTTGGATCTCCACAAAGCCTACTTCAATTTCCAAGTCTGGACGACTTTGACGACAGCTTCTGGGCAGATTTATTTAAGTAGATTCAAATTTCTTGTTATGAAATTCTTAGACAATTTAGGGGTTATTTCAGTTAATAATGTAATTAGAGCTGTCTCATATGCAACGGACAGACAATATGTAAATGATGTACTTGAACAACATGAAATAAAATTCAAATTTTATTAA |
Protein Sequence
|
MDSRTGEPITAAQATSGVFIWEVPNPLYFKIIRVDRPMFTHSRVFHIQIRANHNLRKALDLHKAYFNFQVWTTLTTASGQIYLSRFKFLVMKFLDNLGVISVNNVIRAVSYATDRQYVNDVLEQHEIKFKFY |
NCBI Accession
|
YP_004429244.1
|
Location
|
1097-1513 |
Protein Name
|
TrAP |
Coding Region
|
ATGACTGGGCAAAGAAAAACGCCGTCTTCGTCACCATTGAGGAACCACTCTACTCCACCGTCAATCAAACCTCGTCATAGATTCGCAAAGAGGCAGACGAGACGTAAAAGAATTGATCTGCAGTGCGGTTGTTCATATTACCTACACATTAACTGCAGCAACCATGGATTCACGCACAGGGGAACCCATCACTGCAGCTCAAGCAACGAGTGGCGTTTTTATCTGGGAGGTTCCAAATCCCCTCTATTTCAAAATAATCAGGGTGGACCGTCCAATGTTCACCCACAGCAGAGTGTTCCACATACAAATTCGCGCCAACCACAACCTCAGGAAAGCGTTGGATCTCCACAAAGCCTACTTCAATTTCCAAGTCTGGACGACTTTGACGACAGCTTCTGGGCAGATTTATTTAAGTAG |
Protein Sequence
|
MTGQRKTPSSSPLRNHSTPPSIKPRHRFAKRQTRRKRIDLQCGCSYYLHINCSNHGFTHRGTHHCSSSNEWRFYLGGSKSPLFQNNQGGPSNVHPQQSVPHTNSRQPQPQESVGSPQSLLQFPSLDDFDDSFWADLFK |
NCBI Accession
|
YP_004429245.1
|
Location
|
1434-2483 |
Protein Name
|
Rep |
Coding Region
|
ATGCCATCAGTTCAGCGTTTTAGAATAAATGCCAAGAATTATTTCATTACATACCCCAAGTGCTCTCTAACCAAAGAAGAGGCACTTTCCCAATTACAAAACCTAAACACTCCTGTCAACAAGAAGTTCATCAAAATATGCAGAGAACTCCACGAAAATGGGGAACCTCATCTTCACGTGCTCATCCAGTTCGAAGGGAAATACCAGTGCAAGAATAACAGATTCTTCGACTTGGTTTCCCCAACCAGGTCAGCACATTTCCATCCGAACATACAGGGAGCTAAGTCTAGCTCCGACGTCAAGTCCTACATCGACAAAGACGGAGATACAATCGAATGGGGACAATTTCAAATCGACGGCAGATCTGCTAGAGGAGGTCAGCAATCTGCTAACGACACATATGCGACGGCGTTGAATTCATCTTCTGCAGAAGAGGCGATGCAGATCATTAAGGAACAACAACCACAACATTTCGTCCTCCAATATCACAATCTGGTTTCAAATATAACGAAAATATTCCATAAACCTCCGGAACCATGGGTTCCTCCATTTCAAATGTCCACGTTCATTAATGTACCGGAAATAATGATGAAGTGGGTCGACGATAATATTTCCGATGCCGCTGCGCGGCCGTTGAGACCTATATCAATCATTGTTGAAGGACCATCAAGAACGGGCAAAACAATATGGGCCCGTAGCCTGGGCCCTCACAATTATCTATGTGGACATATAGATCTCAACCCGAGGATATACTCCAATGATGCATGGTATAACGTCATCGATGACGTAGATCCGCATTATCTCAAGCACTTTAAAGAATTCATGGGGGCCCAGAGGGATTGGCCATCAAACTGCAAATACGGAAAGCCAATTCAAATTAAAGGTGGAATTCCCACTATCTTCCTCTGCAATCCTGGCCCCCATTCATCATATAAGGAGTATCTCGGAGAGGAAAAAAACAAAACACTCAATGACTGGGCAAAGAAAAACGCCGTCTTCGTCACCATTGAGGAACCACTCTACTCCACCGTCAATCAAACCTCGTCATAG |
Protein Sequence
|
MPSVQRFRINAKNYFITYPKCSLTKEEALSQLQNLNTPVNKKFIKICRELHENGEPHLHVLIQFEGKYQCKNNRFFDLVSPTRSAHFHPNIQGAKSSSDVKSYIDKDGDTIEWGQFQIDGRSARGGQQSANDTYATALNSSSAEEAMQIIKEQQPQHFVLQYHNLVSNITKIFHKPPEPWVPPFQMSTFINVPEIMMKWVDDNISDAAARPLRPISIIVEGPSRTGKTIWARSLGPHNYLCGHIDLNPRIYSNDAWYNVIDDVDPHYLKHFKEFMGAQRDWPSNCKYGKPIQIKGGIPTIFLCNPGPHSSYKEYLGEEKNKTLNDWAKKNAVFVTIEEPLYSTVNQTSS |
NCBI Accession
|
YP_004429246.1
|
Location
|
361-1131 |
Protein Name
|
movement protein |
Coding Region
|
ATGTATTTGCTAAGATATAGACGTGGAACATCTTACTCACAACGACGATATAATACAGGTAATAATGTGTTTAAACGTGTATCATATGTTAAACGTAAGGATGGTAAGCGTCGATCGAGTCATGGAAATAATGTTCATGAAGATGGGAAGATGACGTCTCAACGCATACATGAAAATCAGTATGGGCCTGAATTTGTGATGTCTCAAAATTCAGCGTTATCCACATTCATTACTTTTCCTCATTTGGGGAAGACTCAACCTAATCGGTGCAGGTCATATATTAAGCTGAAACGGCTTCGTTTTAAAGGAACTGTTAAGATTGAACGTGTTCATGCGGATTTGAACATGGATGGTTTGCTCCCTAAGATTGAAGGTGTATTTTCCCTTGTAATTGTGGTGGATCGCAAACCCCATTTGAATGCTTCTGGATGTTTGCACTCATTTGACGAATTATTTGGTGCAAGGATCAACAGCCACGGGAATTTAGCTATTATCTCAGCTTTGAAAGATCGTTTTTATGTTCGTCATGTATTGAAACGTGTGTTGTCCGTGGAGAAAGACAGTACGATGATGGACCTGGAAGGATCGATCTTTTTTTCTAATAGGCGTTTTAATTGTTGGTCAAGTTTTAAAGATAATGACCATGATTCATGTAATGGTGTTTATGACAATATTAGCAAAAACGCCATATTAGTTTATTATTGTTGGATGTCGGATGTAATGTCTAAGGCATCAACATTTGTATCGTTCGACCTTGATTATGTTGGGTGA |
Protein Sequence
|
MYLLRYRRGTSYSQRRYNTGNNVFKRVSYVKRKDGKRRSSHGNNVHEDGKMTSQRIHENQYGPEFVMSQNSALSTFITFPHLGKTQPNRCRSYIKLKRLRFKGTVKIERVHADLNMDGLLPKIEGVFSLVIVVDRKPHLNASGCLHSFDELFGARINSHGNLAIISALKDRFYVRHVLKRVLSVEKDSTMMDLEGSIFFSNRRFNCWSSFKDNDHDSCNGVYDNISKNAILVYYCWMSDVMSKASTFVSFDLDYVG |
NCBI Accession
|
YP_004429247.1
|
Location
|
1170-2051 |
Protein Name
|
nuclear shuttle protein |
Coding Region
|
ATGGATTCTCAGTTAGCAAATCCTCCAAATGCCTTTAATTACATAGAATCCAATAGGGATGAATATCAGCTGTCTCATGATCTAACTGAGATAGTCCTTCAATTTCCTTCAACTGCATCTCAATTAACAGCTAGACTTAGTCGTAGCTGCATGAAAATAGACCATTGTGTCATCGAGTACAGGCAACAAGTACCCATAAACGCAACTGGTACAGTTATTGTGGAGATCCATGACAAAAGGATGATTGACAACGAATCCTTACAAGCGTCATGGACATTTCCAATTAGATGCAACATAGATCTCCACTATTTTTCATCGTCCTTTTTCTCGCTAAAAGACCCAATTCCATGGAAGCTGTATTACAGGGTTAGCGACACAAATGTCCACCACAGAACGCATTTTGCCAAGTTCAAGGGAAAATGGAAGTTGTCCACGGCGAAACATTCGGTGGATATCCCATTCCGGGCACCGACGGTCAAAATACTATCCAAACAATTCTCGCATAAAGATGTGGATTTTACACATGTGGACTACGGACGATGGGAACGGAAAACGTTGAGGTCCACATCAATATCAAGAGTTGGGTTACCCGGCCCAATTGAATTAAGACCAGGTGAATCGTGGGCTTCAAAGAGTACAATTGGGCTAGCCCACACAGATACTGATTCAGAGTTGGACAACGCGTTACACCCCTATAAAGAACTAAATCGTTTGGGAGCAAGCGTCCTAGACCCAGGAGATTCAGCATCACAAGCCGGGTTACAACGGGCCCAATCAAACATTACAATGTCAATGGCCCAATTAAACGAGTTAGTTAGGACAACGGTCCATGAATGTATAAACACAAACTGTAATTCCAATCCGCCTAAATCTTTGAAATAA |
Protein Sequence
|
MDSQLANPPNAFNYIESNRDEYQLSHDLTEIVLQFPSTASQLTARLSRSCMKIDHCVIEYRQQVPINATGTVIVEIHDKRMIDNESLQASWTFPIRCNIDLHYFSSSFFSLKDPIPWKLYYRVSDTNVHHRTHFAKFKGKWKLSTAKHSVDIPFRAPTVKILSKQFSHKDVDFTHVDYGRWERKTLRSTSISRVGLPGPIELRPGESWASKSTIGLAHTDTDSELDNALHPYKELNRLGASVLDPGDSASQAGLQRAQSNITMSMAQLNELVRTTVHECINTNCNSNPPKSLK |